虽然
样品处理不是本来的用途，但涡旋机常用来破坏样品。此方法是在管上加入研磨珠，接着重复涡旋样品，一般用来裂解微生物。涡旋机使用较大的锆及不锈钢制的研磨珠(>2mm)用来破坏较大的组织，这一点优于超声破碎对于1mm一下的组织处理效果好，可与超声破碎仪互补使用，以达到理想的破碎效果。
使用涡旋机均质样品会由于研磨珠的摩擦而产生大量的热能。许多套件需要在涡旋机上的裂缝使用冰块冷却。好几个涡旋机模块可选择持有多个离心管和脉冲。
优点— 涡旋机可让大部分研究者使用，并可用来均质的样品处理而不需另外花费。新的涡旋机相对便宜。标准的单管涡旋混合机可用在所有尺寸的试管。多管式涡旋机可均质试管架上的所有试管。这是和超声破碎仪方式单件处理的区别。
限制— 涡旋混合机原是用来混合，因此比真的样品处理的均质机马力小。因此对于样品的破坏效率较差。以微生物为例，均质速率约50%，为部份有效，对大部分的应用来说也已足够。而超声波破碎仪可以有效解决这一问题。Branson超声破碎仪可以显著避免热效应，单次操作效率和效果都非常理想。
