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因为你的肽分子量较小，所以比较合适用反相层析分离。相关的应用随着新型聚合物反相层析填料的出现也得到了进一步的扩展。
反相层析的优点在于柱效高，分辨率好，对于差别仅有一个氨基酸的蛋白也能有很好的分离效果。但是，传统的反相层析使用硅胶键合C8~C18等，硅胶可以耐受很高的压力，这种硅胶填料在pH8以上的环境会发生水解，因此不仅限制了工艺的参数，也无法进行常规的碱法CIP，寿命比较短。
而新型聚合物的反相层析为中低压反相层析，以均一的粒径分布在中低压下可以达到很高的柱效和分辨力，而且可以耐受1M NaOH的CIP清洗，这大大增加了反相层析在蛋白质纯化领域的应用。对于制备级的填料可以自行装柱。寿命大大好于传统的硅胶反相层析。纯化条件也有原先的常规的酸性条件扩展到中性甚至碱性，灵活的条件大大改善了某些蛋白的洗脱和分离。
对于包含体复性，杂蛋白的存在会影响目标蛋白的有效复性。因此在复性之前应该尽量得到纯的蛋白。这一点可以通过低浓度的Urea的清洗来去除一部分杂蛋白。然后，可以将用变性剂溶解的蛋白上Source RPC分离，一般流动相采用A: 0.1% TFA in water, B: 0.085% TFA in ACN, gradient: 5~95% B 20CV。可以显著去除杂蛋白。柱压一般在2Mpa左右。
然后去掉TFA/ACN 后，可以进行复性。
复性的分析也可以采用HP-RPC分析柱，可以根据构象不同，将复性和未复性的蛋白分开。
