小中大iTRAQ差异蛋白的选择标准有很多,根据我们的经验和对文献的整理,可以把相关问题细分如下:
1,可靠蛋白的选择标准:首先须判断你选择哪些蛋白来进行差异分析,涉及的标准按照严格程度不同,大致有四种,分别是蛋白95%可靠性,蛋白99%可靠性,蛋白有一条及以上95%以上可靠性的肽段、蛋白有2条及以上95%以上可靠性的肽段。
2,在以上基础之上,同时结合是否有重复数据,进行差异蛋白的选择,主要的标准有以下几类,变化倍数正负1.2倍以上,变化倍数正负1.5倍以上(比较常用),变化倍数正负2倍以上,T测验显著差异(p小于0.05)、T测验极显著差异(p小于0.01)、T测验显著差异(p小于0.05)且变化倍数1.5倍以上
3,以上只是列出并归纳了部分标准,有些文献可能还会采用其它标准,但基本上都是这些类别的衍生,
4,我专门找了两篇有代表性的iTRAQ论文(近两年在MCP杂志上发表的,应该具有一定说服力),你们可以在ppt中看看,也可以自己去下载了解,是免费的,