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标题:【求助】iTRAQ数据分析问题

queen[使用道具]
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发表于 2013-4-11 17:24 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
这个一般没有固定的，需要你后期做T检验和其它一些生物学信息分析，取决于你的数据质量，如果取1.2倍后P<0.05，证明你的数据质量很高，依然可用，并且会得到一些很有价值的差异表达信息

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嗯，学习了。因为我看所有文章都用WB做验证，故而疑惑
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8princess8[使用道具]
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发表于 2013-4-11 17:25 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
那我觉得是不是还要做个1:1.5的混合样本出来看看在itraq里变成什么范围了，然后这个以外的才算呢

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那结果应该是1.5*0.7-1.5 那结果的范围更大。我还没找到什么理由反驳你这个建议。我想想再
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8princess8[使用道具]
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发表于 2013-4-11 17:25 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我发现有些问题。我用95%可信区间算，均数加减1.96标准差是0.7-1.5，只能说明这些结果可能是1.0的样本。那难道超过这个范围就是有差异了吗，超过这个标准0.7-1.5只能说明他不是1.0的样本，难道1.1 就是真正有区别的蛋白吗。。好晕，再去讨论下。
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8princess8[使用道具]
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发表于 2013-4-11 17:26 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
那我觉得是不是还要做个1:1.5的混合样本出来看看在itraq里变成什么范围了，然后这个以外的才算呢

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先举个类似的例子。
想研究一下正常男生身高/体重的医学参考值范围。选取平原上的1000个正常男生，发现落在2-3之间，那么就说明正常男生的身高/体重，95%的落在2-3之间。 之外的就是异常的。

我的实验
我把一个样品分成2分，那么这两份的蛋白种类和含量是很相似的（假设各有1000个一样的蛋白质），分别标记后混合，检测这1000个蛋白质在两组的含量比率，发现95%都在0.7-1.5之间，说明这个就是他的医学参考值范围，以后的实验落在之外的就是异常的。

这样解释觉得还比较合理，和第一次的说明（一个样本分成两份，理论上这1000个蛋白都是1：1）有点修改，感觉这样更确切。欢迎提问
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moonlight45[使用道具]
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发表于 2013-4-11 17:27 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

您好，请问您iTRAQ试剂盒是在哪个公司订购的？价格是多少？

另外您了解过TMT 6plex试剂盒么 是赛默飞世尔公司的产品

我的实验需要同位素标记，但是现在不知道这两种哪个好用，iTRAQ试剂盒在使用过程中怎么样？容易出什么问题不？

谢谢
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mamamiya[使用道具]
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发表于 2013-4-11 17:28 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
您好，请问您iTRAQ试剂盒是在哪个公司订购的？价格是多少？
另外您了解过TMT 6plex试剂盒么 是赛默飞世尔公司的产品

我的实验需要同位素标记，但是现在不知道这两种哪个好用，iTRAQ试剂盒在使用过程中怎么样？容易出什么问题不？

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谢谢
itraq比tmt常用，itraq定量动态范围和低丰度蛋白的定量比较差，剩下的主要是看质谱稳定性了，其他么都是很成熟的流程了
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zzzz[使用道具]
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发表于 2013-4-11 17:28 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

楼主，你好！我觉得楼上的那个朋友说的挺好的。首先你需要确定的是：你得到的蛋白是确定无疑的。比如每个蛋白需要有2个或2个以上的可靠性肽段。只有在此基础上你才能对你的数据进行统计分析。
l（超过这个标准0.7-1.5只能说明他不是1.0的样本），我不太明白你这句话的意思。你的1:1的样本难道不是一个treatment，另一个假定为control的吗？
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any333[使用道具]
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发表于 2013-4-11 17:29 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
您好，请问您iTRAQ试剂盒是在哪个公司订购的？价格是多少？
另外您了解过TMT 6plex试剂盒么 是赛默飞世尔公司的产品

我的实验需要同位素标记，但是现在不知道这两种哪个好用，iTRAQ试剂盒在使用过程中怎么样？容易出什么问题不？

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谢谢
itraq试剂盒如果是有AB公司质谱的话在1w3左右，这个就是AB研发的。thermo的不清楚，没用过。具体用哪个要看你去什么地方打质谱，如果有AB公司的就买itraq的，如果用thermo的就买TMT的。
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ququer787[使用道具]
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发表于 2013-4-11 17:30 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

我有个问题，在选择一个标准，比如1.5倍，我们委托华大基因给做的，结果回来是log2峰值比较，如果比较差异还原成峰值就是2的幂，最小值是0.没有负数，那下调选择负1.5是没有的。那下调的标准应该怎么选呢？
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3648755[使用道具]
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发表于 2013-4-11 17:30 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

itraq试剂盒停产了么？在英俊的网站上看到的，哪里还可以买到？
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