蛋白质与蛋白组学

ChIP是一项比较流行的研究转录因子（ transcription factor, TF）与启动子（promoter）相互结合的实验技术。由于ChIP采用甲醛固定活细胞或者组织的方法，所以能比较真实的反映细胞内TF与Promoter的结合情况。这个优势是EMSA这个体外研究核酸与蛋白相互结合的实验方法所不能比拟的。当用甲醛处理时，相互靠近的蛋白与蛋白，蛋白与核酸（DNA或RNA）之间会产生共价键。细胞内，当TF与Promoter相互结合（生物意义上的结合）时，它们必然靠的比较近，或者契合在一起，这个时候用甲醛处理，能使它们之间产生共价键。
一般ChIP的流程是：甲醛处理细胞——收集细胞，超声破碎——加入目的蛋白的抗体，与靶蛋白-DNA复合物相互结合——加入Protein A，结合抗体-靶蛋白-DNA复合物，并沉淀——对沉淀下来的复合物进行清洗，除去一些非特异性结合——洗脱，得到富集的靶蛋白-DNA复合物——解交联，纯化富集的DNA片断——PCR分析。
我是刚刚进入实验室的菜鸟，请问proteinA是干啥的，如果我测S蛋白与某段基因有没有相互作用，应该怎么操作呢，请大神稍作指点，不胜感激。

这样的结果在ChIP里面是很正常的。
说到底，ChIP只不过是通过抗体，富集了和特定蛋白结合的DNA而已。仅仅是富集。
对于目标条带，如果实验组是对照组的好几倍，而管家基因的条带差不多，那么就是实验成功了。

当然，ChIP实验比较难，失败了也是很大概率的事情。

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请问管家基因是从Input里面扩增的么？
我有个疑问，不知道这样进行实验是否可行？
在超声后，去200uL的样品，加入1.8mL的ChIP dilution buffer稀释，然后分出一部分做Input，其余的等分成两份，一组加入抗体，一组不加抗体，这样的可以作为实验组和对照组么？

如果这样做的话，怎样对比实验组和对照组的管家基因表达情况呢？实验组中抗体不一定能拉的下来管家基因呀？
急求呀！

用Input调平后，用Q-PCR检测。
IgG组比抗体组低就可以了，恭喜你。
如果要降低背景，那么在实验过程中，一些小细节再注意下就行了。

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另外，求问IgG组比抗体组低几倍算是可以滴呢：） 我目前的实验结果只有4倍左右（即Ct值相差2），不知道算不算有差异？多谢啦！