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标题:【分享帖】Chromatin Immunoprecipitation（ChIP）

superboy[使用道具]
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发表于 2013-4-13 10:54 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
”可否用Chip法检测NF-kB与DNA的结合能力吗？与EMSA相比有什么优势吗？“

===============================================================================================================

与EMSA相比，优势就是直接研究了体内的情况。EMSA，并不能真实地模拟体内的环境，蛋白分子和核酸分子的浓度也发生变化了，更不用说蛋白分子和核酸分子在细胞内的定位问题。
“所谓的EMSA，其实就是在体外，将某一种核酸和某一种蛋白混合在一起，然后看它们是否能相互结合。
但是众所周知，体外环境和体内环境是完全不同的。
很有可能在体内，这种核酸和这种蛋白由于细胞区域定位的问题，根本不会相遇，也根本不会有结合的事情发生。但是在体外，当它们相遇时，它们却能结合。
也有可能在体内，这种核酸和蛋白的浓度相当的低，在这样低浓度的状况下，它们不会结合。但是在体外EMSA实验中，核酸和蛋白的浓度都增加了好几十倍。导致反应向阳性的方向进行，这种情况又该如何解释？
所以EMSA结果阳性，是能结合的必要条件，但却不是充分条件。”
ChIP结合realtime－PCR，基本上还是能相对真实的反映细胞内部转录因子和启动子的结合。但是具体问题具体分析。
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abc816[使用道具]
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发表于 2013-4-13 10:54 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

请问楼主做RIP用的什么试剂盒？
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superboy[使用道具]
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发表于 2013-4-13 10:55 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


QUOTE:
原帖由 abc816 于 2013-4-13 10:54 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

请问楼主做RIP用的什么试剂盒？

RIP没有用试剂盒，是根据下面链接里的方法做的。
自己配了试剂。这个protocol不错，效果蛮好的，推荐一下：）
cuturl('http://www.epigenome-noe.net/researchtools/protocol.php?protid=28')
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qqq111[使用道具]
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发表于 2013-4-13 10:55 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

RIP有专门的试剂盒，8月份新出的，12T据说要五千多，还要配套磁力设备要1千多
17-700 Magna RIP—12 IP reactions, includes negative
control IgGs, no positive control
•17-701 EZ-Magna RIP—12 IP reactions, includes 2
reactions of positive control AbAnti-SNRNP70
•17-704 Magna RIP (Quad)—48 IP reactions
有用upstate ChIP试剂盒基础上改装来做RIP的同志吗？
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qqq111[使用道具]
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发表于 2013-4-13 11:02 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
RIP的产物除了荧光定量PCR，还可以进一步做那些实验呢，希望和有经验的同志们交流
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any333[使用道具]
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发表于 2013-4-13 11:03 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

借这个帖子忽然想到个问题，目前研究蛋白和蛋白互作有经典的酵母双杂交以及后续的BiFC等；研究蛋白和DNA或是RNA互作有ChIP,如果是研究DNA与DNA或RNA之间的互作有什么方法吗？或者在信号途径的传导中，目前有研究是做DNA与DNA或RNA互作而调控的吗？有高人能回答下吗。
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abc816[使用道具]
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发表于 2013-4-13 11:04 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

CHIP的试剂盒用millipore-upstate,货号17-371最为常用,效果老好了,有需要随时联系!
不是卖试剂哦!
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紫烟[使用道具]
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发表于 2013-4-13 11:04 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

好贴，收藏了先。我也打算做ChIP,目前对一些细节还不是很清楚，能否请教一下，启动子区的引物如何设计，如何保证其特异性?谢谢！
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duoduo[使用道具]
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发表于 2013-4-13 11:14 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

请教达人：“在样品中加入一定量的异丙醇，能有效的消除SDS沉淀。”
这个怎么加？
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lxh031[使用道具]
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发表于 2013-4-13 12:32 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我对ChIP 的control 不明白。请教 ChIP在Q-PCR 反应中如何选择control, input 是control 吗？ Q-PCR 数据如何分析？
请楼主最好举例说明。多谢！！
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