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标题:【分享帖】Chromatin Immunoprecipitation（ChIP）

bamboo16[使用道具]
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发表于 2013-4-16 14:25 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
酶切的片段比较均一，不会出现那么小的片段啊，一般200bp+
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yapuyapu[使用道具]
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发表于 2013-4-16 14:25 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
用BIOVISION的，我用的这个效果很好啊~~
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66+77[使用道具]
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发表于 2013-4-16 14:26 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

我要做RNA-chip，不知道和DNA的CHIP有哪些不同？你说“具体方法和ChIP差不多，只是实验过程中要注意防止RNase，最后分析的时候需要先将RNA逆转录成为cDNA”，能不能详细点说啊！！好不容易看到有做过RNA-chip的啊！！
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发表于 2013-4-16 14:27 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我要做RNA-chip，不知道和DNA的CHIP有哪些不同？你说“具体方法和ChIP差不多，只是实验过程中要注意防止RNase，最后分析的时候需要先将RNA逆转录成为cDNA”，能不能详细点说啊！！好不容易看到有做过RNA-chip的啊！！

=========================================================================================

关于RNA-ChIP，基本原理和DNA-ChIP差不多。详细的Protocol可以参见附件！来自国外知名医学院。
如果你下载不了附件。这个是链接：cuturl('http://www.epigenome-noe.net/WWW/researchtools/protocol.php?protid=28')
希望对你有用！
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am10[使用道具]
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发表于 2013-4-16 14:29 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
谢谢LZ提供的宝贵资料。

我有2个问题想请教一下：
1、chip试验中60ul Protein A Agarose/Salmon Sperm DNA这个东西是干什么用的？只能用这个吗？
2、你提到TF和Promoter是生物意义上的结合，我想知道这个“生物意义上的结合”是什么样的一种结合方式，它与化学键的结合有什么区别？是指电子力吗？

多谢指教~
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wood533[使用道具]
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发表于 2013-4-16 14:31 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
非常感谢楼主。

我记得在哪看过，在交联DNA和蛋白质的时候，可以用甲醛，也可以用一种酶，我当时没留意，给忘了，好像两种方法所适合的范围不同，真遗憾，找了半天也没再查到。。。

还有个问题，可以用组织来进行CHIP吗？
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superboy[使用道具]
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发表于 2013-4-16 14:31 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
2、你提到TF和Promoter是生物意义上的结合，我想知道这个“生物意义上的结合”是什么样的一种结合方式，它与化学键的结合有什么区别？是指电子力吗？

============================================================================================================

我所说的生物意义上的结合就像酶与底物的结合，核小体蛋白与DNA的结合。等等。。
至于“Protein A Agarose/Salmon Sperm DNA”是指用鲑精DNA/BSA饱和的Protein A琼脂糖。
Protein A能特异的识别抗体的Fc段，从而能与所有的IgG抗体结合，加入鲑精DNA/BSA是为了掩盖掉琼脂糖表面空白的地方，降低背景。原理和Western需要封闭一样的。至于为啥用鲑精DNA，那是因为鲑精DNA与人的同源序列少。用鲑精DNA，即使最终的产物中混杂了鲑精DNA，也不会影响到后续的荧光定量PCR检测。

不好意思。很久没登陆了。。。
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sunnyB[使用道具]
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发表于 2013-4-16 14:32 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

请问下自己的ProteinA+G agarose用来做Chip实验，该怎么预处理，，salmon sperm DNA和BSA自己都有的，求详细步骤。
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avi317[使用道具]
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发表于 2013-4-16 14:33 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

大家好！

我刚刚接触ChIP，帮忙看看这个sonication是否可行？（没有经过DNA抽提，只是裂解产物离心上清经过RNAase 和蛋白酶K消化）

另请各位高手给点建议，

不胜感激！！


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redbutterfly[使用道具]
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发表于 2013-4-16 14:46 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

RIP以用甲醛是不是不可交联啊，如果我用甲醛把感兴趣的蛋白和其他蛋白交联到一起，那么拉出来的RNA岂不是很杂，不知道想得对不对，请指教。
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