蛋白质与蛋白组学 » 讨论区 » 经验共享 » 【分享帖】Chromatin Immunoprecipitation（ChIP）

采购询价

点击提交代表您同意 《用户服务协议》 《隐私政策》

 115  9/12 |‹‹‹3456789101112››
 
需要登录并加入本群才可以回复和发新贴
打印 | 推荐 | 订阅 | 收藏

标题:【分享帖】Chromatin Immunoprecipitation（ChIP）

superboy[使用道具]
三级
Rank: 3Rank: 3


UID 77763
精华 1
积分 352
帖子 280
信誉分 102
可用分 2331
专家分 10
阅读权限 255
注册 2011-11-21
状态 离线
81

发表于 2013-4-16 15:28 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
你好，我接下来准备做动物组织的CHIP，不知楼主有没有这方面的经验，希望楼主不吝赐教，谢谢！！

========================================================================

动物组织的ChIP貌似交联比较困难，我一直都是做的细胞。不好意思，不能给予经验了。
顶部
superboy[使用道具]
三级
Rank: 3Rank: 3


UID 77763
精华 1
积分 352
帖子 280
信誉分 102
可用分 2331
专家分 10
阅读权限 255
注册 2011-11-21
状态 离线
82

发表于 2013-4-16 15:28 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
还以为没人理睬，幸亏今天上来看看。感谢LZ！还有些不明白的，LZ提到用Input调平是在做Q-PCR之前吗？根据Input的DNA含量来确定各组做Q-PCR的DNA含量？我现在各组DNA大约是2-10NG， 各组之间不是均等的，等Q-PCR做完后，再根据Input来调整IgG和抗体组，请LZ指教

===============================================================================================================


你好！
input存在的意义在于，调节实验组和对照组的细胞量（总DNA量）一致。倘若实验组的细胞量是对照组的一倍，那么，最后得到的产物，就来检测目的条带的量的话，肯定是不准的。
在做Q-PCR的时候，倘若设置了管家基因（例如beta-actin）的PCR对照，那么可以根据管家基因的量来调节。
总之，就是让实验组和对照组的起始DNA量一致。
顶部
hold住[使用道具]
四级
Rank: 4


UID 75093
精华 0
积分 566
帖子 832
信誉分 100
可用分 4962
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-10-19
状态 离线
83

发表于 2013-4-16 15:29 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
动物组织的ChIP貌似交联比较困难，我一直都是做的细胞。不好意思，不能给予经验了。

==============================================================================================================

我想再问一个问题，就是说在超声之后是否有方法可鉴定一下超声后的片段大小，因为初次做可能超声的时间、强度等这些条件都需要摸索，而做CHIP的话那个试剂盒也比较贵，所以我想着可否先鉴定下超声后的片段大小，然后进一步用试剂盒去做。谢谢楼主！！
顶部
superboy[使用道具]
三级
Rank: 3Rank: 3


UID 77763
精华 1
积分 352
帖子 280
信誉分 102
可用分 2331
专家分 10
阅读权限 255
注册 2011-11-21
状态 离线
84

发表于 2013-4-16 15:30 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我想再问一个问题，就是说在超声之后是否有方法可鉴定一下超声后的片段大小，因为初次做可能超声的时间、强度等这些条件都需要摸索，而做CHIP的话那个试剂盒也比较贵，所以我想着可否先鉴定下超声后的片段大小，然后进一步用试剂盒去做。谢谢楼主！！

=================================================

超声之后跑电泳检测。是一条200bp-1000bp之间的smear
顶部
BOSS2011[使用道具]
三级
Rank: 3Rank: 3


UID 74568
精华 0
积分 427
帖子 534
信誉分 100
可用分 3476
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-10-12
状态 离线
85

发表于 2013-4-16 15:31 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
超声之后跑电泳检测。是一条200bp-1000bp之间的smear

=============================================================

为啥俺每次超声以后都是在200bp-1000bp之间有一条亮的条带？不是弥散的。
顶部
NBA[使用道具]
五级
Rank: 5Rank: 5


UID 75229
精华 6
积分 2497
帖子 4006
信誉分 114
可用分 20946
专家分 70
阅读权限 255
注册 2011-10-20
状态 离线
86

发表于 2013-4-16 15:31 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

楼主把荧光定量前后的步骤给我们说一下
还有就是最后得到数据后该怎么处理
顶部
IAM007[使用道具]
三级
Rank: 3Rank: 3


UID 75217
精华 0
积分 464
帖子 608
信誉分 100
可用分 3861
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-10-20
状态 离线
87

发表于 2013-4-16 15:32 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我的不加抗体的和加抗体的pcr结果都有条带，但都比INPUT的条带暗很多，不加抗体的不应该扩不出条带的吗？
顶部
831226[使用道具]
四级
Rank: 4


UID 79782
精华 0
积分 770
帖子 1240
信誉分 100
可用分 6976
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-12-15
状态 离线
88

发表于 2013-4-16 15:33 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
RIP没有用试剂盒，是根据下面链接里的方法做的。
自己配了试剂。这个protocol不错，效果蛮好的，推荐一下：）
cuturl('http://www.epigenome-noe.net/researchtools/protocol.php?protid=28')

======================================================================================================

这个链接打不开，楼主能不能给我一份，我都弄了几个月了，连siRNA阳性的都没有拉出来，怎么回事啊？请不吝指点，谢谢楼主了。
顶部
ending[使用道具]
四级
Rank: 4


UID 76092
精华 0
积分 771
帖子 1242
信誉分 100
可用分 6981
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-11-1
状态 离线
89

发表于 2013-4-16 15:34 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
请教lz
想问做ChIP必须要用细胞吗？是什么细胞呢，导师说我提基因组DNA就成。我是想找跟猪的A性状相关的一些基因，做ChIP-seq。因为看到好多ChIP的步骤，交联的地方都是要用细胞的，我一直很困惑这个细胞是啥。导师的意思是说采猪的某一个器官，然后提取基因组DNA，然后做ChIP，然后做测序，我还是云里雾里的不懂是该怎么做的。
先谢过啦！
顶部
yes4[使用道具]
四级
Rank: 4


UID 77377
精华 0
积分 764
帖子 1145
信誉分 101
可用分 6575
专家分 10
阅读权限 255
注册 2011-11-16
状态 离线
90

发表于 2013-4-16 15:35 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

准备做CHIP ，正在实验设计阶段，想请教一下，目的基因的引物设计有什么特别要求吗？看论坛里有位战友曾经问楼主引物设计是不是需要针对目的基因的启动子，于是感到矛盾，因为先前我接触的引物的设计均是以基因的CDS区来设计的 ，谢谢
顶部
 115  9/12 |‹‹‹3456789101112››