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“我拿到了DNA，但是实验组和对照组的量不同，我在做PCR之前是否应该调平呀？还有为了降低背景我的把DNA的量在体系中控制在多少以下？”
ChIP最后得到的DNA的量，实验组和对照组肯定不同，做PCR之前当然需要调平，不然就没有可比性。调平的时候就是Input发挥作用的时候了，实验组和对照组的Input其实就代表了ChIP实验的起始样品量（或者说是细胞量，DNA总量）。以Input为模板，引物扩增，计算出不同样品之间Input量的倍数，然后按照这个倍数，将ChIP产物按比例稀释。就调平了。
不过还是建议你做Q-PCR，Q-PCR更精确些。
至于“还有为了降低背景我的把DNA的量在体系中控制在多少以下？”
这个是要摸索条件的。
不过有一点需要注意下：就是反应体系中样品量最少应为2微升。因为我们所用的最小量程的枪为2.5微升，而枪在取样的时候总有误差。取样越少，那么误差在取样总量中所占比例越大，误差也越大。
Good Luck with your experiments!
