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标题:【讨论帖】最近做原核表达的几点教训和体会

ukonptp[使用道具]
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我在做有关单链抗体的表达,我的构建的载体是pCANTAB 5E,原核表达 ;想请教搂住几个问题。
1.原核表达需要大量筛选不同的克隆么?做了菌落PCR鉴定有很亮的阳性带是否就能判断为重组子。
2.诱导表达的时间是否为影响蛋白表达部位的因素呐?有文献说过夜培养目的蛋白就渗漏到上清中,短期培养就在周质腔,这种说法可靠么?我试过表达过夜,但是在上清中检测不到目的蛋白。
3.表达目的蛋白除了过柱,还有别的好的纯化方法么?

谢谢楼主!

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就我所知道的发表一下看法,供您参考:
1. 为了优化表达,有用不同单克隆进行表达,筛选最强者进行表达的;菌落PCR阳性判断重组子,是构建时候的事情。当然还要进行测序。转到表达菌株后,再进行菌落PCR,只是确认一下。
2. 文献说过夜培养目的蛋白渗透到上清?我认为只是针对该文献中的蛋白,或者某些蛋白而言的。不同蛋白特性不一样,表达部位也不一样。比如膜蛋白就可能跟Membrane结合在一起;要验证还是要靠实验。如果你表达过夜没有在上清里面,那说明你这个蛋白就是这样。
3. 据我所知就是过柱,分级沉淀,密度剃度离心了。过柱应该是最好的了
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版主,浓缩管是什么呢?

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浓缩管,就是一种膜,能透过小于某特定分子量的分子。在离心的作用下,buffer逐渐排出,蛋白即得以浓缩。

google一下centricon,microcon的image就可以看到实物图片。
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谢谢你的回复版主:)
因为很多人都用菌体点样作为跟破碎后、洗涤后、复性纯化后的对比,我也想做的。
至于复性峰的面积就很大,这样回收的液体就很多了,相对蛋白被稀释的倍数就太多了,我用的是普通的s200凝胶柱(检测出来有可能买专门的亲和柱),杂峰有多,我用过冻干法浓缩,蛋白又变性了成沉淀状。SDS电泳做过银离子染色,带太浅,看不清。有办法在蛋白浓度低的情况下检测出哪个才是目的峰么?

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还是不太明白您的问题,
样品直接过分子筛杂峰肯定多吧,我想。可否先跑离子交换?
峰太大?是不是取的peak收集?不用把整个峰收集到一块然后一起跑吧?如果想鉴定某个峰是不是您的蛋白,取peak的中间部分就好了。
在蛋白浓度低的情况,我想如果是生物活性法配合高灵敏度的仪器检测应该还是有可能的(但前提是这个生物活性本身很灵敏,比如产生荧光物质等)。
另外跑分子筛的话上样体积要小哈
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wmp1234[使用道具]
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我的确收了整个峰,下次只收峰最高的部分,谢谢你的建议。
检测目的峰我的东西可能不敏感,我在想想。非常感谢!
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sunshine039[使用道具]
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我诱导表达一个16KD左右的蛋白,在OD600=0.6-0.8时加入诱导剂.然后诱导4-6个小时.不知道为什么会出现以下两种情况:
1.诱导组和非诱导组比较,多出两条带.其中有一条与我要的大小相近,但是量并不大,另一条在30KD的地方.
2.与我目的带大小相近的带与MARKER最下面带的位置相比好象显的稍微大了一点,MARKER最后一条14.4KD的带要比目的蛋白16KD的带低很多,并且与说明书上面给的图片相比,MARKER最后一条带(最下面)与倒数第二条带的距离也相对大了一些.有没有人遇到过和我一样的情况呢?MARKER的位置可以完全说明问题吗?
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QUOTE:
原帖由 sunshine039 于 2013-4-20 09:11 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
我诱导表达一个16KD左右的蛋白,在OD600=0.6-0.8时加入诱导剂.然后诱导4-6个小时.不知道为什么会出现以下两种情况:
1.诱导组和非诱导组比较,多出两条带.其中有一条与我要的大小相近,但是量并不大,另一条在30KD的地方. ...


1. SDS-PAGE检测分子量只是一个大概。如果要用SDS-PAGE准确地检测分子量(表观),Bio-Rad有一种更精确的分子量检测产品,不过我也没用过

2. 30 kD的带是不是二聚体?能否做Western检测一下。

3. 如果可能,可以用低分子量范围的marker,跑15%的胶。如果要与公司提供的图片进行比较,注意胶浓度,胶类型,running buffer的组成是否一致。

4. 可以用Plot的方法,Lg MW为纵坐标,迁移率为横坐标,算出目的蛋白的分子量。不过这也是比较粗放的。

5. 由于你的蛋白本身就比较小,所以“大概16 kD”,最好是算出准确的分子量。根据氨基酸序列来算,而不是笼统地根据氨基酸数目来算。

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yychen[使用道具]
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最近我也在做原和表达,一直不顺,想和大家交流一下:
1 菌液OD值如何测得?需要一个control,我不知道该用LB还是用水。再,如何调节那个浓度旋钮。
2 拍page时,胶膜打卷,lz如何处理的?
3 我的菌液是1:10稀释,amp 100ug/ml。摇菌过夜后用的。200转/min,37度。试问,lz的转速和温度?
4 我的蛋白100KD。做PAGE时是将1ml菌液离心,弃上清。
再在沉淀内加入loading buffer(含SDS)震荡后煮沸使用。
5 加样前离心,Ep管上层为一种粘性物质,不易吸出也不易加入胶槽中。而如果这种物质跑出来的PAGE 就像是兰粉笔在胶面上划了一道,根本没有目的条带!lz把包涵体处理过么?
6 我做过一次wb(DAB显色),结果control(空载体)显色,而应该显色的却都没有显色。很奇怪。又做质粒酶切鉴定,正确。
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QUOTE:
原帖由 yychen 于 2013-4-20 09:12 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

最近我也在做原和表达,一直不顺,想和大家交流一下:
1 菌液OD值如何测得?需要一个control,我不知道该用LB还是用水。再,如何调节那个浓度旋钮。
2 拍page时,胶膜打卷,lz如何处理的?
3 我的菌液是1:10稀释,amp 100ug/ml。摇菌过夜 ...

1. OD是扣除培养基空白。
2. 胶膜打卷?没明白。我是扫描仪扫的。
3. 我在180 rpm 37度诱导。不同的蛋白,在表达条件的优化上可以试试温度,时间等条件。
4. 1 mL菌液我认为偏多。而且不知道您取的菌生长到什么浓度。200 uL菌足够了。(当然可能您煮1 mL菌但是电样时仅点小量)
5. lz没有对样品进行特殊处理,就是煮样。“而如果这种物质跑出来的PAGE 就像是兰粉笔在胶面上划了一道,根本没有目的条带!”没有目的条带,是总是没有还是在这种情况下没有?没有目的条带,其它条带有没有?
6. 做WB的膜是用有目的条带的胶转的吗?

我认为1:10稀释不妥,你可以将最后的菌液和转接前的一起调到同一个浓度,然后铺LB+Amp看看单菌落数有没有显著差异。

个人意见
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yychen[使用道具]
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谢谢

1 扣除培养基空白,就是说调空白时的浓度为 0
2 我是用bio-Rad来扫胶的。用扫描仪扫胶是个好办法,下次试试~~
3 摸条件的前提是诱导成功,所以当务之急是wb出结果!
4 你是把200ul菌液离心,是不是太弱了?这周我再做一次,把图传上来。
5 一条带也没有,什么也没有。就是一个块。明显和其他的上清液跑出来的band不一样。(以前做的page没留图,曾经拍过一个,效果很差。)
6 wb时,我转的膜很大,应该不会有错。再做一次吧。

关于稀释的问题,为什么1:10不行?1:500太少了吧?!在16h内可以让OD600达到0.5这个水平么?1ml:500ml,太稀了吧?!如果在相当时间内达不到一个理想水平,是不是菌的活性不好?

其实,这里面有个操作问题我一直没搞懂,就是标准的测菌液浓度。

下午已经把菌摇上了,明天再试试!
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测OD,要扣除培养基的本底(值)。

为什么我认为1:10不好,前面的帖子有讨论。事实上后来看到很多文献也提到了,不过没留心记下来是什么文献。

关于摸条件,在表达不出来的时候可能也要摸索不同条件。如果电泳跑得不好,你拿空白的菌(就是什么也不转的)跑个电泳看看你的整个过程有没有问题。如果电泳没问题,要看看是不是稀有密码子比较多;再有就看看蛋白是不是有毒性。

供参考,祝实验顺利。
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