蛋白质与蛋白组学

我们最近购买过R&D公司的一款蛋白芯片，检测血浆中一些指标。但是结果很不理想。完全按照说明书操作，可是在对照组和样本组中并没有明显差别。其中部分指标是已经大样本临床检测过的（多数是ELISA试剂盒检测的），证实会有差异的。

打电话咨询了该公司上海总技术部，也没给回复。询问是不是敏感性比较低，所以很多指标用ELISA试剂盒能检测到的，蛋白芯片检测不到。回复是：不存在敏感性问题，但是敏感性不会比western差。

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R&D公司的芯片，我没有实际使用过，关于质量无法评论。

其实您遇到的问题有几个方面需要考虑：

1.关于芯片，不知道R&D的芯片的Protocol上是否有相关灵敏度的描述？检测的下限如何？

2.关于样品，样品数量有多少，与您前期ELISA方法检测的样品有重叠吗？在进行芯片检测的时候，稀释度是否合适？以前发现的差异，是如何统计的，这种统计方法是否可用于芯片产生的数据？

非常感兴趣有没有可能，蛋白芯片在microRNA靶基因高通量筛选中发挥作用，比如在microRNA过表达前后，检测体系中蛋白变化情况，从而发现新的具有靶向作用机制或靶向作用蛋白，从而使microRNA的研究更加快速、准确···

蛋白芯片的价钱是不是都非常贵啊，所以制约了其在其他领域的作用

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您的理解是很正确的，蛋白芯片或者说抗体芯片是可以起到您说的筛选作用的。例如，现在已有很多信号通路的抗体芯片，以信号通路为研究重点，将一条信号通路上下游的蛋白的抗体集中到一张芯片上，用于检测干预（microRNA、drug、RNAi........）前后信号通路的变化情况，从而确定效应机制。

也有将多个信号通路集成在一张芯片上的抗体芯片，用以初筛确定作用通路与位点的。

蛋白芯片从总价上看是要贵一些的，抗体的获得相对与核酸探针的合成是要复杂很多的。但是从性价比上看，比买多个抗体分别进行Western Blot实验要划算很多。

玻片上固定NC膜，我只是使用过商业化的芯片，没有自己制备过。

我使用过0.22um的PVDF膜进行过类似实验，是使用喷点的方法，效果很不错。当然要想做好，不是仅仅喷上这么简单，要对实验条件不断的摸索优化。

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PVDF膜是疏水的呀，而抗体是溶解在水溶液中的，直接喷上能行吗？要优化什么条件啊？比如点样缓冲液什么的，要加进一些什么成分啊？

初入蛋白门槛
有问题想咨询一下
我的实验目前可以拿到A+X蛋白复合体，其中X蛋白为未知蛋白，我想有什么办法可以鉴定出X蛋白，以及X蛋白的成分呢？蛋白芯片可以么？

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蛋白芯片是没法鉴定未知成分的，应用质谱技术就可以，我们这对于做蛋白复合体有一套很好的技术平台，我们已经鉴定出三十多个蛋白复合体，并有很多复合体信息。

PVDF膜是疏水的呀，而抗体是溶解在水溶液中的，直接喷上能行吗？要优化什么条件啊？比如点样缓冲液什么的，要加进一些什么成分啊？

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通常PVDF膜甲醇处理一下，然后使用PBS润湿就可以了，湿润状态下喷上是没有问题的。

点样缓冲液可以使用含甘油的磷酸盐缓冲液。

初入蛋白门槛
有问题想咨询一下
我的实验目前可以拿到A+X蛋白复合体，其中X蛋白为未知蛋白，我想有什么办法可以鉴定出X蛋白，以及X蛋白的成分呢？蛋白芯片可以么？

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蛋白芯片不是很适合您的研究。您现在已经很清楚A+X了，还是IP把X拉下来，然后质谱鉴定吧。

如果要研究A有哪些相互作用蛋白，可以尝试蛋白质芯片（芯片上固定的为重组表达蛋白），通过加入A孵育，看一下究竟哪个蛋白会相互结合。

请问蛋白芯片如何实现将玻片上固定NC膜，装置如何实现？硝酸纤维素膜会不会发生渗漏？请高人指点。

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NC膜会渗漏的，但是在这个过程中蛋白会被膜截留在NC膜的一面，不用担心蛋白流失。固定NC膜的方法很多，小量可以使用手工的方法。

蛋白芯片不是很适合您的研究。您现在已经很清楚A+X了，还是IP把X拉下来，然后质谱鉴定吧。

如果要研究A有哪些相互作用蛋白，可以尝试蛋白质芯片（芯片上固定的为重组表达蛋白），通过加入A孵育，看一下究竟哪个蛋白会相互结合。

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小弟才入蛋白之门，想多问个问题

我正是通过IP拿到A+X（X是附着在A上的一个蛋白），可是您说再用IP把X拉下来

因为X是未知蛋白，怎么拉它下来呢？谢谢您的答复