气质联用

LC-MS-MS如何进行定量分析？
我想用LC-Q-TOF-MS 来做代谢组学，因为是样品是体液含有多种化合物，想加入内标后先进行一个相对的定量来判断含量发生变化的化合物。所以问题就是怎样去定量，用总离子流图好像不合适，因为每个峰对应着很多碎片离子，对单个碎片离子进行选择粒子流图积分时，峰面积明显有变化（比如说在总TIC图中是一个很小的峰，选择这个峰对应的某个荷质比进行选择粒子流图积分时峰明显变高），我想问如果利用峰面积进行相对定量的话，应该用哪个图比较合适？
我听我们管仪器的老师说的意思好像是要用二级质谱图来进行定量，而且定量时要选择这个物质的特征峰来进行定量
还有一个问题就是定性的问题，必须得用标准品才能定性吗？
在理想条件下，如果物质分的特别开的话，总离子流图的每个峰是不是代表一种物质吗？这个峰对应的碎片是不是，这个物质被打成的碎片。
哎呀，好多问题啊，我一直对也只定量定性不明白，因为我看文献中液质就跑出几个峰，为什么会检测到几十种物质，不明白，麻烦各位大侠啦，求解答，万分感谢！

LCMS 定量分析使用SIM 或MRM模式。公认的MRM更为准确。SIM使用Q选择性的滤过选中的分子量。但是分子量相同的化合物很多，所以，如果样品稍微复杂的话，SIM基本不合适。

MRM选择母离子和子离子。使用Q过滤母离子，q 轰击母离子，TOF过滤子离子，使子离子被检测器检测到。分子量相同，轰击后产生的子离子不一样的干扰离子就被排除了。所以，MRM模式是更为可靠的LC-MS定量分析方法。MRM检测是离子对。

内标的选择原理是结构基本和待测化合物类似。结构相同或类似，主要是为了满足被离子化的效率与样品类似。这就是为什么很多都选择使用该化合物或此类化合物的氘代试剂。化合物的分子量与待测物质不重合(还需要尽量避开化合物的isotopic peak的m/z)，基本可以和待测物质分开。

如果使用MRM, 样品被分开的话，那么理论上来说总离子流图上的每个峰都是代表一种物质。同时使用MRM模式，如果样品们的分子量与子离子不重叠，那么，即使在柱子中不被分开的化合物，也是可以认为在MS中被分开了。

文献报道的液质中几个峰，MRM检测到几十个物质就是多个物质在同一时间从色谱柱跑出来了。虽然出峰时间一样，但是每个化合物的peak应该是软件中可以显示出来的，只不过报道中由于篇幅有限，会被简略掉。

定性的话，需要标品，retention time 需要一致。
定量的话，需要先作标准曲线。peak area ration vs concentration.

LC-MS 方法的设立说简单也简单，说难也难。
具体project具体分析。

内标的选择原理是结构基本和待测化合物类似。结构相同或类似，主要是为了其满足被离子化的效率与样品类似。这就是为什么很多内标都选择该化合物或此类化合物的氘代化合物。内标的选择还要求其分子量与待测物质不重合(还需要尽量避开化合物的isotopic peak的m/z)，并且可以和待测物质分开。

你解决定量问题，用三重四级杆最合适吧。Q-TOF在定性方面更强大一些。先用标品把色谱质谱条件摸索好了，再做加样回收。

所检测的化合物的分子量大致可以由MS scan得到，然后对你感兴趣的峰逐个做tandom MS, 确定离子对。
  做这些都是使用直接进样就可以得到这些信息。

对于你想做的"样品是体液含有多种化合物"，个人认为最好先查阅相关文献。了解这种体液中有什么化合物。然后，再具体的碰到问题具体分析。

MS方面的资料可以使用wikipedia看看其基本原理。
   还有就是看你们MS机器的操作手册。碰到具体不理解的概念问题。可以上来提问。
    至于怎么做“体液含有多种化合物”， 有一本“Sample Preparation in Biological
Mass Spectrometry”。

对于代谢组学，如果是非靶向的，用MASSHUNTER进行处理
希望对你有帮助啊