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标题:【讨论帖】蛋白质结构解析

bs4665[使用道具]
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发表于 2013-5-2 16:16 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

我也做蛋白结构.正在为蛋白的表达有限而苦恼.而老板要用NMR和X-ray两种方法解析结构,还说比较两种有何同异.真是折磨我啊,我现在还是菜鸟级别呢.
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misswu61[使用道具]
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发表于 2013-5-2 16:17 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

很感兴趣哦！
不过想咨询一下lz：内源、外源荧光，圆二色谱、动态光散射等手段对于初步解析蛋白的作用有多大？可信度有多大？
谢谢！
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koook5695[使用道具]
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发表于 2013-5-2 16:17 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
除了圆二色谱，其他的没有接触过呵呵。
通常来说在解析结构之前，第一步就是看看蛋白质是不是真正折叠了，因为好多原核表达的蛋白虽然可溶，但是却并没有形成正确的构象。这时候，用园二色谱看看是不是具备二级结构就是很有必要了，或者用NMR一维谱也可以更加准确的确定，然后才会去考虑是不是可以解析其结构的。
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发表于 2013-5-2 16:18 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
您好！我想请教一下，我的蛋白是从发酵液里提取出来的，大概36.6kDa大，老板想让我做一下结构， 我对这个一窍不通，应该从哪儿入手呢？谢谢
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koook5695[使用道具]
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发表于 2013-5-2 16:19 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
您好！我想请教一下，我的蛋白是从发酵液里提取出来的，大概36.6kDa大，老板想让我做一下结构， 我对这个一窍不通，应该从哪儿入手呢？谢谢

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这么大，只能结晶。
首先你要拿到纯度比较高的蛋白，量30mg左右吧，然后做个cD或者NMR一维谱，是不是折叠了，如果蛋白折叠了，那么就可以考虑结晶了。
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koook5695[使用道具]
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发表于 2013-5-2 16:21 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
另外，我还想请教一下您给的那个pdb结构的网站，是怎么个用法呢，输入关键字怎么看到全文？具体用途是什么，新手上路，谢谢您！

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直接搜索就可以了，具体用途就是看看你的蛋白是不是已经有了结构，或者是不是有了同源结构。从而判断你的蛋白结构解析之后意义有多大呵呵
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huifeng0516[使用道具]
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发表于 2013-5-2 16:21 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
想要知道结构是否有意义，关键是你的结构能说明什么问题，而不要太在乎是否是新结构。
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koook5695[使用道具]
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发表于 2013-5-2 16:22 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
但是如果是一个新的fold话，那样文章更容易被接收。
如果有了同源结构，那么只有很好的功能实验，才能发表好的文章吧。
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dog002[使用道具]
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发表于 2013-5-2 16:24 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


QUOTE:
原帖由 koook5695 于 2013-5-2 16:22 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
但是如果是一个新的fold话，那样文章更容易被接收。
如果有了同源结构，那么只有很好的功能实验，才能发表好的文章吧。

新结构一般也看功能和来源，现在只是结构的文章很难发表，因为不能说明什么问题，除了结构上的叙述外，和功能相关的部分都是猜测，没有说服力的。
所以结构生物学的发展必然是成为一门附属学科，还是为功能解释服务的。
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dog002[使用道具]
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发表于 2013-5-2 16:24 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
很感兴趣哦！
不过想咨询一下lz：内源、外源荧光，圆二色谱、动态光散射等手段对于初步解析蛋白的作用有多大？可信度有多大？
谢谢！

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这些手段都只是辅助手段，一般只能是参考价值，和长晶体没有太大关系。
不过我们用动态光散射比较多，还有个比较有效的手段就是2级结构预测，看disorder区域多不多，比较多的话，就不太可能结晶，就要考虑做truncate或者复合物了.这个目前还是比较准的。
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