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标题:【讨论帖】蛋白质结构解析

koook5695[使用道具]
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发表于 2013-5-2 13:47 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


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原帖由 dragonkilly 于 2013-5-2 13:46 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

建议楼主作一个实例，我想这对将要从事晶体结构方面研究的学生来说是一个非常好的建议。
因为我刚拿到晶体，X－衍射和结构解析都拿到国外做去了，自己想做一下，但是不知道如何着手，具体怎么弄都感到一头雾水。 ...


其实是这样的，一般搞晶体的，例如北京大学的苏晓东教授的实验室，他们实验室就是搞晶体衍射的，但是也是多办同学做基因工程，只有几个同学进行数据的收集、结构的计算，而我其中一个同学就专门的负责结构的计算，不做基因工程提取蛋白。
坦白的说，如果自己做的话是不现实的，首先，你并没有贵重的仪器，更不用说操作了。第二虽然现在结构计算的比较成熟，但是对于普通人还是很难掌握的。而且坦白的说，我也不觉得有那个必要。
如果你想真的自己学习的话，或者想建一个这样的平台，我可以私下给你我几个同学的联系方式，可以向他们请教。我对于这个也只是略知一二。至于具体操作，我也仅仅是只知皮毛呵呵，毕竟我的专业是NMR。
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发表于 2013-5-2 13:47 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

“但是也是多办同学做基因工程，只有几个同学进行数据的收集、结构的计算”
？？？那么做基因工程的岂不是很无聊 反复重复 而得不到结构学的精髓所在？
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koook5695[使用道具]
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发表于 2013-5-2 13:48 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


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原帖由 idea2011 于 2013-5-2 13:47 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

“但是也是多办同学做基因工程，只有几个同学进行数据的收集、结构的计算”
？？？那么做基因工程的岂不是很无聊 反复重复 而得不到结构学的精髓所在？ ...

其实不能这么说吧。结构生物学不是只解结构、只长晶体这么简单的，坦白的说，拿到结构只是第一步，而且也比较程式化，按照你说的，如果一个同学整体采集数据，不也是重复吗？
拿到结构之后，如何分析，如何和功能联系起来，如何设计相关的生物学试验，这些我我认为是更加重要的。拿到晶体可以发一个2点几的，单单一个结构也只能发一个strcture note，意义也并不大的。只有了其他的生物学方面的东西，文章才有意义，才上档次的。并不是说他们做基因工程，就完全不作不懂结构计算，只是每个人都有自己的专长吧。我个人认为，结构的计算顶多只是文章的1/3.将结构进行分析、与生物功能的联系、论文的写作更是结构生物学的精髓吧。
例如日本的那个NMR计划，每年可以解出300个结构，然后只是存到pdb中而已，没有分析、没有文章，我并不认为这是结构生物学的精髓。单纯的解析结构，国内好多实验室都有这个能力吧，呵呵，个人见解。
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发表于 2013-5-2 13:48 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

是NMR的，还是X－ray的啊？
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nut6694[使用道具]
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发表于 2013-5-2 13:49 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

楼主强 这个蛋白纯度是不是要求很高呢
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misswu61[使用道具]
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发表于 2013-5-2 13:49 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
学习中，有问题要请教．
yunerwenyu，有没有用过insight II 或discovery　studio，用途如何？
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biabiade[使用道具]
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发表于 2013-5-2 13:49 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

看了楼主的介绍，非常感谢

我是做计算分子生物学的，做算法的。请问楼主可以稍微详细点的介绍一下蛋白质结构解析中计算机处理的那部分过程吗？
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koook5695[使用道具]
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发表于 2013-5-2 13:50 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


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原帖由 nut6694 于 2013-5-2 13:49 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

楼主强 这个蛋白纯度是不是要求很高呢

纯度当然是越高越好，但是一般只要纯度达到90％就可以了。
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koook5695[使用道具]
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 小中大


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原帖由 biabiade 于 2013-5-2 13:49 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

看了楼主的介绍，非常感谢

我是做计算分子生物学的，做算法的。请问楼主可以稍微详细点的介绍一下蛋白质结构解析中计算机处理的那部分过程吗？ ...

可以呵呵。xray具体地我也不是很清楚，在用NMR进行结构解析时，其实可以分为两个步骤，第一个步骤是进行每个原子化学位移地归属。第二个步骤是进行结构地计算和refine。第一个步骤得到化学位移后，就可以将NOESY谱中地交叉峰进行归属，就是说将这个峰指定为哪两个原子地NOE效应，并且根据这个峰的大小体积，从而根据公式便可以计算出这两个H原子的距离。当所有存在noe效应的H原子之间的距离都算出来，其实蛋白的结构就算出来了，这一步目前用的软件主要是cyana。但是这得出的只是初始结构，还需要进行优化，所谓优化现在一般都是分为两步，第一步用sane软件，它可以在得到初始结构的基础上，将明显不对的对峰的指认进行分析判断，从而得到更加准确的指认。第三部是用amber软件，这一步是更加精细的优化，直到得到最后的结构。
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koook5695[使用道具]
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 小中大


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原帖由 misswu61 于 2013-5-2 13:49 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
学习中，有问题要请教．
koook，有没有用过insight II 或discovery　studio，用途如何？

没有用过这两个，我们分析结构一般都是用molmol，我个人还喜欢用protein explore。也有同学喜欢用pmol，都是很好用的。
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