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标题:【讨论帖】蛋白质结构解析

koook5695[使用道具]
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发表于 2013-5-2 13:51 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
其实也不是太难,但是如果没有自己真正开始做一个蛋白,只是纸上谈兵得话,的确很难,看再多得文献,不如自己亲身实践.
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JK.jon[使用道具]
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发表于 2013-5-2 13:52 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
结构解析时也有用园二和红外的呀？楼主精通吗？我很想知道怎么用中红外光谱算出蛋白质的二级结构，正在做但很多资料没有。网络很多受限制不让我看，我又急着出结果要毕业，帮帮忙吧！谢谢！
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koook5695[使用道具]
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发表于 2013-5-2 13:52 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


QUOTE:
原帖由 JK.jon 于 2013-5-2 13:52 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
结构解析时也有用园二和红外的呀？楼主精通吗？我很想知道怎么用中红外光谱算出蛋白质的二级结构，正在做但很多资料没有。网络很多受限制不让我看，我又急着出结果要毕业，帮帮忙吧！谢谢！ ...

用圆二只能看看是不是存在二级结构，但不能得到蛋白的原子结构吧。
不好意思，对这两种技术，我也没有接触。
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98776langtao[使用道具]
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发表于 2013-5-2 13:52 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

不错啊！对于自己知识的浅薄真是感到惭愧啊，要向各位前辈学习啊！
我目前想用Anthprot5.0软件估算细胞表位，好象也是需要蛋白质的PDB格式的，不知道怎么弄啊，有那位前辈能否指教一下！同时，如有Anthprot5.0软件的说明书能否发到我的邮箱一下：1983cf@163.com。谢谢了！希望在各位前辈的指导下自己能够进步啊，呵呵！
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koook5695[使用道具]
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发表于 2013-5-2 13:53 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

pdb格式的蛋白，如果你的蛋白结构已经被解析了，可以从cuturl('http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do')
搜索并下载你的蛋白就可以了，一般都是pdb格式的。
你说的这个软件我没有用过，不好意思。
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发表于 2013-5-2 13:54 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

有战友问我晶体计算的软件，我大体说一下
“关于蛋白质晶体学有一本卢光莹和华子千合编的一本叫《生物大分子晶体学基础》
还有一本梁栋材著的X射线晶体学基础，这本主要是讲晶体学的数学物理基础

具体软件操作上没有什么特别好的教材，而且软件更新速度很快。我们一般都是上网上直接找manual看，边看边学。可以先找点关于晶体学的review文章来看，上NCBI或是google用crystallography一找就行了，先了解一下晶体解析的一般流程。

处理原始数据时可以用很多种软件比如 mosflm,shlex,hkl2000等等
最关键的定相位用的软件由采用的解析方法有关，有用于MAD，SAD的solve，resolve
也可以用分子置换法直接定相位
最后定蛋白分子结构最主要的可以用ccp4,cns,coot”
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发表于 2013-5-2 13:55 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

感谢NBA版主的精彩介绍，我有一个问题，目前国内能做生物大分子结构的地方也不多（也就是中科院生物物理所、北大、科大等几个地方），不知道这些地方是否提供合作吗？比如我们实验室发现一个很有意思的蛋白，想通过X-RAY解析蛋白结构，不知道可不可以去这些研究单位做实验。
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发表于 2013-5-2 13:55 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

刚刚接触这方面知识,弱问教楼主。
对一个新的膜蛋白来说，要了解它，一般的实验过程是什么？下面几步按什么顺序？
1. 蛋白表达
2.蛋白纯化
3. 蛋白提纯
4. 蛋白结晶
5.结构分析
6.测序
蛋白质测序所需蛋白的的条件是什么?
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发表于 2013-5-2 13:56 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

前5步是没有问题的。
一般的步骤就是这样的。
但是解析结构，首先肯定就是要知道蛋白的序列，这样才能表达出你想要的蛋白。
当然也存在结晶的蛋白是偶然得到的，我也见过这种文章，但是结晶后解析结构肯定就可以得到这种蛋白的序列了。
所以不存在第六步。
如果未知蛋白，或者你不却定你的蛋白是不是你想要的蛋白，你可以通过质谱测序。
条件就是拿到纯化好的溶于双蒸水里的蛋白即可。
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gogo[使用道具]
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发表于 2013-5-2 13:56 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
非常感谢楼主的解答。还有不清楚的地方请教楼主：
一般情况下蛋白质测序所用蛋白和x射线衍射时所用蛋白质的纯度和所需量各为多少？
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