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标题:【讨论帖】蛋白质结构解析

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发表于 2013-5-2 15:42 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
显然这个领域是交叉性非常强的专业领域。物理，化学，生物，计算机的原理与技术都有应用到。所以很多专业的术语都是不同领域的，刚刚接触时候，会感觉到这个领域的知识有些难度。不过这些方法和技术都是不同专业人共同开发出来的结果，多多领悟和接触就会发现也不是非常的难了。
说说三个主要结构解析的技术
1，X-RAY
2, NMR
3, EM.(electron microscopy)
1，2 楼主兄，已经说明的非常的深入浅出，且自己没有实战经验和实验基础。避免只是纸上谈兵，不赘述。
说说EM的技术。
其实EM技术自从1939年西门子制造第一台商业电镜以来，它一直都是研究形态结构的利器。五十年代和六十年代，A.KLUG，运用EM拍摄的照片，结合中央截面定理的原理，把二维的照片，重建出三维的结构信息。开辟了3D-EM的新领域。由于各种限制，它的进展非常之慢。不过由于A.KLUG的独创性贡献，他独享了1982年的化学炸药奖。
90年代以后，由于制样技术，电镜的设备的进步，以及计算机解析的算法的进步以及硬件的成本的降低，使得该技术获得飞速的发展，和广泛的应用。1997年有NATURE发表了该技术研究乙肝病毒7.4埃分辨率的结构。使得其分辨率达到亚纳米级。随着研究的深入，该技术显示出非常广泛的应用前景。
其优点，（与X-RAY 和NMR 的比较）
1，样品无需结晶，显然自然界的很多蛋白质结晶是非常困难的，所以无需结晶成为其首要的优点。
2，对于分子量非常大的蛋白，以及蛋白质复合物同样可以解析，避免了NMR的这个缺点。核糖体的功能的研究，该技术起到了不可替代的作用
3，制样的过程中，采样快速冷冻技术，可以保持样品在生理的状态下的结构
4，可以研究细胞内亚细胞结构，以及生物大分子复合物结构其研究范围可以是10-6-----10-12m的尺度。研究对象非常之广。
缺点与不足
主要的不足分辨率还未能达到X-RAY和NMR那么高的分辨率。至今最高的分辨率已发表文章的结果在5埃左右，不过已有实验室未发表的结构能够做到4埃的分辨率。
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发表于 2013-5-2 15:50 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

现在有点懂得蛋白的晶体结构的由来了.谢谢讲解.
因为我看了一些蛋白的文章,国内的做结构的不是太多,好多文章都是国外的,希望国内快快发展啊.
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发表于 2013-5-2 15:51 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

,国内的做结构还是不少的。
由于做结构的需要的仪器设备比较大型，所以做起来比较集中，而且不是随便一个实验室就能组建的
另外，这个专业比较交叉，需要不同专业的人，很多时候，国内的专业人只做本专业，没有太宽的专业外的视野，也可能是另外的一个原因。
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发表于 2013-5-2 15:52 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

做蛋白结晶学大家一般如何找到课题呢？就是从那些渠道得到你要的材料，特别是基因或者蛋白。
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发表于 2013-5-2 15:52 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

请教各位大侠

用于NMR结构解析的蛋白需要多少毫克。用酵母表达估计要用去多少克15N标记硫酸铵，不知道大家有没有经验。
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windy+++[使用道具]
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发表于 2013-5-2 15:53 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

再请教一个问题：蛋白与Fab片段联合结晶有没有特别注意的问题。

先感谢了！！
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发表于 2013-5-2 15:57 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
做蛋白结晶学大家一般如何找到课题呢？就是从那些渠道得到你要的材料，特别是基因或者蛋白。

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一般都是大规模的筛选蛋白，例如从人类cDNA、大肠杆菌cDNA中大量筛选出合适的蛋白。
当然也有很多是和别的实验室合作拿到的蛋白。
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koook5695[使用道具]
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发表于 2013-5-2 15:58 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
请教各位大侠

用于NMR结构解析的蛋白需要多少毫克。用酵母表达估计要用去多少克15N标记硫酸铵，不知道大家有没有经验。

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这个要和你的蛋白大小有关。
一般需要500uL，蛋白的浓度需要1-2mM，如果一个20kD的蛋白，差不多20mg。
用酵母是有人做的，例如梁宋平老师的实验室就这样标记过，主要是蛋白小，不需要C13标记，而且N15标记的NH4SO4比较便宜，1g才差不多几十美元。
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koook5695[使用道具]
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发表于 2013-5-2 16:03 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
再请教一个问题：蛋白与Fab片段联合结晶有没有特别注意的问题。

先感谢了！！

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共结晶的例子是非常多的，关键是结合能力要强，才可以共结晶。
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misswu61[使用道具]
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发表于 2013-5-2 16:07 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
在做蛋白与小分子相互作用的时候（计算机模拟), 都需要哪些数据和相关的软件。

对蛋白分子来讲,必须知道它的结构,就是直接从PDB data bank下载，最好是晶体结构

至于数据，要看你做的目的

软件很多：

windows 版本的，VEGA ZZ,Bigma(这个记不太清楚了），Arguslab etc.
linux 版本：HADDOCK,Autodock etc.

个人倾向于 HADDOCK,用这个前提是知道binding site
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