小中大感谢楼主开了一个好贴
做一点简单的补充，
对于最后的结构计算部分，现在常用的软件有，cyana,xplor,cns,xplor-nih,aria
xplor-nih,cns 都是依据xplor发展起来的，不同的是，xplor-nih 加入了python界面，和rdc的计算，cns则提供了网页式的编辑界面，aria则是在cns的基础上引入了autoassignment和waterrefinement.主要应用torsion angle dynamics ,distance geometry molecular dynanmics
insihtII就是给xplor/cns加了一个图形界面，本质是一样的，至于discover studio主要是用来modelling的
cyana 则主要是torsion angle dynamics但是没有enegy minimization,而且有autoassignment，并且计算速度远快于xplor.个人觉得cyana计算之后一定要做enegy minimization或者是waterrefinement,但是cyana没有rdc calculation module.
当然也可以将cyana和cns联合起来使用，但是中间的衔接有点tricky.
最后的refinement也可以用amber来做，但是不是必须的，cns就可以了。
