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标题:【讨论帖】两分钟Step by step 学习凝胶分析软件

uaubc[使用道具]
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发表于 2013-5-8 12:59 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
12.在band location的数据类型data type中，选择percent signal，就会出现各个条带灰度值占本泳道条带总灰度值的百分比。
13.单击自己的表达条带，则条带中心的+和相应的百分数的背景都会变成绿色。我表达的融合蛋白约占细菌总蛋白的29.8%。我们要的数据就得到了。自己再重复一下整个过程，会发现，原来是如此简单：）


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2013-5-8 12:59
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发表于 2013-5-8 13:07 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

总结：真的只是领进门。因为BandScan绝不仅仅是这么简单，它还可以做很多事情。比如通过设定一个条带的量（标准）来推断表达蛋白的量。比如用手动方式加入未被自动选择的条带，等等。举个例，我们发现我的目的条带上面有几个浅条带没有被选上，可以用band finding/manually insert a band命令把它们选上。这时，条带百分数也会随之改变。
这样直观的学习想必是大家都喜欢的吧：一个例子学会一个软件。我更加希望，有更多的高手可以用这种方式把初学者迅速领进门。有什么问题，请大家跟帖子或联系我，也希望大家支持我，把这件事情坚持做下去。


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发表于 2013-5-8 13:11 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我想做的是凝胶分析、质粒绘图、引物设计、序列分析[比对-对付测序报告，酶切位点分析]、蛋白质分析[提供物化参数、抗原性、二级结构预测，helix, sheet预测，同源性比较]、统计绘图、文献管理这几个东西。有了这些，其实基本上能够使计算机不很精通的战友的工作效率大大提高了：）
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发表于 2013-5-8 13:12 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我想请问你三个问题，
1.用DNAStar比对-对付测序报告,是怎么操作的？
2.质粒绘图怎么操作？感觉很复杂
3. BandScan的补丁打不上，不知怎么回事？不过好像不影响使用。
谢谢！
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发表于 2013-5-8 13:13 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
2.质粒绘图有多种软件可以实现，具体的要看你的要求。关于这方面的介绍，可以到医学，计算机版检索学习。这类软件不会太难。如果有一定的ps基础，很快就能做出比较精制的图谱。

3.这类软件的补丁一般是针对其使用次数或者期限的***补丁。在你没有达到这个日期或者次数的时候，其本身的这个限定自然是显现不出来了。
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发表于 2013-5-8 13:14 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我有一个问题请教：
这个软件可以用来分析westernblot的蛋白条带吗？
和其他的灰度扫描有什么不一样的？
谢谢
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发表于 2013-5-8 13:20 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

有个疑问：在显示的灰度测定值中的泳道2里的第二条带的灰度是90,但从图上可直接看出这一条带的颜色是最深的。但它的灰度值怎么会低于其它的条带呢？是不是测定有问题？
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uaubc[使用道具]
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发表于 2013-5-8 13:21 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


QUOTE:
原帖由 redbutterfly 于 2013-5-8 13:20 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

有个疑问：在显示的灰度测定值中的泳道2里的第二条带的灰度是90,但从图上可直接看出这一条带的颜色是最深的。但它的灰度值怎么会低于其它的条带呢？是不是测定有问题？ ...


那个显示的是band location，而不是gray：）
这个软件只是处理现成图片，没有测定：）
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uaubc[使用道具]
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发表于 2013-5-8 13:21 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我有一个问题请教：
这个软件可以用来分析westernblot的蛋白条带吗？
和其他的灰度扫描有什么不一样的？
谢谢

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可以用来处理，但我的感觉是有些粗略的。做精确定量的话，需要慎重。另外，它的一个缺点是，对分子量的估计，其实不很准。因为它依据的标准曲线不很好（线性或对数）。分析表达量最好。
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caihong[使用道具]
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发表于 2013-5-8 13:22 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我觉得这个bandscan软件得出的结果不准确,不同的人对同一块胶分析会得到不一样的结果.
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