小中大其实这个问题，色谱兄也提到过，比如最常见的就是某些抗体在pH下易聚集沉淀，这样低pH洗脱中和后，得到抗体是沉淀的。
解决方案：根据我的经验，可以选用配基亲和力适中的亲和层析方法（包括自己偶联配基时的配体选择，亲和常数要适中，既保证高的选择性，又兼顾洗脱方式尽量温和），这样洗脱条件温和有利于避免蛋白的沉淀变性；其次，洗脱的缓冲液中可以加入添加剂，如有文献报道arg了，同样的pH下，arg和w/o arg的洗脱强度有显著差异；另外，有的只能选用其他方式，如HIC等。
曾经做过同样是mouse的IgG2a,但洗脱pH相差很大，所以多数情况下可以按一般的protocol来操作，但遇到问题的时候只能具体分析了，抛砖引玉，呵呵
