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肿瘤
谁说肿瘤都是突变引起的？有几个病人都是天生的有突变致癌基因的？
蛋白组为啥就必须追述到基因组阐明原因的？
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2-D电泳找出差异点，质谱鉴定蛋白，皆针对结果而言。从蛋白质组反推到基因组，找出事物发生的原因应该是面临的主要工作，但现在觉得很多搞基因组的不愿意搞蛋白质组，搞蛋白质组的又不愿意搞基因组，再加上中间又多个表观遗传，所以经常是2头下衔接不上。
如肿瘤，大家知道，皆由突变引起。如果用蛋白质组学方法发现差异点，无外乎要么上调，要么下调，要么丢失，要么多一个或多几个。接下来就要检测RNA水平，那么QRT-PCR就要用上了。如果RNA和蛋白不一致，这就变成个很麻烦的事情。如果一致，那么再找DNA。如果RNA 与DNA不一致，还要分析更多原因。如：NMD以及表观遗传，诸如什么CpG island甲基化，5'UTR和3'UTR等非编码区的突变等等。当然还有蛋白之间和蛋白与DNA间相互作用的问题，这个就更复杂。比如你查到蛋白A的水平有变化，其实是由蛋白B的突变而导致的。还有更多的复杂机制。
反之，基因组学研究经常使用LoH，CGH, FISH等方法来找出差异的等位基因来分析肿瘤的诱因。
总之，我觉得蛋白质组要想发好文章，还是要回到基因水平上来阐明机制和机理。
个人愚见，水平有限。
