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标题:【专题讨论贴】蛋白质组学研究工作该如何深入？

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发表于 2013-5-11 17:28 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

我是做植物方面的工作的，目前也在做2D，也想通过2D找到一些在不同处理条件下所呈现的差异点来，进一步将差异点进行质谱分析，但难就难在可能会有很多的差异点，做起质谱来就很烧钱了，如果做完质谱，可以通过数据库比对，找到一些自己感兴趣的点，再通过合成简并引物，做到基因水平上去。
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IAM007[使用道具]
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发表于 2013-5-11 17:28 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

楼上的朋友提到，目前搞搞基因组研究的不愿意搞蛋白质组研究，搞蛋白质组研究的不愿意搞基因组研究，从时下发表的文章和申请的项目看，确实如此，不过个人认为倒不是研究者们不愿意，因为以下的问题，在这里大胆的提出来，供批评讨论：
（1）国内实验室都有自己的研究方向，或集中在蛋白质或集中在基因组等方面，所有组学都做的基本没有；
（2）信息分析和采集上，缺少将基因组和蛋白质组以及转录组等蕴藏的生物信息深入分析，导致做基因组的很少了解能从蛋白质组研究中得到怎样的有用信息，做蛋白质组的-------

但是有些科学问题的研究是相当复杂的，并不能通过一种手段获得自己论点的有力证据（基于假设验证的研究思路），如果能把基因组、转录组和蛋白质组研究贯穿起来，实现生物信息分析的深入挖掘，或许才能全面解读“中心法则”。
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jude[使用道具]
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发表于 2013-5-11 17:29 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


QUOTE:
原帖由 IAM007 于 2013-5-11 17:28 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

楼上的朋友提到，目前搞搞基因组研究的不愿意搞蛋白质组研究，搞蛋白质组研究的不愿意搞基因组研究，从时下发表的文章和申请的项目看，确实如此，不过个人认为倒不是研究者们不愿意，因为以下的问题，在这里大胆的提出来，供批评讨 ...


(1) 做大做全不如做小做精。哪个组学都是随便做做能做的好的，所有组学都做得，你能找到个做的好的？
(2) 其实有很多很好的分析。问题是，大家都没有能力一口吃个胖子。
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viviwang1987[使用道具]
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发表于 2013-5-11 17:30 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
看到大家的争论我有几点要和大家分享。我做蛋白质组和基因组数据处理,也作仪器和实验部分,希望对做蛋白质组同志们有所帮助.

1。首先蛋白质组和microarray一样都是研究的工具， 监测的到差异基因和蛋白有重叠，重叠部分95%变化方向是一致的。Illumina - BeadArray 技术可以检测到大概10k基因有显著意义的表达, LTQ orbitrap velos 可以检测4k左右唯一蛋白。 所以蛋白质组进步很大了。这是根据100多个beadarray data和几十个proteomics data的计算。蛋白质组检测不到的蛋白多是受体，离子通道，和转率因子。

2。 蛋白质组研究可以是研究的起点，找到有意义的蛋白作功能。这里有几个层次：
a. 单纯蛋白质组数据, 数据要全，分析全面，虽好技术新，发现蛋白多。或者与microarray数据整合.
b. WB或者RT-PCR验证部分差异蛋白， 但我的体会是，新的蛋白质组技术已经可以信服检测的差异蛋白的可信性。 对于相对老的技术还是需要验证，特别2D gel技术。
c. 细胞水平功能研究，可以过度表达或 siRNA抑制蛋白表达,或购买蛋白加到细胞培养液中看功能, 我们通常先看ERK.
d.动物水平.
我们的研究大部分到验证就停止了,功能研究还是很难的.

3。定量蛋白质组定量方法: 我以前一直用label free方法,也发表了这方面的方法学,但如果有条件,TMT, iTRAQ还是准确,可以发现20%的差异, label free可以发现1.5倍差异.

4.MRM (SRM) 技术:现在我热衷的技术,但前期生物信息处理是关键.使用仪器(QQQ)也不那么贵,很有前途.

5.我们基本不碰plasma蛋白质组找biomarker,很多大公司花大钱,大多失败,我建议没钱别碰它.
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kuaizige[使用道具]
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发表于 2013-5-11 17:30 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我是一个菜鸟，看了发言学习了很多，想请教几位具体的问题啊

1.组学之后的差异蛋白，说的是，要么研究差异机制，要么研究功能作用，我想如果定量分析蛋白，和可能影响的性状，也量化，来做统计分析，筛选功能蛋白，不知道是否可行？可能不够彻底，不过毕竟太大，一个人做不完啊

2.我是想做不同肉质的差异，不知道国外都认可哪些量化大理石花纹的指标，

求各位大侠指教啊 ，（有同学说国外不认可咱们评定的大理石花纹等级）
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shenkunjie[使用道具]
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发表于 2013-5-11 17:30 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
很多做基因芯片都通过这种方法找到了与出路相关性很强的通路。

因此，我一直在想一个问题：找到差异蛋白后，能不能画个网，观察一下差异蛋白之间的相互作用，以及这种相互作用与那些通路有关。
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birdfish[使用道具]
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发表于 2013-5-11 17:31 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

我想做蛋白间相互作用，用什么方法比较好呢，还有怎么能筛选出相互作用功能域呢
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发表于 2013-5-11 17:32 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我想做蛋白间相互作用，用什么方法比较好呢，还有怎么能筛选出相互作用功能域呢

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研究蛋白间相互作用的方法有很多，常见的有酵母双杂交、免疫共沉淀、GST pulldown等等，都可以做。还有新近出现的一些技术，如多肽阵列（多肽芯片），它不仅可以做蛋白相互作用，还可以筛选出相互作用的功能域。
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seven7[使用道具]
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 小中大

就我个人的感觉而言，找到差异蛋白之后，可以分成两个部分去做，一个是深究其差异的背景也就是机理研究，另外一个就是更偏向与应用的研究也就是寻找这种差异与你所关心现象之间的关联性，这个你可以理解为寻找biomarker。这样的话，可以让这个技术不是更多的浮在象牙塔的尖端，而是真正的能够解决实际问题。
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