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标题:【讨论帖】蛋白研究技术答疑专贴

阿凡提[使用道具]
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发表于 2013-5-22 20:22 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

版主好：我现在做的是蛋白的降解实验（细菌中）。是不是有方法在培养基中加入某种抗生素使蛋白量维持恒定，然后再逐步观察其降解的情况。或者看到类似方法的文献，可不可以提供一些参考，谢谢啦，版主辛苦了。
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newway[使用道具]
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发表于 2013-5-22 20:23 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

请问版主：我做iTRAQ，我用什么样的指标确定酶解的效率和标记的效率？或者说应该用什么样的质谱结果来确定我的酶解和标记是合格的呢？
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发表于 2013-5-22 20:23 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我觉得你的蛋白可能存在一些修饰，所以才会出现这种情景。

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请问后续的实验应该怎样设计啊？
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any333[使用道具]
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发表于 2013-5-22 20:24 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
请问版主：我做iTRAQ，我用什么样的指标确定酶解的效率和标记的效率？或者说应该用什么样的质谱结果来确定我的酶解和标记是合格的呢？

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酶解及标记效率没有统一的指标判定，一般我们做完酶解，标记之前会进行一次质谱分析的预实验，根据质谱数据（basepeak图、鉴定蛋白数量等）判定酶解效率，并通过样品标记后质谱得到的定量蛋白数量判定标记的效率。
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owanaka[使用道具]
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发表于 2013-5-22 20:24 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

老师您好，我想问一下用质谱检测蛋白质时，基质效应很大，空白中总是有很多干扰，怎么解决这类问题呢？
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发表于 2013-5-22 20:24 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

您好，请问变性后的蛋白在-20°可以存放多久？做WB的时候荧光特别容易淬灭是什么情况？
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发表于 2013-5-22 20:25 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
楼主，我一直有一个疑问，请教您一下。在提取蛋白的过程中，虽然低温和偏碱性的裂解液可以很大程度上抑制蛋白酶的活性，但不同组织的蛋白“结实”程度却有很大差别。有一些蛋白，比如左心室组织，即使不加蛋白酶抑制剂，组织量很多，慢慢悠悠整上大半天，提的蛋白也很好；但是另一些组织，比如血管组织，即使加了cocktail，很小心的提，蛋白降解的也会很厉害，丽春红染膜都能看出条带模糊。有时候即使不同组织一起提，所有条件相同，提出来的结果也不同。您认为如何在提取蛋白时，保护这些脆弱组织呢 ？
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发表于 2013-5-22 20:25 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

你好：
有一种蛋白质，通过软件预测这种蛋白可能是有毒性的，那么它是否具备用原核表达制备单抗的可能？还有就是已知一种蛋白利用免疫共沉淀拉蛋白的时候是否会由于选取的宿主细胞的不同而得到不同的蛋白条带？如果已知一种新蛋白该从那些方面去寻找与该蛋白相互作用的宿主蛋白？一些蛋白的氨基酸位点发生变化对病毒的致病力方面有显著增强作用，那么在蛋白相互作用上是否会有不同的结果呢？
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u76mp[使用道具]
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发表于 2013-5-22 20:25 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

我的蛋白上样量是70ug时对照组和实验组区别不明显，那如果我把上样量加大到100ug或者更大的话，对照组和实验组的区别会变明显吗？非常感谢！
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发表于 2013-5-22 20:26 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
您好，请问变性后的蛋白在-20°可以存放多久？做WB的时候荧光特别容易淬灭是什么情况？

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加甘油了么？一般长时间保存最好-70°较好。荧光淬灭快比较可能与您的试剂盒有关，选个好点的试剂盒试下
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