蛋白质与蛋白组学

不好意思，你说的第一种策略我没看懂，能不能再详细说说。我主要是没看出来你说地这两种策略有什么区别，难道你说的第一种是不需要进行差异表达对比就可以“help understand their structures and biological functions and provide potential targets for drugs“的吗？

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这两种策略肯定是有区别的啦。第一种主要在于建立整个组织或者组织的某个亚细胞器蛋白组（这现在好象有点热）的谱图，从而可为其他的研究提供一个蛋白资源库，现在这样的数据库网上也挺多的。这种方向也就不需要进行差异表达对比，也无对比可言。不知清楚否。
愿继续探讨。

这两种策略肯定是有区别的啦。第一种主要在于建立整个组织或者组织的某个亚细胞器蛋白组（这现在好象有点热）的谱图，从而可为其他的研究提供一个蛋白资源库，现在这样的数据库网上也挺多的。这种方向也就不需要进行差异表达对比，也无对比可言。不知清楚否。
愿继续探讨。

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明白了，也就是说这种策略是为了建一个数据库，里面包含某种类型的细胞在某种特定状态下所表达的所有蛋白质的信息，就像当年的HGP测序一样。可是这里面问题多多呀。费时费力工作量大就暂且不说了，关键是就算做出了重复性很好的图，而且也把所有的蛋白都显出来了，那么这张图究竟有什么用处。我的感觉是短期内看不到有多大的用处，不知是否正确，还请牛人指点。

不过从总体上看,蛋白质组研究可分为四个方面：(1)对细胞或组织内蛋白质的表达模式及修饰（表达蛋白质组学） 的研究。(2)建立在X-射线单晶衍射分析（晶体结构分析）、***核磁共振波谱分析、电镜二维晶体三维重构术（电子晶体学）技术基础之上地蛋白质的序列和高级结构（结构蛋白质组学）地研究。(3)对蛋白质的胞内分布及移位（细胞图谱蛋白质组学）地研究：确定蛋白质在亚细胞结构中的位置，通过纯化细胞器或用质谱仪鉴定蛋白复合物组成等。(4) 蛋白质的功能模式（功能蛋白质组学）

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楼上的回复中提到的蛋白质组研究的四方面让我对蛋白质组研究有了一个比较明确的认识。我觉得这四方面里，在当前只有第四点，也就是差异表达既可行又有意义。第一点我觉得表达模式以及修饰的信息得到以后好像意义不大。第二点无法解决高通量跟快速的问题，第三点也是如此，虽然感觉比第二点要容易很多。所以我觉得这两点在当前的可行性不大。不知道各位战友是否同意。

第一点 意义怎么会不大呢，许多蛋白质都是在修饰与去修饰之间变化，修饰或者去修饰后才是其活性形式，与具体的细胞器定位相关，从而发挥作用；磷酸化 糖基化 乙酰化等，现在发现好多蛋白质都有乙酰化修饰，但是乙酰化蛋白质究竟起什么作用似乎还不太晓得，有人都要把它与磷酸化相提并论了，

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蛋白质的修饰是很重要，这点谁也否认不了。可是你说的这些有关蛋白的磷酸化等等是针对个别蛋白，而不是整个蛋白质组，这样具体的信息在群友说的第一点研究里好像得不到。虽然蛋白质组远不只是2D，但是在当前蛋白质组研究好像在预分级之后马上要做的就是2D。我理解群友说的第一点是指跑出一张标准的2D图，从上面可以看出来蛋白的整体分布和修饰特征，但是这些信息我觉得没多大用处。至于uuooii提到的这些修饰的重大意义，又回到老问题上了，无法解决高通量并行研究的要求，只能一个一个蛋白地来做。
一家之言，欢迎探讨。