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标题:【讨论帖】蛋白质组学研究到底有多大意义？

veiwu[使用道具]
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发表于 2013-6-1 17:53 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
至于那张图，推荐看看全文把，不是简单得综合，而是把全部得interaction都用Y2H验证过了，并且不止原有得，还发现了很多新得。看完你会有所feeling得。

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有时间我可能会去看看原文。我想说的是验证不是什么困难的事情，熟练的技术员作Y2H是很快的。问题是如果没有原先的结果，拿什么去验证？发现一个新蛋白和一种新的相互作用是要花很多精力的，而用Y2H验证相对来说就是太简单的事情了。还有的一些新的东西，也是建立在大量原有工作基础上的。如果没有这些，也就是说去对一个全新的物种作这样一张图，我觉得就是全世界所有力量联合起来也不一定在五年之内能搞定。相比之下测一个新物种的基因组，几千万人民币两个月，一个华大就搞定，说明蛋白质组技术和高通量的目标差得还远。
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发表于 2013-6-1 17:54 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
至于“比较蛋白质组学”，这只不过是第一步而已，仅仅是能看出初步的“不同状态下细胞蛋白质组的变化” ，能说明为什么吗，能预测吗？

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我承认这是第一步，而且我认为这是现在唯一有意义的，因为这是据我所知到目前为止所有蛋白质组学技术里唯一一个实现了高通量的。2D号称分辨3000个点，实际分辨1000个一般可以实现，也就是说可以同时比较1000个蛋白的表达有没有差异。有了差异当然说明问题，说明这些有差异的蛋白的功能可能跟细胞所处的状态的变化相关。接下来的任务就是去仔细研究这些蛋白的功能，注意是一个一个去研究。所以我认为蛋白质组分析到了找到有差异的蛋白点就已经结束了，接下来的功能研究因为无法高通量进行，只能一个一个来，所以不是蛋白质组，而是还跑不出传统的生物化学跟细胞生物学。至于预测，我还不知道什么东西可以准确预测蛋白，有60%准确率就相当好了。
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发表于 2013-6-1 17:54 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
如果你有时间，有兴趣，建议去看看那个肝脏得项目把，我觉得那个项目是中国最好得蛋白质组得项目了！！

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据我所知这个项目的主要目的是想找到肝癌和肝炎的可能的治疗途径，用的思路就是差异表达。找到候选蛋白质后可能会仔细研究结构，功能以及设计药物。但是这个阶段已经不再是蛋白质组了，因为这个阶段都只能一个蛋白一个蛋白来做。我认为不能实现高通量就不能叫组学。

为了消除误会我最后说一点，我不是说不应该去研究蛋白质组学，或者不应该用蛋白质组学的方法，相反我认为这个概念的提出很有意义。可问题是现在的技术离蛋白质组的要求差的实在太远了，无法高通量分析蛋白的结构和功能，根本不可能在蛋白质组水平上开展研究，只有差异表达真正到了可以实用的阶段。所以我认为，现在的蛋白质结构与功能的研究跟几十年前相比在技术上没有本质的革新，还是一个一个的来。如果这个问题不解决，蛋白质组学或许就只能是一个idea。
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发表于 2013-6-1 17:55 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

重新看了一下帖子，发现我们想得不是一个东西，^_^，误会啊！

蛋白质组学有什么意义呢？应该说没有意义，没有价值。 一种方法能有什么意义？就好像我们总说“ 利用蛋白质组学来研究×××××”， 有意义得是在“××××”， 能拿到funding，发paper得是因为“×××××”，而不是因为“蛋白质组学”
不论“高通量”还好，还是其他什么还好，个人认为只要和蛋白有关得方法就叫“蛋白质组学”，其实叫不叫又有什么关系呢？能解决问题得方法才是有意义得，能帮助发paper才是有意义得。换一句话说，能解释生命现象得才是有意义得。

如果说“高通量得蛋白质组学”还只是个idea，oh ,ok, give me a break! i will not be care it any more!

^_^如果这样得，相信那些研究“蛋白质组学”得人马上就会把“高通量”去掉。

其实“高通量”就是个广告，吸引人得。有谁见过广告上得是100％得？^_^

就好像现在得楼上说只要有30％得同源，就可以预测结构了，可谁相信呢？

PS：“传统的生物化学跟细胞生物学” 呵呵，不知道为什么要用“传统”。我觉得不管用什么方法，最终都要归结到bio-functional study!
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veiwu[使用道具]
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发表于 2013-6-1 17:56 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
最近我也一直在想这个问题，也没想得太明白。我觉得现在组学这个名词很流行，所以世界各地的学者造出了n多以ome结尾的词，多少有点炒概念的意思，为了自己可以申请到更多资助。真的较起真来，蛋白组应该是去研究所有蛋白，但是谁也不敢保证能做到一个蛋白也不落下。其实不管什么组，好像要做到真正的全部一点不缺都是不太可能的。的确像你说的，应该把蛋白质组学看作一种技术，或者说一种思路，即大规模的筛选可能的靶点。用2D也好，用NMR也好，这才是有意义的。
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jujuba[使用道具]
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发表于 2013-6-1 17:56 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

对于蛋白质组学来说，要实现"高通量",这个可能从生物信息学的角度考虑实现的可能性要大一点。从样品的分离和鉴定两步来看，都有其瓶径。现在样品在初处理后，主要是用HPLC或者2-D来分离，至于鉴定主要是MS。对于MS的效率，而且有些MS消耗样品少且测定速度很快。至于它的可信度，我还是很相信的。比如，MALDI-TOF,由于m/z 的限制，所以很多蛋白都是需要水解成多肽来测定。能测定出30%的多肽就很不错了。

另外，我也相信楼上等人的观点，蛋白质组学，生物信息学，*********很多很多， 都是一个技术，都是一个"idea",都是一个工具，对于从事生物的人来说，他的意义是我们怎么利用这个工具，从某个切入点能做出“东西”，。。。。。

诚希望能有高人指点，多谈谈这个方面的问题 。
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 小中大
受益不少！
蛋白质组学、蛋白质化学、蛋白质工程学、......都是一个概念吧，着重点不同，使用的方法有差异，便于交流而已。
最终还是：“其本质都是为了研究生命（deadsea ）” ；
是不是哪位伟人说过“生命的本质是蛋白质”呀？
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发表于 2013-6-1 17:57 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

就目前来说，谈蛋白质组学的具体应用似乎远了点，焦点在其方法学上的发展，如从传统的2DE到DIGE到PF 2D到心想事能成的时候，也就是它无限风光之时。
鄙人呕心沥血作了一个有关proteomics的ppt，约7M，想上传，how?希望同行们不吝赐教！
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veiwu[使用道具]
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 小中大

楼上说的有道理，现在还是技术方法达不到idea的要求，所以发展新技术挺重要的。你的ppt要上传的话最好另开主题。
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发表于 2013-6-1 17:58 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
如果要发展新技术的话，在蛋白质组中，除了2D系统，其他的最好需要有化学，物理的background，数理能力要很强。

如果只是biology的backgroud，想发展新技术还是很困难的。就算是在2D系统中，也只能改进样品的处理方法，没办法从根本上发展。

我觉得现在蛋白质的研究的瓶颈在于，没有一种方法可以实现蛋白质的体外，高效，特异性的扩增，就像PCR一样！^_^如果有人实现了，肯定是nobel
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