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标题:【讨论帖】蛋白质组学研究到底有多大意义?

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最近也是在考虑蛋白质组的一些方面,愿与大家讨论:
1 蛋白质组学现在是一个起步阶段,需要做大量的基础工作;
2 现在检索文章所见的蛋白组学的研究,绝大部分集中于结构的研究,功能蛋白组学现在还谈不上;
3 前面的许多研究,如对某单一分子、单一蛋白质、单一炎症介质等的研究已经非常深入,但是机体是一个整体,实际出现的变化,绝不是单一的一种作用,或者单一的一种表达。所以“组学”的研究,也就成为了必然。(有些象熬中药,哈哈);
4 曾经设想过一种理想的实验:叫先找差异,再找共同点。就是说,如用三种不同的物质刺激大鼠,产生炎症反应;然后分别寻找出三种不同的刺激前后的差异,而再将这三种差异中寻找共同点,这样的研究某一通路的方法意义可能大一些(诸位有敢于这样干的吗?)
5 对蛋白组学的研究,翻看了人类对抗疾病、寻找生命秘密的新的一页,但是现在这一页可能是扉页,我们看到的东西太少了。但是,回过头看看,凋亡、NO等等的研究,至今仍然未有穷尽,要看到希望。
以上是一点看法,不对处请指正
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如果要发展新技术的话,在蛋白质组中,除了2D系统,其他的最好需要有化学,物理的background,数理能力要很强。

如果只是biology的backgroud,想发展新技术还是很困难的。就算是在2D系统中,也只能改进样品的处理方法,没办法从根本上发展。

我觉得现在蛋白质的研究的瓶颈在于,没有一种方法可以实现蛋白质的体外,高效,特异性的扩增,就像PCR一样!^_^如果有人实现了,肯定是nobel

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同意楼上所言。发展蛋白质组学的研究技术不是单一学科能实现的,要学科综合才可以。

说到蛋白的扩增问题,这确实是蛋白质比核酸难研究的主要原因,毕竟量大了很多事情都好办。但是蛋白的特异性扩增问题实在太大了,第一就是自然界没有现成的酶系统,第二是核酸只是一级结构,蛋白就算能把一级结构特异性扩增,没有活性的话其意义也有限。
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3 前面的许多研究,如对某单一分子、单一蛋白质、单一炎症介质等的研究已经非常深入,但是机体是一个整体,实际出现的变化,绝不是单一的一种作用,或者单一的一种表达。所以“组学”的研究,也就成为了必然。(有些象熬中药,哈哈);
4 曾经设想过一种理想的实验:叫先找差异,再找共同点。就是说,如用三种不同的物质刺激大鼠,产生炎症反应;然后分别寻找出三种不同的刺激前后的差异,而再将这三种差异中寻找共同点,这样的研究某一通路的方法意义可能大一些(诸位有敢于这样干的吗?)
5 对蛋白组学的研究,翻看了人类对抗疾病、寻找生命秘密的新的一页,但是现在这一页可能是扉页,我们看到的东西太少了。但是,回过头看看,凋亡、NO等等的研究,至今仍然未有穷尽,要看到希望。
以上是一点看法,不对处请指正

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3.我同意这种研究思路,孤立起来研究是不对的,但是话说回来了,我认为在一段时间内分析还原的思路还是主要的,毕竟生命太复杂了。不过整体研究还是应当受到重视,这就是现在说的系统生物学的思路。其实我不太喜欢系统生物学这个词,应为现在的所谓系统生物学研究很少可以真正的做到系统,只是研究用的是从整体上考虑问题的思路。不过话说回来了,各个学科的提出好像总是比这个学科真正建立要早不少时间。
4.你的这个思路好像不算很新。我没记错的话很早就有人研究过不同癌症内的基因表达,分别分析了癌组织跟相应的正常组织的差别,发现了许多癌症的基因表达的异常有相同之处。当然我不知道有没有人在蛋白质水平研究过,你可以去查查资料。我觉得这个实验不是很困难吧,应该没有什么敢不敢的问题吧?
5,的确每开创一个新的研究领域总会有人支持有人怀疑,时间会证明一切的。
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我个人认为,无论真核还是原核,在生命活动中蛋白的相互作用远远超出我们的认知范围。蛋白质组学从出发点来考虑是好的,从整个生命体的宏观角度来看待每个蛋白质所起的作用及其相互联系。但是,目前我们所掌握的技术条件及理论知识还不能将我们的目的实现。我们只能在现有的技术条件下从一个侧面、一个静止的时间来观测部分蛋白的差异。另一方面,我们的下游技术差的还很远,因此就不能将所有结果全部分析。2-D只是一个过渡技术,还不能满足我们对蛋白质的探索。未来的技术应向整个蛋白质组、生命的各个时间段以及生命体间的蛋白质组的相互关系(如细菌与细胞的相互作用)方向发展。
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蛋白质组学是一个新兴的学科,它的意义是非常巨大的:
但是在实验中,也有自己的一点小小的感慨:
1. 费用太高,电泳。MS都是价格不菲。抗体,纯化鉴定仪器明显高于核酸研究

2.理论研究缺乏,不如核酸研究的透彻。如果有心人会发现,我们的蛋白质技术还是停留在70~80年的知识,这么多年来,几乎没有改变;偶认为这是蛋白质组学的瓶颈!
3.蛋白质本身的多样性,确定的蛋白质一级结构但是可能有多种高级结构,也是我们研究的困难!
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看了大家的讨论,我学到了很多东西.下面是我个人的一点看法:蛋白质组之所以不象基因组发展的完善,成熟,主要有一下原因,1 组成蛋白质的氨基酸20种,远远大于DNA中的四个碱基,因而排序方面的难度准确性很难保证.2 蛋白质的种类,功能远比DNA复杂的多,而单个蛋白质的功能性又不像DNA那么强,那么专一,生物的许多外部性状是通过多钟蛋白质的协同作用表现出来的,虽然某一性状对应一个或少数几个基因.因而从蛋白质的测序到功能对照,结果很不明显.而同时研究蛋白质的协同作用,一方面工作量巨大,另一方面仿佛无从下手.这是制约蛋白质组学发展的根本性原因.
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这个讨论确实非常有必要。很同意大家的意见。
1,蛋白质组学的研究方法到底有多可靠?
2,蛋白质组学研究的费用也是个巨大的问题。
解决了这两个问题蛋白质组研究的意义就比较明显了。毕竟是全面、系统,和以往的生物学研究相比是上了一个台阶。
所以在这两个方面的努力是我们认为对蛋白质组学研究最有贡献的领域。
所以我们主要做
1,鉴定结果的质量控制,谱图的自动分析;
cuturl('http://www3.interscience.wiley.com/cgi-bin/jissue/109065264')
2,主要研究耗材的自给自足(不是二道贩子,是自己用于实验的,稍有富余,希望能支持中小实验室多做两个实验);
cuturl('http://www.proteomics-cams.com/service/lc-svc.htm')
(人少,没有专人做网页大家不要计较。网页上bjxx.net的Email也不灵了。只有用电话了。近期会重新收拾一下。)
希望能对同行有帮助。
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我也在做蛋白质组方面的工作,对这方面有些了解。我的感受是,蛋白质组的最大意义在于它是从蛋白质的水平上来研究生命现象,比在mRNA水平的研究更进一步了。在生物体中,mRNA的水平与蛋白质的水平在很多时候是不一致的。另外,蛋白质的翻译后修饰是无法从基因水平上去研究的,而蛋白质的翻译后修饰对蛋白的功能是很重要的。另一个意义是,相对于传统的蛋白质研究策略来说的,蛋白质组学可以大规模地研究很多蛋白质。如Westrn  Blot只能单个地研究蛋白质的表达情况,而2-d或ICAT技术可以同时发现很多蛋白质的表达情况。
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zhezhe[使用道具]
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我想讨论的是,蛋白质组学研究是不是想我想象的那样,只是能够为研究者缩小备选蛋白的范围,从而为选择到底应该去研究哪些蛋白提供一个方便。

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对于这个问题,小弟也看了一些,想过一段时间。
蛋白质组学提供了一种方法,一个看问题的独特的视角。正如上面某个仁兄提到的“能解释生命现象得才是有意义得”。也许真是源于这个基础, “高通量得蛋白质组学”似乎显示出了蓬勃的生命力。
记得以前看到一副图画:比较了以前的单基因时代和蛋白质组的差异,一个犹如钓鱼,一个犹如捕鱼。于是大家就开始嘲笑当年科研人们的研究速度太慢,效率太低。不过,在我看来,蛋白质组应用于诊断的开发,的的确确存在大的优势,这个大家都公认,尤其是很多相关仪器的开发更说明了这一点。
但是我们不能忽视的一个现实是,在完成重要功能分子筛选的同时,我们就应该去重点研究几个分子,唯有这种从整体到局部,最后通过局部的准确分析再去分析整体的功能,才是合理的。
我们始终要坚持“能解释生命现象”,而不是对所谓的方法非常的崇拜,虽然有的方法的确重要。
总之,研究生命的现象不是一个方法,一个学科能解决的。仅就从蛋白质组学研究而言,它决不能摈弃单基因的研究,相反应该紧密的结合。这不仅对生命学科需要如此,其他的应该也是相同的。正如我们现在要解决一个问题需要联合,需要各种方法的融合,各领域专家的交流。
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vcve[使用道具]
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蛋白质虽然不能像PCR那样子很容易就扩增,但是E.coli,yeast,哺乳动物细胞表达,基本上都能将蛋白加以表达,只是比较费事罢了。
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