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蛋白质组学研究可以说是既依赖于技术又受技术的牵制。我想如果二十多年前如果没有2-DE技术的产生的话，蛋白质组学研究只能是纸上谈兵，目前还没有一种技术能像2-DE那样能够在一块胶上一次分离成千上万种蛋白质。但是2-DE的局限也是显而易见的，难溶性的，等电点过高或过低的，分子量过大或过小的，以及微量蛋白质都无法得到分离。
但是蛋白质组学研究的意义是不容否认的，人类从探索遗传信息的载体--基因转而研究生命活动的执行者---蛋白质，有人认为这是一次黑格尔式的回归。其意义在于人类不再孤立的去研究生命现象，而是从整体上去把握，运用联系发展的观点去把握事物的本质，可以大胆的预测，目前是蛋白质组学研究，若干年后还会出现一个什么组。
对于蛋白质组学的研究学术界一直都是存在争论的，有赞成的观点，也有反对的观点。我目前从事的工作使我更关注于企业界，严格的说是国内的制药界对蛋白质组学研究的参与。据我手头的资料，好像除了内蒙的亿利集团投入5000万资金参与组建高等院校蛋白质组学研究院以外，国内的制药企业尚无行动，可见至少在国内，产业界并不看好蛋白质组学研究，这也是可以理解的，据统计，新药的研发至少需要7年的时间，理论上借助于蛋白质组学能够大大缩短新药研发的周期，然而从97年至今刚好7年，国外大的制药公司均投入资金从事蛋白质组学研究，但并未见有找到有效的药物作用位点的报道。试问国内有哪一家制药企业有魄力投入巨资去从事蛋白质组学研究？
可见，蛋白质组学研究的意义是不容置疑的。蛋白质组学能够产生巨大的经济效益也是不容置疑的，只是在现在与未来之间，道路还很漫长，而且这条道路，需要用大量的资金去铺就。
