小中大看得出你是一位很认真的朋友，所以我会尽量找出根据来回答你。
1，37度诱导过夜导致菌体死亡破裂，不是因为你的plyss菌自身表达溶菌酶的原因，而是由于iptg的细胞毒性，一旦诱导，细胞的主要生理活动都向着目的蛋白表达的方面转化。在通常情况下，细胞将停止生长，形成克隆的能力大大降低，但并未死亡。在37度环境中，3－4小时内细胞都不会死亡。
但是如果过夜诱导，在这样的温度和营养已经耗尽的情况下，细胞应该会死掉一些，正好你的plyss菌自身的溶菌酶会加速这个过程，所以才会出现你描述的情况。所以大家在37度诱导时都是只诱导3－4小时。
因为没有人在37度诱导过夜，所以找不到根据支持我的观点，你涂平板的结果也不太能说明问题，我并没有说你的菌全部死掉了，不过你可以做一个稍微严谨一点的试验来验证一下我的推断，在同样的条件下37度过夜摇你的表达菌，一个加iptg，一个不加，然后分别稀释到合适的浓度涂平板培养，计算活菌数，我估计将会有1到2个数量级的差别。
2，如果你看过包涵体的电镜照片，你会发现包涵体还是很大个的，直径跟细菌差不多，而且密度很大，肯定是可以在6000转离心下来的。你可以看看这个protocol，也许对你的试验有帮助。 cuturl('http://www.fhcrc.org/labs/strong/StrongLabRefoldingProtocol.pdf') 他们就是6000转离心包涵体，Centrifuge to collect inclusion bodies (for example, 6000 rpm for 15 minutes)，这个protocol有好几个经典文献支持，而且我认为他用6000转是有目的的，因为可以避免离心下来细胞膜碎片，使包涵体更纯。
3，我提过大肠杆菌膜蛋白，先是低速离心（肯定超过6000转，具体多少忘了），然后取上清4万5千转（or g）离心一小时得到细胞膜沉淀。所以低速离心是离不下来细胞膜的，应该是含有太多脂类物质密度太小的原因吧。
看你的id，是不是学蛋白晶体专业的？希望继续讨论^_^
