蛋白质与蛋白组学

楼主你好！
我在跑15%的胶的时候mark的某个分子量条带处（比如在15kd处），本来是单一的条带怎么会出现挨的很进的两条呢？

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这种现象是仅出现在marker泳道，还是别的泳道也有？同一批MARker一直都是这样吗？除你说的15kd，在别的分子量上有没有这种现象？
最好把你的图发上来看看，分析起来比较直观一点？

各位大侠，我有一问：
我跑Tricine-SDS-PAGE电泳，目的蛋白理论上是5kD，但是跑出来却是6-7kD左右，与理论值有一定差距，不知是何原因？
我的目的蛋白有43个AA，酸性和碱性AA20个，听说氨基酸组成对电泳结果有一定影响，但心理还是没底，有没有关于氨基酸组成与电泳结果的文献啊？ 小弟先谢谢了！

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http://www.dxy.cn/bbs/actions/archive/post/2565378_1.html
帮你查了一份以前战友发的帖子，详细的讨论了蛋白质中氨基酸的酸碱性与电泳间的关系，你可参考一下！

不准确吧. 胶浓度与欲分离的分子量有关. 比如二三十K的可以选15%的胶, 而五六十K的可以选12%, 或降至10%左右.
不过说老实话, 100K, 120K的没专门跑过, 大概可以考虑用略低于10%的浓度吧.

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可能有些误会，我所说的和你的意思其实是一样的。2、30K的蛋白要跑10％的胶也能跑，只是分离不好，因为胶浓度太稀，分辨率不够，但是SDS-PAGE用的是分子筛原理应该是没错的吧。就像层析，要想分辨小分子量的物质就要用分辨率高的柱子是一样的。

Number of amino acids: 44

Molecular weight: 5012.5

Theoretical pI: 5.34

Amino acid composition:

Ala (A) 2   4.5%
Arg (R) 1   2.3%
Asn (N) 1   2.3%
Asp (D) 2   4.5%
Cys (C) 0   0.0%
Gln (Q) 3   6.8%
Glu (E) 8   18.2%
Gly (G) 2   4.5%
His (H) 0   0.0%
Ile  2   4.5%
Leu (L) 2   4.5%
Lys (K) 8   18.2%
Met (M) 2   4.5%
Phe (F) 1   2.3%
Pro (P) 2   4.5%
Ser (S) 5   11.4%
Thr (T) 3   6.8%
Trp (W) 0   0.0%
Tyr (Y) 0   0.0%
Val (V) 0   0.0%

Asx ( 0   0.0%
Glx (Z) 0   0.0%
Xaa (X) 0   0.0%

Total number of negatively charged residues (Asp + Glu): 10
Total number of positively charged residues (Arg + Lys): 9

谢谢，你给的连接我看了，还是不能解释我的实验结果啊？
上面是我目的蛋白的氨基酸组成，不明白我的SDS-PAGE 结果为什么会差1kD？

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我让你看的目的是想说明氨基酸的组成，从理论上来说在SDS－page电泳中对试验结果应该是没有影响的，电泳中条带的位置只与分子量大小相关。由于在样品处理的过程中，加入了大量的SDS和还原剂，使蛋白解离成线性并在SDS的包裹下形成椭球形，由于SDS的存在，其所带的负电荷远远超过了蛋白分子本身的电荷，而使SDS－蛋白复合物在电场的作用下只与蛋白的分子量大小相关。
现在出现这种问题，可建议从两个方面找原因：
1、电泳的样品buffer有没有问题？可建议现配一次，跑跑看。因为现在大多都泳DTT作为还原剂，如果保存不当的话，可能会使其被氧化，而不能充分破坏蛋白分子中的二硫键，而是分子量大小不与蛋白位置呈正相关。
2、回到蛋白质的本身去找问题，比如你的蛋白是天然的还是人工表达的或是合成的，测序了吗？可是你的目标蛋白？可能的话可以作个免疫印迹鉴定一下。