【求助】求解蛋白质相互作用的新方法 - 经验共享

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标题:【求助】求解蛋白质相互作用的新方法

bamboo16[使用道具]
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发表于 2013-7-26 17:48 资料个人空间短消息加为好友

小中大

蛋白质相互作新方法：

1。酵母双杂交。
2。SPR技术
3。噬菌体展示技术
4。免疫共沉淀
5.PULL-DOWN方法

===========================================================================================================

我的一点看法：

1. 我做过的有YTH，co-IP, pull down, 细胞内共定位等。
我觉得方法各有长处，最好是先筛，或看相关资料找到你感兴趣的相互作用，然后有条件的话用其中3种以上的方法论证之。这样的结果可信度较高（我发在JBC上的一篇文章就用了前面说到的三种方法来证明我的目的蛋白之间的相互作用）。
2. 还有就是in vivo和in vitro的关系。结合你蛋白的in vivo的功能设计你的实验。
你所感兴趣的相互作用最终是要说明什么问题？你目的蛋白的功能还是别的什么？因为仅仅找到相互作用或者证明蛋白相互作用不是最终目标吧。
这些技术只是你通往阐明你最后结论的路径而已。

3. 希望大家介绍自己看到或做过的新方法

sunnyB[使用道具]
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发表于 2013-7-26 17:50 资料个人空间短消息加为好友

小中大

相对于transfer NOE来说，biacore还算不是很灵敏了，因为biacore只能到mM的灵敏度，而transfer NOE可以到nM的灵敏度。弱相互作用在药物设计中有很重要的地位。

PS：我现在已经完成了backbone 的那对NMR试验。进行backbone assignment.请问protemics 有没有什么好的方法，或者是经验share 。：）

DDD[使用道具]
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发表于 2013-7-26 17:52 资料个人空间短消息加为好友

小中大

噬菌体展示技术的详细步骤有人有吗？

mamamiya[使用道具]
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发表于 2013-7-26 17:52 资料个人空间短消息加为好友

小中大

请问在Y2H中诱饵蛋白的选择有什麽讲究呢，换言之就是，目的蛋白需要具备什麽条件才可能作为候选呢，请指教！

flower-201[使用道具]
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发表于 2013-7-26 17:53 资料个人空间短消息加为好友

小中大

PULL-DOWN方法原理是什么？谢谢

ha111[使用道具]
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发表于 2013-7-26 17:53 资料个人空间短消息加为好友

小中大

其实,transfer NOE不算很灵敏，而且对于很强和较弱的相互作用是不适用的.
它主要可用于一些筛选. 而biacore并非不存在假阳性, 可用于筛选,也可以用于
相互作用的动力学研究,如结合解离常数.两者目的不同,偶联的方法也不一样.
如何在偶联过程中保持了生物分子的天然结构和活性是需要考虑的。SPR技术不必使用荧光标记和同位素标记，实时，快速是优点。
不对之处多指教。

68943512yao[使用道具]
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发表于 2013-7-26 17:55 资料个人空间短消息加为好友

小中大

其实,transfer NOE不算很灵敏，而且对于很强和较弱的相互作用是不适用的.

===================================================

是的，transfer NOE 不适用于强相互作用，是有一个范围限制的。
不过还有很灵敏的方法么？

还有另外两种方法可以用来研究相互作用
1。CD
2。fluorescence

是基于binding 发生后，结构也随之发生变化。

但是效果一般

junjie05[使用道具]
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发表于 2013-7-26 17:55 资料个人空间短消息加为好友

小中大

nmr本来就是不灵敏的方法，否则还要inept，同位素标记干吗？nmr对于揭示蛋白质的结构信息有帮助，尤其是动力学研究有着优势（与x－ray相比）。祝贺你，开始主链归属，你的蛋白有多大了？

xue258[使用道具]
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发表于 2013-7-26 17:56 资料个人空间短消息加为好友

小中大

biacore也可以到nM级别。

68943512yao[使用道具]
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发表于 2013-7-26 17:57 资料个人空间短消息加为好友

小中大

最新的应该是PCA技术了。

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