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标题:【求助】蛋白结晶

66小飞侠[使用道具]
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QUOTE:
原帖由 jiushikeshui371 于 2013-7-31 18:05 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
杂蛋白如若要去的话我会首先选择肠激酶,因为用它切除后就一个杂氨基酸都不剩了。但是我现在想换以下载体,将His标签留在C端,这样杂氨基酸的数量就很少了。
还有两个问题要请教:
第一个是我现在是用His柱子纯化蛋白(GE公司 ...


呵呵,我们这边实验室一般都再过一个离子交换柱和分子筛柱,即用FPLC进一步纯化的,过完分子筛,咪唑也就去掉了
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呵呵,大家要多交流才好。
楼上的说得是,即便你过完镍柱之后蛋白纯度已经很高(从page胶上看),再进一步凝胶过滤也是必要的,这样可以去除你的样品中构象不对的蛋白,从而保证样品的均一度,也就是传说的heterogeneity吧。
第二个问题,经过凝胶过滤之后也就不成问题
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恩,结晶试剂里边有磷酸铵,然后我的那个蛋白是一种需要镁离子参与的酶,所以我加入了镁离子,期望可以辅助结晶。最后发现不加镁离子就得不到晶体,而只加镁离子不加蛋白却可以得到晶体。所以结论就是磷酸镁盐晶。

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不知你們實驗實一般做多少條件篩選。

一般來說﹐看到有晶體或者晶狀物質。首先檢查一下所用試劑﹐特別是可能會形
成的鹽類﹐然後查查鹽類的溶解度﹐基本可以知道形成鹽晶的可能性了。

也可用小工具檢查晶體﹐硬的﹐不易碎的﹐鹽晶。

也可用蛋白晶體染類來染色﹐Hampton有賣的。

有時候﹐比較難判斷﹐可能是鹽晶吸附了蛋白(有次﹐我的鹽晶染居然上色了)﹐這時﹐上衍射儀﹐如只看到幾個衍
射點﹐沒有低分辨率(如20 ~ 4 埃之間)的衍射分佈﹐即是鹽晶。
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其實我還是喜歡站友或者網友這個稱號﹐呵呵。

1. 你的蛋白多大? 要是不大﹐沒必要將histag放在C端。 既然用腸激脢後﹐不留雜
氨基酸﹐這挺好﹐沒必要再考慮更換載體了。
其實有時候﹐可以將特定的脢切部位設計到引物中﹐沒必要使用商業化載體自
帶的脢切位點。例如在BamHI後加入TEV序列﹐然後目的序列﹐這樣脢切後在N端只剩
兩個雜氨基酸。

2. 一般來說﹐純度要求95%以上。但是﹐也並非必須如此﹐有時候﹐70 ~80%的純度﹐
可以長出蛋白晶體來。有時﹐純度達到95%以上了﹐也長不出晶體。一般來說﹐越純
越好。如果你想拿過histag柱子後的蛋白來做篩選﹐是可以的﹐但我不主張這麼做。

過完histag柱後﹐可以走離子交換柱﹐最好還過size柱子﹐這樣可以保證高純度(不
僅僅局限于SDS-PAGE的純度)。

3. 應該除去咪唑﹐可用透析。也可在進行離子交換之前﹐用無鹽buffer稀釋一下histag洗
脫夜﹐一般就是2~3倍(我曾經不稀釋﹐就帶300mM的咪唑直接上柱﹐掛柱效果不好﹐
後來就稀釋嘗試)﹐但是有個問題﹐這樣會導致離子交換的上樣量大﹐操作起來也麻
煩﹐時間長。若用透析﹐也要至少耗幾個小時透析﹐但這時﹐上離子交換柱﹐效果肯
定好。後來﹐就看我心情了﹐想用那個途徑就那個。

4. 結晶時所用的蛋白buffer問題是比較大的話題。這裡涉及到蛋白的homogeneity與
穩定性問題。現在比較通用的也是用篩選的辦法來挑選一個或者幾個來嘗試, 我另外開貼說明。但要等一兩天。
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嗯,我也是刚接触蛋白晶体,我也想请教,如果真核生物的蛋白带修饰,那能不能将参与修饰的基因切掉来表达呢?我也看到有很多只做蛋白中某个domain的,但就是不知道把糖基化修饰基因切掉会不会行得通!当然这个糖基化修饰基因并不影响酶活!谢谢

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1. 有些蛋白的整體結構不好結晶或者全長序列表達有問題﹐是可以挑選其中的domain來
做。整體蛋白可能會有結構鬆散loop區﹐而這些loop區﹐可能會導致蛋白的homogeneity出
現問題。而domain由于結構剛性穩定﹐則容易結晶。

我做過將膜蛋白的跨膜區去掉後表達﹐並拿到晶體。但這不是loop區的問題。

2. 老實說﹐我碰到的涉及修飾的情況不多。這個可能要你自己多查文獻來看。 

我只能有一些簡單未經證實的建議。

據我所知﹐蛋白上糖基有增加水溶性(一些膜蛋白﹐如皮膚上的冷熱感受蛋白)﹐
參與分子識別(如精卵結合)的作用﹐還有血型的分類就是基與血型蛋白上的糖基不
同等。

有個問題﹐你說的參與修飾的基因是指另外的基因﹐還是指基因上的某段序列? 我
暫時理解成一段序列。

如果將糖基化修飾基因切掉﹐可能會影響其水溶性與折疊? 如果在Ecoli中表達﹐估
計形成包涵體的機會大增? 至於這種包涵體是否可復性﹐我不敢說。

如果糖基有別的功能﹐並不影響水溶性與折疊﹐或許可以切掉來嘗試。

或者你可以平行對比地來做﹐一個切﹐一個不切。這樣的工作量應該不會多多少。
你肯定可以通過這樣的嘗試學到很多東西。

另外﹐糖基蛋白即使能結晶﹐最後的結構也是很難看到糖基的﹐因為糖基太柔性可
變了。

希望其他人進一步指點。
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。您给我的答案中建议不要将His标签放在C端,请问His放在C端和N端会有何不同?放在C端进行结晶就不行吗?另外一个方面,您建议在引物中引入TEV序列,但即使这样做了,后面的纯化中不还是多一种杂的蛋白吗,这又当如何解决呢?
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大家的讨论真好啊!学到了好多东西。
我还想问PINK老师,含咪唑的洗脱液用什么溶液透析啊?
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原帖由 jiushikeshui371 于 2013-7-31 18:08 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

大家的讨论真好啊!学到了好多东西。
我还想问PINK老师,含咪唑的洗脱液用什么溶液透析啊?

我来帮你解决.
含咪唑的洗脱液由于离子强度比较高,不能用在下一步的离子交换上,所以你可以有几个选择: 稀释、透析或者做脱盐柱,三种方法各有各的优缺点。就象楼上老师说的,稀释会增加样品体积(从而增加了上样时间),透析比较费时间,而脱盐柱上样体积有限定。
所以,如果样品比较多(体积比较大),则采用透析的方法(1:50),4小时换液一次,总共换2次。(要注意如果样品体积比较大的时候要经常捏一捏透析袋,使内部液体混匀)
如果样品很少,又急着用,比如要切Histag 过夜,需要除去盐保证酶切特异性,则用脱盐柱比较省事。
至于你问的问题,这取决于你下一步用的离子交换的类型,如果是阴离子交换柱,比如Q柱,则不能用PBS,一般我用20 mM Tris 缓冲液,如果阳离子交换,则不能用Tris缓冲液。所用的缓冲液需要测电导,上样平衡液电导不要超过60 mS,否则挂不上柱。
所以上面提到的方案都可以保证电导小于60 mS的。
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jiushikeshui371[使用道具]
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我是用的sp c-25阳离子交换柱呢,具体用什么缓冲液呢?
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PINK[使用道具]
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您给我的答案中建议不要将His标签放在C端,请问His放在C端和N端会有何不同?放在C端进行结晶就不行吗?另外一个方面,您建议在引物中引入TEV序列,但即使这样做了,后面的纯化中不还是多一种杂的蛋白吗,这又当如何解决呢?

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1. 將histag放在C端﹐主要是防止大蛋白提前終止。如果在N端﹐在過 histag柱子時﹐
你可能會得到較多的不完全表達產物﹐當然會包括全長的﹔而在C端﹐就只有全長的
帶histag可以結合 histag柱子﹐有助于分離。

一般來說﹐C端的histag帶6個或者8個雜組氨酸。對於大蛋白來說﹐這幾個氨基酸所
佔份量很少﹐影響很小的。而你那個在N端的﹐用腸激脢切後﹐沒有雜氨基酸了﹐這
挺好呀。

放在C端﹐也可以用來進行結晶篩選的。

2. 一般來說TEV上是自帶histag的(也就是說﹐TEV的histag沒有TEV脢切位點。記得
好象是invitrogen賣TEV相關產品的﹐脢或者質粒)﹐用TEV切完 目標蛋白的histag﹐
GST或者MBP後﹐ 可以回鍋 histag柱子﹐這樣就可以除掉TEV了。另外﹐TEV在生理
條件下﹐如pH為7.5時﹐其是帶正電的﹐上Q 柱或者DEAE柱等陰離子交換柱時﹐其會隨flow-through流出而不掛柱。
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