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我们的质谱仪不能做iTRAQ试验, 所以没有这方面的经验. 在刚出现这个技术时, 感觉理论上很好, 所以看了一些介绍.这个方法结合shotgun方法应该是很好的.
现在有不少配套的iTRAQ定量分析软件, 如果要自己写程序处理, 应该比lable free和iCAT简单,原因:
1. 定量分析是在MS2水平的.
2.不需要打开含有MS1数据的文件 (提交检索的数据都还有MS2 ion intensity 数据)
3.在114-117 (或114-121 8plex)这个范围, 数据干扰应该少
4.如果丰度高蛋白,会检测多个多肽, 这样会有很多比值, 容易定量准确.
分析流程图: