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标题:【讨论帖】蛋白质组数据的生物信息学处理

duoduo[使用道具]
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发表于 2013-10-11 10:52 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
如果用2-D找差异,然后质谱鉴定, 通常得到的差异蛋白不会很多, 如果差异蛋白少于20个, 基本不需要生物信息方法进行分析, 手工检索每个差异蛋白和你所做模型,疾病的联系, 然后综合考虑更有实际意义.根据检索结果, 挑选有潜在意义的蛋白进行验证, 然后根据课题选择其他方法, 像在细胞试验用knock-down, transfection,动物用knockout, transgenic等技术研究其生物学功能.
生物信息处理是当数据量很大, 无法用手工方法处理时采用的方法, 是手工检索前的筛选过程.

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我的差异点经质朴鉴定，有40多个，开始一个一个手工看，发现有点要昏死了，还是想寻求下有没有什么快捷的方法？
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qianqin1977[使用道具]
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发表于 2013-10-11 10:53 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

前辈:我在做尿液中蛋白质的1D SDS和LC-MS/MS/MS(LTQ),样本丰富,实验条件还可以,因为是新手,希望能在较短的时间做出来,你有宝贵经验可以赐教吗?
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发表于 2013-10-11 10:54 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我的差异点经质朴鉴定，有40多个，开始一个一个手工看，发现有点要昏死了，还是想寻求下有没有什么快捷的方法？

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40个差异点可以先用DAVID分类然后还是手工分类补充。
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草木叉[使用道具]
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发表于 2013-10-11 10:54 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
前辈:我在做尿液中蛋白质的1D SDS和LC-MS/MS/MS(LTQ),样本丰富,实验条件还可以,因为是新手,希望能在较短的时间做出来,你有宝贵经验可以赐教吗?

=====================================================

1。蛋白量多少决定了你可以发现多少蛋白。 上样量在200-400 ug之间。
2。用12CM X 12 CM的胶，
3。如果有条件， 4-12 % 或 4-20的梯度胶最好， 否则 10%的也可以。
4。胶条大概在40个左右， 效果比较好。
5。1D SDS质量一定要高， 没有拖尾， 条带清晰。
6。如果比较每个样品，定量一定要准确。
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qianqin1977[使用道具]
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发表于 2013-10-11 10:54 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
本人原意肾脏疾病患者尿液蛋白质的1D SDS和LC-MS/MS/MS(LTQ),寻找特异性蛋白，但一位仁兄尽然觉得为尽量减少蛋白丢失，提取完蛋白后直接酶解，然后作质谱分析，我惊愕，该仁兄去年做了一些尿蛋白组学的试验，经验比偶多，蛋白组学经典技术路线是：样品---二维电泳---蛋白分离---染色---蛋白质点切割---酶切消化----脱盐/浓缩---点样---质谱分析----鉴定蛋白，按那位仁兄的方法能行吗？能帮我拿个主意吗？
小辈叩谢！
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发表于 2013-10-11 10:55 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

现在MS-based蛋白质组研究技术线路有3种, 2D + MALDI或LC/MS/MS, 1D + LC/MS/MS, 和蛋白酶解后2D(or multi-D)-LC/MS/MS的shotgun方法. 如果有LTQ肯定不用2D胶. 如果有2D-LC/MS/MS 技术成熟, 尿液蛋白质组最好用这种方法, 因为尿液中有很多降解蛋白或多肽, 或许有生物学意义的就在这一部分中. 1D Gel最多分离到5-10KD的蛋白, 小分子的蛋白都看不到.
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发表于 2013-10-11 10:55 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

请教楼主一些细节问题,我现在用的是LTQ进行LC-MS鉴定蛋白。用的是75um*10cm的反向柱，有机相试过甲醇+0.1%甲酸，也试过乙腈+0.2%冰醋酸。梯度十几分钟。你觉得做LC-MS时，用甲醇还是乙腈更合适；拉梯度有从几分钟到几十个小时，应该如何抉择？我总感觉梯度时间长可能含量低的肽段会检不出来。谢谢！
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发表于 2013-10-11 10:56 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我们用: 0.1% formic acid (v/v)in acetonitrile.
梯度: 如果是大量样品, 用90 min, 如果是检测磷酸化为点用3小时, 3 个小时似乎是效率最高, 如果时间在长并不能增加发现的多肽数.
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89tongzijun[使用道具]
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发表于 2013-10-11 10:56 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

Nice work!

Have a number of questions.

(1) You have a system called MS Result manager in your lab, could you recommend similar systems that freely available?

(2) What do you think of the system described in cuturl('http://www.biomedcentral.com/1471-2105/9/302') ?

(3) I got from some one a lot of results from Mascot. Do you know any tools that extract the useful information? I don't want to write a parser for that.

PS: Did you do your PhD in H & W lab? If yes, we are old friends.
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草木叉[使用道具]
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发表于 2013-10-11 10:57 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

回复 #39 89tongzijun 的帖子

There are several free software package available for proteomics data analysis. To my knowledge, there are no good free software packages can handle 1D Gel based proteomics data. I haven't published my software, so my software is free or open source now.

That software you mentioned is focused on 2D gel data. I don't know what kind of data you are dealing with.

There are mascot parser available, which you can get it after Google search.
I have written a parser for mascot data long time ago, my software package definitely can handle mascot data. As long as the output file is XML format, or even ASCII format, the results from different search engines could be easily input in my system.
If your data from 1D gel based proteomics or shotgun proteomics, we maybe cooperate to analysis these data. The software can also output label-free quantification result. See the link for detail: cuturl('http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=65&id=12463538&sty=1')
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