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标题:【讨论帖】蛋白质组数据的生物信息学处理

jrwyyplt[使用道具]
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发表于 2013-10-11 10:57 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

基于1D GEL + 1D-LC/MS/MS的蛋白组研究比较2D Gel based和2D-LC/MS/MS （Shotgun）有一些比较显著的优点。 1D GEL + 1D-LC/MS/MS 比2D Gel based 方法主要是减少很大工作量， 可以容易得到整个样品的蛋白质， 而不是数个差异点，而且不论使用标记和非标记方法得到的定量结果都理论上比2D准确。 因为在2D胶上每个点通常很多蛋白， 一个蛋白通常分布在几个点。

想请教楼主以下问题: 尽管在2D胶上每个点可能会有很多蛋白,但与1Dgel相比，蛋白的分离效果应该更好吧。此外，对于1DGEL中有多个蛋白的条带酶解后，混合蛋白是如何分别被鉴定出来的？ 它的原理是什么？也是基于一种算法吗？对于未测序的物种是否可以用1D GEL + 1D-LC/MS/MS的蛋白组研究方法？此外，想问下定量的具体方法？因为对1D GEL + 1D-LC/MS/MS的方法不了解，希望多多指教！谢谢！
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草木叉[使用道具]
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发表于 2013-10-11 10:59 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

早期的质谱是使用多肽指纹的方法鉴定蛋白的, 样品需要含有尽可能少的蛋白,所以2D Gel 分离方法是比较理想的方法. 现在的质谱都可以MS2鉴定,可以根据MS2结果鉴定蛋白, 所以蛋白混合物也可以鉴定出来. 但是质谱做MS2的速度是有限的, 丰度低的多肽就不会发现, 我们实验室目前可以用一次质谱从蛋白复合物种发现120种蛋白. 这就出现2种主要分离技术线路, 蛋白水平和多肽水平. 蛋白水平就是根据分子量或等电点分离, 就是用1D SDS, IEF分离, 或其他方法, 多肽水平就是用LC, 2D LC, 多维LC的方法分离. LC的方法是最基本的就是 LC-MS/MS.

关于1D SDS分离蛋白还是2D LC和多维LC分离多肽的方法更好些, 可以参考这篇最近的文章.
cuturl('http://www.mcponline.org/cgi/content/abstract/M800190-MCP200v1')
从这篇文章可以看出, 1D SDS可以发现更多的多肽和蛋白. 我们更倾向用1D SDS分离蛋白, 因为这样可以得到分子量信息, 可以发现酶切或降解蛋白. 可以和western对照比较.但缺点是费时, 数据处理繁琐.

定量方法有标记和非标记方法,可以找篇综述了解一下, 我们用非标记方法, 可以看:
非标记定量蛋白质组学研究方法
cuturl('http://www.dxy.cn/bbs/post/view?bid=65&id=12463538&sty=1')
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发表于 2013-10-11 11:00 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

学习了 最近正在分析2d数据 同时也做了1d的page 也发现2d的数据不好分析 ，我们的实验是在1d 上有很大的差异 但在2d上就不明显了，现在想问楼主，可否有把2d的胶图还原到1d 上的软件，我想比较同样的样品在1d 转2d上蛋白是否发生了变化？我觉得应该还原还是有可能的吧 ，等待答复
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发表于 2013-10-11 11:00 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

请教高博士一个问题：有没有针对高分辨率FT-LTQ的比较好的Label-free定量的open source软件呢？谢谢！
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发表于 2013-10-11 11:01 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

天然激素和重组激素就差一个末端氨基酸不同，生活活性基本相同，三维结构是否相同？譬如牛生长激素。如何知道二者三维结构的有无差异？
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yjf1026[使用道具]
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发表于 2013-10-11 11:01 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

相关疾病：
头痛
楼主 您好，我想问一个具体的生物信息技术问题

我是初入蛋白质组学的，对生物信息方法不是很了解，现在遇到了一个比较头疼的问题。关于蛋白质的亚细胞器定位，经过LC-MS/MS鉴定后会有一批IPI的数据，大概是1000以上，而那些蛋白定位预测的软件需要的都是蛋白质的序列，EBI的IPI数据库每次只能查询14个IPI号左右，我有1000个左右的IPI，我想问一下用那个数据库可以将这么多IPI的编号批量转换成对应的蛋白质序列。

另外一点就是，如果我想使用GO的注释进行蛋白的亚细胞器分类该怎么办？

这两个问题困扰了我很久，如果蛋白少的话还可以一个一个的做，上千个实在是不知道如何是好，我生物信息的知识很薄弱，希望Dr. Gao可以说得详细一些，谢谢
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草木叉[使用道具]
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发表于 2013-10-11 11:02 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


QUOTE:
原帖由 yjf1026 于 2013-10-11 11:01 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

相关疾病：
头痛
楼主 您好，我想问一个具体的生物信息技术问题

我是初入蛋白质组学的，对生物信息方法不是很了解，现在遇到了一个比较头疼的问题。关于蛋白质的亚细胞器定位，经过LC-MS/MS鉴定后会有一批IPI的数据，大概是100 ...

相关疾病：
头痛
我是写了一段程序处理大量IPI转换成蛋白序列的,然后提交到cuturl('http://www.cbs.dtu.dk/')网站查询, 由于这个网站的程序有限制, 比如targetP 是:
At most 2,000 sequences and 200,000 amino acids per submission; each sequence not more than 4,000 amino acids.
程序里限定以下这些条件就可以. 会写程序的人解决这个问题不难.

GO annotation 细胞定位我也是自己写程序处理的, 你可以使用DAVID (cuturl('http://david.abcc.ncifcrf.gov/home.jsp'))这个网站去分类, 他们做的很好. 使用 GO annotation只能得到部分蛋白定位信息，其他的蛋白定位还是需要计算预测，　Mouse IPI数据库有６４％有annotation, 但是如果使用程序进行处理，对多个IPI对应一个序列进行挑选, 可以提高到94%的注释率. 但这一部对你可能困难些.

我还有一批类似的数据处理, 如果我有时间的话, 可以帮你转换一下.
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yjf1026[使用道具]
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发表于 2013-10-11 11:02 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

回复 #47 草木叉 的帖子

后来我又读了一些IPI库的使用说明，发现有个窗口也已一次性的提交70个左右的IPI号码，我想我1000左右的蛋白做几十次搜索也可以得到全部的序列，这种重复次数我还可以忍受，后续的条件限定估计得找一得懂编程的帮忙了。当年学的VB差不多都忘光了，Linux命令还在学习中。

总的说楼主还是推荐使用软件定位，但实验室的师兄以前做过，有的软件预测的偏差还是比较大的，在这里还想问一下，是不是预测某种亚细胞器定位需要RUN两个以上的定位预测软件，还是在signal P和targetP之间选一个就行？

谢谢
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草木叉[使用道具]
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发表于 2013-10-11 11:03 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


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原帖由 yjf1026 于 2013-10-11 11:02 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')
后来我又读了一些IPI库的使用说明，发现有个窗口也已一次性的提交70个左右的IPI号码，我想我1000左右的蛋白做几十次搜索也可以得到全部的序列，这种重复次数我还可以忍受，后续的条件限定估计得找一得懂编程的帮忙了。当年学 ...

因为定位软件还是不那么准确， 所以结合多种算法可以增加可信度， 编辑审稿时也会觉得你做的严谨。
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dog002[使用道具]
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发表于 2013-10-11 11:04 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

请问怎样预测蛋白质的N末端和C末端呢？
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