小中大我所用的GO ANNOTATION软件是我自己写的, 我没有找到一个合适的软件处理我的数据, 因为我要比较GO 分类在不同组的差异.
我没有用过BINGGO, 通路分析软件做的最好的是Ingenuity和GeneGO, 两者功能有差别, 各有侧重, 我们使用的都是正式版本, 我估计试用版功能和正式版功能一样,只不过是有时间限制而已.
得到差异蛋白我就是用上面提到的那些方法, GO分析和Pathway分析, 根据分析选定几个感兴趣的蛋白深入功能研究.
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得到的差异蛋白是数据库里已有的蛋白，功能什么都有了，怎么还做功能研究。还有数据库里没有的差异蛋白怎么做深入功能研究？
