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标题:【求助】请教蛋白质质谱测序

dreaming[使用道具]
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QUOTE:
原帖由 cwcwcww 于 2013-10-25 22:19 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

谢谢!!我做Ip的时间也不长,我觉得主要是预清除要做好,另外孵育时间也要摸一下。我得到的带不纯,因为我用edaman降解法测不出来,显示是蛋白不纯的缘故,白花了钱。所以现在想用质谱试试! ...

听我师兄介绍说,预清除不是很重要,对结果没有太大影响.
孵育时间的确是个重要因素,按照一般的实验protocol,好像都不够,一抗和agarose的孵育我都是过夜的(>10h),不过我还是看不到我要得条带。能否将您的漂亮ip贴出来,让俺瞻仰瞻仰?
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memory[使用道具]
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if your band has more one protein,though you can identify them using MS in theory,in fact ,it's difficult.Perhaps,you get a protein list,but which is true?
Someone maybe say you can identify according to the ions scores when you search database,but,it not always is fine.
So,try your best to pure your samples, or, there is nothing even though you use MS.
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薄荷侠[使用道具]
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You hit the point!

Score, or so-called MF match factor, is just a product of mathmatics. Many evalution equations and therefore more weight factors are involved. One can hardly judge which result is more resonable from dozens of target proteins with MF of about 40%. However, it's definely ture that better separation brings better identification.
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鲇鱼少爷[使用道具]
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我的蛋白上海基康认为为N-末端封闭,请问还有什么方法来测序呀?哪里可以提供解封闭-测序服务?如何来确定是封闭的?是何种封闭?谢谢,急呀!要毕业了,等结果呀!救救我吧!
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DNA[使用道具]
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蛋白测序和蛋白鉴定不是一个概念 鉴定是根据一定的算法看MS匹配度来推测肽序的 没太懂楼主需要做到那一步?
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jingling845[使用道具]
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蛋白质测序,如果用EDMAN方法,要样本量多,耗费大,用TANDEM MS要容易点。
蛋白质鉴定,采用的方法不少,根据实验来定吧。测序是比较可靠的了,WB也是啊,若只有大小不同的二个蛋白质,SDSPAGE也行的。。。
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DNA[使用道具]
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影响质谱分析的因素有哪些?
DTT是否影响
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DNA[使用道具]
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IP后的蛋白及Protein G Beads一起,如何将他们分开,进行质谱鉴定
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langlang[使用道具]
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请问LC-MS做出来的差异蛋白中的未知蛋白,只知道蛋白分子量,如何获取呀,我想用来测序?急求
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