小中大看到上面几位的讨论，感触颇深，我也来说几句。
我是做哺乳动物细胞表达的，目前做过几个细胞株的真核表达，也成功的表达了5个蛋白，其中以抗体居多。
其实正如楼上的楼上讲的，哺乳动物细胞表达同酵母表达相比，其最大的劣势在于成本和规模放大。首先，哺乳动物细胞表达时高表达细胞株的筛选是一个相当费时费力费钱的过程，由于外源基因整合位置的不同，导致不同克隆之间的表达差异相当巨大，因此建立一套完善的筛选体系是关键。第二点就是放大成本太大，细胞培养放大非常困难，成本相当高，其关键技术如培养基和流加工艺的控制，目前掌握好这些技术的人在国内屈指可数。
但从另外一个方面讲，哺乳动物细胞表达的优势也是巨大的，首先用哺乳动物细胞表达人源蛋白，由于本身同源性相当强，因此，几乎不用怎么考虑蛋白活性的问题，而这一问题，恰恰是原核和酵母最为头痛的。因此在开发新药上，比其它系统用有无可比拟的优越性。另外，目前，随着哺乳动物细胞表达载体构建的进一步发展，随着细胞培养技术的提升，哺乳动物细胞表达的瓶颈也拓宽了很多，虽然仍然制约着它的进一步发展。
将了这么多，其实我想表明以下观点，哺乳动物细胞表达应该是未来发展的方向和重点，但就目前阶段而言，对不同的蛋白，应选择最适合的表达系统。
以上愚见，抛砖引玉，希望能得到更多的讨论。
