蛋白质与蛋白组学 » 讨论区 » 经验共享 » 【讨论帖】有关异源表达的讨论

采购询价

点击提交代表您同意 《用户服务协议》 《隐私政策》

 
需要登录并加入本群才可以回复和发新贴

标题:【讨论帖】有关异源表达的讨论

mickeylin[使用道具]
三级
Rank: 3Rank: 3


UID 79369
精华 0
积分 461
帖子 582
信誉分 100
可用分 3756
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-12-10
状态 离线
31
 
to yapuyapu:我看了你所谓的氨基酸测续不知道是不是用Q-TOF测的,还是直接找公司测的,我想如果我打个MALDI-TOF,是否可以够这个档次,至于生物学功能方面,我知道一般有体内和体外两种方法,我不知道你是两种都做了还是只做了一方面的,还有就是在检测基因是否转进去,你只是用PCR证明的吗,有没有做SOUTHERN,或着RT—PCR,我感觉只要是WESTEN做出了就可以证明一定转进了,但是如果想投比较好的文章,比如说你投的杂志,是不是做的越多越全面越好,谢谢你的指导!
顶部
yapuyapu[使用道具]
四级
Rank: 4


UID 76072
精华 3
积分 574
帖子 695
信誉分 106
可用分 4338
专家分 30
阅读权限 255
注册 2011-11-1
状态 离线
32
 

回复 #31 mickeylin 的帖子

1。测序我是找公司做的,价格有点贵哦
2。生物学功能我体内外试验都作了,不过发文章时只用了体外试验
3。我没做southern和rt,只作了pcr和western
4。投杂志需要做什么其实很简单,找几篇这个杂志上的文章看看,心中就有数了
顶部
mickeylin[使用道具]
三级
Rank: 3Rank: 3


UID 79369
精华 0
积分 461
帖子 582
信誉分 100
可用分 3756
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-12-10
状态 离线
33
 

回复 #32 yapuyapu 的帖子

你说你的工作中没有做SOUTHERN ,那你不是用电转的方法做的转化吗,如果是的话,你难道没有挑转进多拷贝的菌株吗,如果挑了出来,没有用SOUTHERN的方法看一下拷贝数吗,其实,我用的是化学转化的方法做的,挑到一株可能有目的蛋白的菌株,我感觉好多文章上边都是用的电转的方法,因此想也通过电转的方法再做一次,不知道有没有必要,还有就是我想如果做了RT-PCR,是否在发文章的时候也把这个结果写入,还是只写到毕业论文中,因为我发现很多发表的论文中没有做这一步,谢谢你的指导,以后还多请帮助.谢谢!
顶部
windy+++[使用道具]
三级
Rank: 3Rank: 3


UID 74130
精华 0
积分 490
帖子 720
信誉分 100
可用分 4343
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-10-6
状态 离线
34
 

回复 #33 mickeylin 的帖子

我感觉如果化学转化效果还行的话没有必要非得电转。

另外拷贝数本身并不一定是蛋白表达水平的决定因素,但是我觉得若想发高质量的文章的话,若有条件做个Southern还是做一个验证下拷贝数更完美。

如果做了RT-PCR,且结果对于整个实验来说能说明一定的问题的话,加上也无妨,若与本身实验没太大关系就没有必要,不过我感觉RT-PCR只是个半定量,意义不是很大,万一再被编辑质疑没有必要,得不偿失。

不过本人也还没有发过文章,只是整体的感觉,仅供参考!祝好运!
顶部
zzzz[使用道具]
四级
Rank: 4


UID 74598
精华 1
积分 656
帖子 967
信誉分 102
可用分 5638
专家分 10
阅读权限 255
注册 2011-10-12
状态 离线
35
 

我也做过蛋白的外源表达,先是用大肠杆菌,后换成酵母,虽然表达量 不高,但总算出来了,其中实验过程中得到许多战友的热心帮助,在此表示真诚感谢,
顶部
NBA[使用道具]
五级
Rank: 5Rank: 5


UID 75229
精华 6
积分 2497
帖子 4006
信誉分 114
可用分 20946
专家分 70
阅读权限 255
注册 2011-10-20
状态 离线
36
 
这个讨论非常好!
我想比较一下几种常用的原核表达载体系统,以便大家选择使用。
对重组表达系统比较了解的人都知道,原核表达系统具有操作简单,省时,费用低廉的优势,对于一般蛋白重组表达,如果不考虑翻译后修饰,首先应该尝试使用原核表达系统。
目前常用的原核表达载体系统主要有Novagen 公司pET系统,NEB 公司 pMAL系统。
pET系统是目前使用最为广泛的原核表达系统,它有多种有助于蛋白正确折叠的融合表达标签可以供选择,如GST, TRX, NusA 。尤其是TRX可以促进二硫键形成,对于富含二硫键的蛋白表达更是首选。同时也可以选择多种纯化标签如His,GST等。我比较倾向于推荐使用HIS 标签,其特异性比其他几种标签要好,且可以重复使用,成本低廉。事实上,目前60%以上的融合表达都是使用的HIS 标签。Novagen 公司的表达菌株 BL21 可以说也是功能超群,使用非常广泛的表达宿主,还有改造后的宿主菌可以提供如 Origami 据说可促进二硫键形成, Rosetta 有利于含稀有密码子基因的表达。但这两种菌株生长缓慢,而且根据我个人和我们实验室的经验,如果你的蛋白表达不顺,想依赖使用这两种菌株来得到改观,成功的几率很小。所以建议不要在它们身上浪费时间,马上彻底改变表达系统。
NEB 公司 pMAL系统使用也比较广泛。优势是MBP融合标签可以兼做促可溶性表达的标签和纯化用标签。而且有研究表明有些TRX解决不了的蛋白正确折叠问题采用MBP 可以解决(Kapust, R.B., Waugh, D.S., 1999 Protein Sci 8, 1668-1674)。选用pMALp系列还可以将目的蛋白在细菌周质空间表达,更加有利于二硫键的形成。缺陷是融合标签 MBP 比较大(42.5 kDa),所以比较占用细菌的生长资源,对于小蛋白的表达尤其不合适。pMALp系列表达时蛋白表达量很低,适合仅需要少量蛋白做科学研究的需要时选用。
此外,Promega 公司最近推出PinPoint™表达载体系统,利用生物素作为纯化介质,据说也可以促进可溶性表达。各位可以一试。

下面我将几种表达系统的说明书贴在后面,大家可以仔细阅读。
cuturl('http://free5.ys168.com/?chpi')
顶部
windy+++[使用道具]
三级
Rank: 3Rank: 3


UID 74130
精华 0
积分 490
帖子 720
信誉分 100
可用分 4343
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-10-6
状态 离线
37
 
最近做蛋白表达有了一些进展,再次小结一点自己的经验教训供大家参考,并请高手指教。

1。E.coli表达体系

总体来说,如果你的真核蛋白表达不需要活性,或者干脆就是原核的蛋白,那么大肠杆菌应该是首选的表达体系。不论是实验操作的简便程度、成本、表达量等等因素来考虑,大肠应该都可算作“优良品种”了。而且不要求活性的话,包涵体问题也不大,还便于分离和纯化,方便得很。

但是表达的蛋白若是要求有活性的话,那E.coli问题就比较多了。很多情况下很可能表达出的蛋白(尤其是真核蛋白)由于没有正确的折叠和修饰,根本就没有活性。而且若是包涵体,则复性也是很困难的一个步骤,这时最好就应考虑换体系了。

2。毕赤酵母表达体系

在表达真核蛋白时,毕赤酵母是个比较好的选择。尤其是其外泌系统,由于本身的外泌蛋白不多,因此背景会比较低,会便于纯化。

我做过了pPIC9k以及pGAPZaA(感谢孙医生),各有特点,比较起来,pGAPZaA操作要简单一些,不用缺陷培养基筛选,也不用甲醇诱导了,唯一最需注意的就是抗生素Zeocin的使用,因此介绍些心得:

(1)Zeocin抗生素稳定性不好,对光、热、及pH都很敏感,因此应注意避光(UV更应避免)、一定等培养基温度低于60度后再加入、pH应控制在7.2-7.5之间等等,而且尽量现用现配,不能像Amp似的一次配个一大堆了。

(2)在E.coli筛选时,说明书推荐的浓度为25-50,建议直接使用50吧,效果很好。在酵母筛选时,单拷贝100肯定没问题了。多拷贝就要看试验室的经济实力了,Zeocin还是很贵的。

(3)电转化时候,由于是Zeocin抗生素筛选,与营养缺陷型筛选时有些差异。MD筛选时,电转之后加入山梨醇后可以直接铺板子了,但是Zeocin筛选则需要先30度放置1-2小时,以便先让抗性基因表达,之后才能铺板。而且我在做时发现转化效率还不是很高,建议放置2小时后,再30度振瑶4-6h,使菌适量生长(平均2h一代的话也就2-3代),转化子会多一些,不过问题有可能得到的是相同的转化子,需要注意!

(4)得到转化子以后,建议一定划单菌落传代3-5代,个人认为这步很重要,可去掉一部分假阳性,也可以纯化单菌落。多拷贝的筛选还是有意义的,至少我表达的蛋白是这样,在高抗性平板上的菌株表达量要高。

3。检测方法

这点是我这段试验的经验教训,和大家分享。我先作的pPIC9k,确证基因型(单交换和双交换都作了)正确了,但是SDS-PAGE以及Western没有结果。之后换用pGAPZaA,结果也是基因型正确没有表达(??)。又筛选高拷贝,但是在这次试验时,我将所用的抗体(Santa Cruz)浓度增加了10倍,结果检测到了一株有明显表达。

以上试验结果我个人认为,有可能以前的都不一定是没有表达,而可能是表达量太低了,这两种情况还是有根本区别的,因此一定要尽量区分判定。比如用更敏感的检测方法(SDS-PAGE用银染、Western换用ECL并增加抗体浓度),以确认到底是没表达还是表达量低。有时候一看没有表达就着急了,还是应该踏下心来仔细确证,以避免不必要的浪费(尤其对于研究生来说时间是不能滥费的)

以上就是最近的一点心得,请大家指教!
顶部
bgf5[使用道具]
三级
Rank: 3Rank: 3


UID 76186
精华 1
积分 430
帖子 435
信誉分 102
可用分 3111
专家分 10
阅读权限 255
注册 2011-11-2
状态 离线
38
 

我想说几句,可能对一些主张是反调,但对原核表达却是一些支持。
我所经历的毕植酵母表达并不理想:1。分泌表达理论上容易纯化,但体积大、培养液粘度高却对纯化是致命的,对于蛋白活性与时间和温度密切相关的酶来说,选择这一体系并不合适,而微型或小型反冲设备不具备的条件下,研发阶段选择这一表达体系可能更为麻烦。 
2。糖基化并不是一个可以人为控制的过程,糖基化过度往往使蛋白表现比预期的大,同时,糖基化过度表达可能使目标蛋白表达提前终止,形成truncated蛋白,跑胶时可能大小勉强对,但活性可能相去甚远。
3。原核中表达,也有可形成二硫键的宿主。根据邹承鲁(?)的理论,催化的二硫键是自然条件下丰度最高的那种二硫键配对形式,因此,大可不必担心形成错误的二硫键。在既可克服稀有密码子(已经进入第三代!)能表达任意蛋白,又能形成二硫键的条件下,加上原核的其它优势,就很难想像其它表达系统的优势。
通过原核表达,3年内我获得了10多个直接表达(不带纯化TAG的!)的目标蛋白,申请国家基金时,一位“专家”竟然不顾事实说“表达10几个蛋白不可能”,让人十分气愤。在多了解最新动态后,我们便不会、也不能人云亦云!
By the way, 菌种保存不宜用20%甘油,用9-10%最合适,就像细胞培养保存一样,否则,质粒易丢失。楼主在“4. 菌种的保存、退化”中提到的问题即是这个原因造成的。
顶部
windy+++[使用道具]
三级
Rank: 3Rank: 3


UID 74130
精华 0
积分 490
帖子 720
信誉分 100
可用分 4343
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-10-6
状态 离线
39
 

回复 #38 bgf5 的帖子

再问一下,菌种保存为什么10%的甘油?我们实验室大肠的保存都用的20%,质粒易丢失是有实验根据还是文献根据?能否再指点一下,要是真的我的许多菌种都要重新保存了。。。。。

另外我在“4. 菌种的保存、退化”中讨论的主要是对酵母的保存,酵母中没有质粒,已整合到基因组中了,是否也是需要10%甘油?

另外原核表达体系表达真核蛋白时经常没有活性,不知您表达的蛋白活性怎么样?

再次感谢您的参与!
顶部
jiushikeshui371[使用道具]
三级
Rank: 3Rank: 3


UID 108894
精华 1
积分 312
帖子 299
信誉分 102
可用分 2258
专家分 10
阅读权限 255
注册 2013-5-15
状态 离线
40
 
通过原核表达,3年内我获得了10多个直接表达(不带纯化TAG的!)的目标蛋白,申请国家基金时,一位“专家”竟然不顾事实说“表达10几个蛋白不可能”,让人十分气愤。在多了解最新动态后,我们便不会、也不能人云亦云!

===============================================================================================================

从AerobiologiaTao所述的可以看出AerobiologiaTao经验应该相当丰富,不知道您能不能就您用原核成功表达并成功复性的几个典型的蛋白,就您觉得的重要点和难点深入开展一下讨论。让我们也能分享一下您成功的经验。
顶部