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生物通报道：近日，研究人员开发了一个新型实时定量PCR技术，该技术诱使PCR产物折叠成为哑铃状，并通过FRET探针实时跟踪PCR的进行。文章发表在Nucleic Acids Research杂志上。
Igor Kutyavin将自己的这个新技术称为Angler PCR，该技术所用的荧光探针只含有几个核苷酸。这么短的探针意味着，可以创建包含所有可能的探针文库，在不牺牲质量的情况下，大幅削减实时定量PCR的成本。生物通 cuturl('www.ebiotrade.com')
Angler PCR利用PCR引物，给扩增子两端添上额外的核苷酸，使两个末端形成环状，折叠成为哑铃形。在哑铃的两个环之间，还留有一段短核苷酸序列，允许FRET（荧光共振能量转移）探针与之结合。当探针结合上来以后，Taq酶的外切活性会切除FRET探针上的荧光基团，此时游离的荧光基团发出荧光信号。
“在这种情况下，扩增与检测密不可分，因为扩增为检测提供了目标，”Kutyavin解释道。生物通 cuturl('www.ebiotrade.com')
为了检验这一技术，Kutyavin对96个随机供体的血液样本进行分析，希望通过Angler PCR鉴定各人基因组中的10个SNP。他仅用四个核苷酸组成的FRET探针，就成功鉴定了上述SNP。研究显示，Angler PCR获得了PCR产物的实时荧光曲线，其检测结果与传统Taqman法相差不多。
“与传统方法相比，Angler PCR有一个明显的优势，其探针不需要那么稳定，也不用每次实验都从头制备新探针，”Kutyavin说。传统PCR要求探针比引物更加稳定，而Angler PCR的探针则没有这样的限制。生物通 cuturl('www.ebiotrade.com')
这是因为，Angler PCR探针只需要四个核苷酸。Kutyavin指出，可以构建PCR探针文库，只需256个探针就能覆盖所有可能的组合。这样的文库，有望大大降低制备探针的成本，从而实现更经济简便的实时定量PCR。
不过，目前Angler PCR还难以推广应用，因为还缺乏相应的探针设计或数据分析软件。“目前我们只能亲自完成这些工作，”Kutyavin说。他希望尽快将这一技术商业化，并找到合作伙伴共同开发合适的应用软件。