表观遗传学

全基因组关联分析为什么不需要建资源家系，而传统的QTL定位需要建家系呢？另外我如果想在动物身上做全基因组关联分析的课题，应该看些哪些方面的资料呢？(最好具体点)本人是新手，希望高手指教。多谢！

关联分析是基于linkage disequilibrium, also called linkage disequilibrium mapping.

conventional QTL dessecting is based on linkage, also called linkage mapping. association mapping utilizes historical recombination events to locate QTLs, in which no pedigree population is needed convers versus to use natural population.

alternative methods can be select due to whether the interesting trait is a qualitative or a quantitive trait. In animal, i think you maybe use case-control analysis. Firstly, you should analysis the structure of LD in your targeting specie. with which information, you can estimate appropriate marker density to cover genome. that's important.

so many references and help resources in the internet, you may have not t

ried to search by yourself.

非常感谢楼上的，我明白了一些，我想我是做数量性状相关的吧

动物是不适合做GWAS的，因为通常经过选育，LD很大，无法确定基因

但是最近不是在狗和牛身上不是已经用GWAS做了么，但是是做的是质量性状。我不太明白要是数量性状的话会有什么不同。

动物也可以做的，经过选育，是能增加LD，但是动物不像植物存在自交模式，动物的交配模式是能够增加历史重组频率的，能降低LD。

我个人认为，如果物种LD水平很低，你如果不是想精细定位QTLs的话，选用一些具有relatedness or population structure的群体，反而会好些。否则，你做genome-wide mapping的话，不知道你要做的动物基因组有多大，总之将会需要非常大量的marker，genotype将会非常的贵！



如果你想精细定位的话，也没问题啊，genome wide scan 之后，你不可能定到基因，但是能定到candidate regions.再慢慢做



数量性状的话，个人觉得，就不好用case-control way了。

有道理，谢了。

但是如果是数量性状的话会有什么不同呢？能说具体点吗，能简单介绍一下操作步骤吗？谢了！

有基因组数据

基因组数据是有的

老板让设计实验方案，现在我还是一头雾水啊。楼上的12xunmei老师是高手，还希望多多指教啊。