蛋白质与蛋白组学

关于融合蛋白tag对本身蛋白的功能影响，我说下自己在实验中遇到的问题：
1，去年接触到一个转录因子，其受刺激后会从胞质转移入核。最开始我用GFP做示踪，发现GFP位于C端与N端的结果是不一样的。 后来看文献以及做了一些突变，认为是转录因子C端的ser和thr正常状态下被折叠于蛋白内部，而刺激之后，蛋白会改变折叠，释放出C端，从而得以磷酸化，以激活态形式入核。
因此GFP在C端会影响蛋白正常折叠，导致蛋白一直将ser和thr暴露于外，处于激活态，也就是荧光总是聚集在核内。
2，今年又遇到了个蛋白A，因为没有特异抗体，就选择了N-flag标签作为替代。后来总是做不出来，结果相反而不稳定。 终于有一天看文献发现了问题：N-flag位于蛋白A的N端，影响了A的信号肽的作用，使得A不能够准确定位。 之后把序列一分析，重新换了载体，结果就好了。
私以为：亚细胞定位比较特殊的蛋白（如膜蛋白，分泌蛋白，入核蛋白。。。。）某些情况下还是会受到tag的影响的。当然，这种蛋白只是少数。
ps：我真是蛮点儿背，才2年不到，就总是遇到这些东西，埃，教训阿。

最近做HIV蛋白片段的时候，发现有些蛋白片段对抗原的活性影响很大，有时候会使目的片段失去活性。融合蛋白片段是相对比较惰性的片段，怎么会有这么大的影响呢？蛋白片段对目的片段有怎么样的影响呢？

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好像做抗体时候，蛋白都会被降解为6--15aa左右的肽段，这些肽段就是抗原。
不过降解好像是发生在特定的地方，
而且融合蛋白会影响目的蛋白的折叠，或许就会遮蔽到一些降解位点，从而影响降解的过程。