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标题:转帖 我对LC-MS定性的一点看法

zhangsan[使用道具]
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QUOTE:
原帖由 mass 于 2007-8-10 00:18 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

我的观点是:离子阱的质量上限限制了它在生物领域的一些应用,所以我认为它不能说在生物领域具有"最"广阔的前景,是针对那位朋友观点的,你老是用引申别人观点做什么,我说的话跟"气质检测到1000"有什么关系,加多少个电荷能扩充的 ...

在四极杆之后的离子阱,由于四极杆的限制,对于质量(M/Z)高一些的离子,连四极杆也过不去,提高离子阱的检测范围的意义就不大了!对于气质而言,分子量超过400的就很难用气质来分析了。普通离子阱确实是个鸡肋,现在个大厂商的推广力度明显小了很多,从某种意义来说,是自己承认了失败!但四极杆串连(线性)离子阱,确实是集成了两者的有点,相互补充,在定性、定量上的表现尤为突出。但仪器终究是仪器,仪器自身的特点限制了仪器的应用领域,做蛋白本来就不是四极杆、离子阱的特长,当然,把两个加起来也是不很好的解决问题。但有一点需要指出的是,四级杆串连(线性)确实发挥了四级杆和离子阱的优势,使得鸡肋般的离子阱暂时还不会从我们的视野里消失!
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mass[使用道具]
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你到底想说啥呢,

"对于蛋白,可以形成多电荷离子,从而扩充了四级杆的应用范围,离子阱也一样啊!"这是你说的,

"在四级杆之后的离子阱,由于四级杆的限制,对于质量(M/Z)高一些的离子,连四级杆也过不去,提高离子阱的检测范围的意义就不大了!" 这也是你说的,

没有什么逻辑性啊,怪怪的,

我觉得我说的没什么问题啊,离子阱再怎么加花,它也不可能成为生物领域应用前景最为广阔的技术,绕来绕去的你到底是在反驳我还是啥的?你明明是引用了我的话再回帖的,怎么感觉不对路啊,

最后你说离子阱是鸡肋我举双手同意,但是我觉得线性离子阱是更大的鸡肋,

我这样说的原因是:定量上四级杆好于离子阱。不如的地方在于定性,单四级杆在定性上是比不上离子阱。那么,串联四级杆(比如三重四级)是不是在定性上还是比不过线性离子阱呢?三重四级本身就是为了加强定性能力而产生,如果三重四级的定性能力能够让用户满意(大部分用户,大部分课题),那么要这个线性离子阱做什么,这不是鸡肋是什么,我不知道您用过线性离子阱没有,真的那么完美么?如果让我在三重四级和线性离子阱两种仪器间选择一个,我选三重四级(差价不太大的话)事实上三重四级也不是那么天价,线性离子阱也不见得就便宜,
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zhangsan[使用道具]
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是谁在说离子阱的质量上限是20000的啊,在四极杆之后,这有意义吗?

串联离子阱中,四极杆在离子阱之后,能检测的质量范围是四级杆所决定的,故离子阱的质量范围就不要考虑了,可定是能大于四极杆的,但是在四级杆之后说质量范围,还有意义吗?

而现在的四极杆串联离子阱QTrap,大多数都是三极四级杆串连(线性)离子阱!当然就解决了四级杆的不足了。

虽说三级四级杆也可以用与定性,但只能做MS/MS,对于碎片的结构确定无能为力。而四级杆串连(线性)离子阱而言,可以做碎片的进一步确认。这时,离子阱就不那么鸡肋了。

离子阱是时间上的串连,虽然号称能做十级质谱,但每做一级约有30%的离子损失。而串连四级杆是空间上的串连,离子损失很少,这样的结合是相互弥补的。
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mass[使用道具]
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对于质谱在蛋白质上的应用,也许搞生物的比较有发言权
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我想,从生物学的角度来看,没有最好的仪器,只有最适合的仪器。

我从生物学的角度来提出一个问题,请大家来讨论一下哪种仪器适合解决这个问题。这个问题是假设的,在研究中可能并不存在,但它是一个具有普世性的问题:

在肝细胞的细胞质中有一种单亚基蛋白分子,分子量5万左右,并且有三个磷酸化位点。在每个细胞中大约有500个左右这种分子。当这种蛋白在某一个特定位点发生了错误的磷酸化(三个中的一个)将导致细胞癌化、肿瘤的发生。假设目前的研究状况是:已经测得这个蛋白的序列,但是不知道磷酸化的位点(包括正确的和错误的)。现在想用质谱来确定这个磷酸化位点,并且形成一套快速的临床检测方法,怎么做呢?
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我说它质量上限是20000,是为了说明它在生物领域没有广阔前景,做不了生物大分子,接不接在四级杆之后又怎么样,四级杆也有m/z到8000的,如果我没有记错的话,好象文章是发在欧洲生物化学杂志上的,不是97年就是98年,你一定要说接在四级杆后就不要考虑离子井的质量上限,我也没啥说的,想想木桶

你所说的关于这个线性离子井的优势,我看全是来自仪器商家的宣传资料而已,说到底了,不管四级杆还是离子井,都是入门级的,定性定量都有缺陷,靠这两个哥们自己互补,只能是仪器商家骗钱新战略,

"虽说三级四级杆也可以用与定性,但只能做MS/MS,对于碎片的结构确定无能为力。而四级杆串连(线性)离子阱而言,可以做碎片的进一步确认。这时,离子阱就不那么鸡肋了。

"对于结构确认而言,离子井和三重四级都只能是玩玩儿而已,说好听的就是"锦上添花",说不好听了就是多此一举,未知结构的靠这两个哥们也解决不了,白做,定向合成的目标化合物都知道分子量就是验证一下而已,当然了,我们现在讨论的是小分子化合物领域,

对于蛋白测序和相互作用研究,蛋白测序和多肽分析,用用离子阱其实挺好的,我猛扁离子阱是因为我比较讨厌离子井,有个人好恶在里面,这点是我不好,但是你猛吹线性离子阱我就奇怪了,你好象是做实验的,不是仪器公司的吧,相互作用的研究我做过一些核酸和药物的,确实是用离子阱做的,结果也不错,负离子做的,有兴趣的朋友可以一起讨论讨论。
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zhangsan[使用道具]
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楼上的朋友,酶解-2D胶-MALDI-TOF,如果一个细胞里只有500个左右的分子,在2D胶上用银染,能不能看到斑点?
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mass[使用道具]
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我们组跑核酸的多一些,我自己也不怎么跑胶,你到cuturl('www.dnathink.org')去问问吧,那里高手比较多
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zhangsan[使用道具]
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楼上的朋友,2D胶-MALDI-TOF是经典的方法,不过在这里不适用.
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snow_white[使用道具]
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用荧光共聚焦扫描显微镜,配合相应的荧光单抗,用生物芯片的方法,不过前提是所有错配的蛋白的抗体要拿到,也挺困难,不知道我说的对不对?
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