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标题:【求助】请教怎么看这份质谱报告？

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Observed Mr(expt) Mr(calc) Delta Start End Miss Ions Peptide
744.39 743.38 743.39 -0.01 1354 - 1359 0 --- R.LAEQQR.A
766.38 765.37 765.39 -0.02 1784 - 1790 1 --- R.STSEKSK.Q
822.38 821.37 821.32 0.05 1348 - 1353 0 --- R.MEEEER.L
961.53 960.52 960.53 -0.01 3242 - 3250 0 --- K.VEVPVGSFK.G
989.53 988.52 988.52 0.00 1463 - 1470 0 --- R.LQLETTER.Q
990.52 989.52 989.50 0.01 1577 - 1585 0 --- R.SAEVELQSK.R
1002.57 1001.56 1001.53 0.04 2371 - 2378 1 --- R.TLEAERQR.Q
1007.54 1006.54 1006.54 -0.01 1936 - 1945 1 --- K.VSFEKAAAGK.A
1007.54 1006.54 1006.54 -0.01 1936 - 1945 1 --- K.VSFEKAAAGK.A
1018.55 1017.54 1017.50 0.04 1401 - 1408 1 --- R.MQEEVARR.E
1021.52 1020.52 1020.52 -0.00 2391 - 2398 1 --- K.LRMVEMSR.A
1023.54 1022.53 1022.54 -0.01 1167 - 1174 1 --- R.LQQRHGER.D
1029.52 1028.52 1028.54 -0.02 1791 - 1799 1 --- K.QRLEAEAGR.F
1045.51 1044.50 1044.48 0.02 1018 - 1026 1 --- K.DPARECAQR.I
1072.49 1071.48 1071.58 -0.10 1366 - 1375 0 --- R.LAEVEAALEK.Q
1073.47 1072.47 1072.51 -0.05 1978 - 1986 0 --- R.QLAAEEEQR.R
1090.50 1089.49 1089.53 -0.04 1431 - 1440 0 --- R.QSSEAEIQAK.A
1090.50 1089.49 1089.52 -0.03 2845 - 2854 0 --- R.ILSDPSDDTK.G
1157.62 1156.61 1156.61 0.00 2331 - 2340 0 --- K.AEAELLQQQK.E
1172.61 1171.61 1171.67 -0.07 169 - 177 1 --- K.EKLLLWSQR.M
1175.64 1174.63 1174.52 0.11 1724 - 1733 0 7 R.AETEQGEQQR.Q
1175.64 1174.63 1174.52 0.11 1724 - 1733 0 --- R.AETEQGEQQR.Q
1179.62 1178.62 1178.65 -0.03 2798 - 2807 1 --- K.DLIVRDHGVR.L
1186.62 1185.61 1185.64 -0.02 1754 - 1763 1 --- K.RQELEAELAK.V
1191.59 1190.58 1190.60 -0.03 1800 - 1809 1 --- R.FRELAEEAAR.L
1194.59 1193.59 1193.56 0.02 2393 - 2402 1 --- R.MVEMSRAQAR.A + Oxidation (M)
1197.62 1196.61 1196.61 -0.01 1743 - 1753 0 --- R.LQHEATAATQK.R
1209.59 1208.58 1208.63 -0.05 2602 - 2610 1 --- R.LQRLEEEHR.A
1255.62 1254.61 1254.63 -0.01 3370 - 3379 1 --- K.EKVTIYEAMR.R + Oxidation (M)
1255.62 1254.61 1254.63 -0.01 3370 - 3379 1 --- K.EKVTIYEAMR.R + Oxidation (M)
1285.71 1284.70 1284.70 -0.00 1755 - 1765 1 --- R.QELEAELAKVR.A
1307.69 1306.68 1306.72 -0.04 4007 - 4018 1 --- K.LLSAERAVTGYK.D
1323.66 1322.65 1322.72 -0.07 2961 - 2971 0 --- K.IVITVVEEHER.K
1398.70 1397.69 1397.79 -0.10 2329 - 2340 1 --- R.LKAEAELLQQQK.E
1430.69 1429.69 1429.76 -0.07 618 - 631 0 --- R.SLESLHGFVAAATK.E
1443.75 1442.74 1442.75 -0.01 3012 - 3024 1 --- R.EVAEADSVRQALR.G
1457.72 1456.72 1456.62 0.10 187 - 198 1 --- R.CDNFTTSWRDGR.L
1473.72 1472.72 1472.66 0.06 468 - 479 1 --- K.DGRHPQGEQMYR.R
1481.73 1480.72 1480.72 0.01 4202 - 4214 1 --- R.SGRQYDIDDAITK.N
1497.72 1496.71 1496.61 0.11 640 - 651 0 --- K.EEEEVGFDWSDR.N
No match to: 728.15, 842.51, 870.54, 877.04, 980.58, 980.58, 1005.52, 1006.51, 1019.54, 1051.51, 1112.48, 1184.60, 1206.56, 1207.57, 1223.72, 1237.61, 1277.61, 1442.71, 1459.75, 1462.76, 1465.73, 1475.75, 1491.74, 1581.90, 2230.24, 2638.38, 2682.40, 2698.42
19. gi|94371894 Mass: 67614 Score: 46 Expect: 2.9 Queries matched: 11
PREDICTED: similar to zinc finger protein 618 [Mus musculus]
Observed Mr(expt) Mr(calc) Delta Start End Miss Ions Peptide
744.39 743.38 743.44 -0.06 307 - 312 1 --- K.RTLQAR.S
1051.51 1050.50 1050.52 -0.02 2 - 10 1 --- M.AAENTFSRR.V
1112.48 1111.48 1111.58 -0.10 602 - 610 1 --- K.LMFLKSNML.- + Oxidation (M)
1186.62 1185.61 1185.66 -0.04 440 - 449 0 --- K.LCHLFLEALK.E
1206.56 1205.56 1205.63 -0.07 450 - 459 1 --- K.ENFKVHPAHK.V
1277.61 1276.60 1276.71 -0.11 234 - 245 1 --- K.SYVLGVKGADIR.D
1285.71 1284.70 1284.68 0.02 181 - 190 1 --- K.HLPRMYNQVK.V
1457.72 1456.72 1456.72 -0.00 277 - 290 1 --- R.VSTSAFSKAGMCLR.C
1465.73 1464.72 1464.73 -0.01 132 - 146 0 --- R.VMCADLGALSVVSGK.E + Oxidation (M)
1473.72 1472.72 1472.71 0.01 277 - 290 1 --- R.VSTSAFSKAGMCLR.C + Oxidation (M)
1497.72 1496.71 1496.65 0.06 511 - 524 0 --- R.SATGEHPAAQEEDR.L
No match to: 728.15, 766.38, 822.38, 842.51, 870.54, 877.04, 961.53, 980.58, 980.58, 989.53, 990.52, 1002.57, 1005.52, 1006.51, 1007.54, 1007.54, 1018.55, 1019.54, 1021.52, 1023.54, 1029.52, 1045.51, 1072.49, 1073.47, 1090.50, 1090.50, 1157.62, 1172.61, 1175.64, 1175.64, 1179.62, 1184.60, 1191.59, 1194.59, 1197.62, 1207.57, 1209.59, 1223.72, 1237.61, 1255.62, 1255.62, 1307.69, 1323.66, 1398.70, 1430.69, 1442.71, 1443.75, 1459.75, 1462.76, 1475.75, 1481.73, 1491.74, 1581.90, 2230.24, 2638.38, 2682.40, 2698.42
20. gi|74152994 Mass: 39674 Score: 46 Expect: 2.9 Queries matched: 7
unnamed protein product [Mus musculus]
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Observed Mr(expt) Mr(calc) Delta Start End Miss Ions Peptide
980.58 979.58 979.48 0.10 2 - 9 0 27 M.NIMDFNVK.K
980.58 979.58 979.48 0.10 2 - 9 0 --- M.NIMDFNVK.K
1002.57 1001.56 1001.55 0.01 170 - 178 1 --- R.LDLDAAKTR.L
1255.62 1254.61 1254.61 0.00 1 - 10 1 --- -.MNIMDFNVKK.L + Oxidation (M)
1255.62 1254.61 1254.61 0.00 1 - 10 1 --- -.MNIMDFNVKK.L + Oxidation (M)
1398.70 1397.69 1397.72 -0.03 149 - 160 1 --- R.NFIEGDYKTIAK.E
2682.40 2681.40 2681.41 -0.01 134 - 156 1 --- R.ELIQTSALNFLTPLRNFIEGDYK.T
No match to: 728.15, 744.39, 766.38, 822.38, 842.51, 870.54, 877.04, 961.53, 989.53, 990.52, 1005.52, 1006.51, 1007.54, 1007.54, 1018.55, 1019.54, 1021.52, 1023.54, 1029.52, 1045.51, 1051.51, 1072.49, 1073.47, 1090.50, 1090.50, 1112.48, 1157.62, 1172.61, 1175.64, 1175.64, 1179.62, 1184.60, 1186.62, 1191.59, 1194.59, 1197.62, 1206.56, 1207.57, 1209.59, 1223.72, 1237.61, 1277.61, 1285.71, 1307.69, 1323.66, 1430.69, 1442.71, 1443.75, 1457.72, 1459.75, 1462.76, 1465.73, 1473.72, 1475.75, 1481.73, 1491.74, 1497.72, 1581.90, 2230.24, 2638.38, 2698.42
Search Parameters
Type of search : MS/MS Ion Search
Enzyme : Trypsin
Variable modifications : Oxidation (M)
Mass values : Monoisotopic
Protein Mass : Unrestricted
Peptide Mass Tolerance : ± 100 ppm
Fragment Mass Tolerance: ± 0.8 Da
Max Missed Cleavages : 1
Instrument type : MALDI-TOF-TOF
Query1 (728.15,1+) : <no title>
Query2 (744.39,1+) : <no title>
Query3 (766.38,1+) : <no title>
Query4 (822.38,1+) : <no title>
Query5 (842.51,1+) : <no title>
Query6 (870.54,1+) : <no title>
Query7 (877.04,1+) : <no title>
Query8 (961.53,1+) : <no title>
Query9 (980.58,1+) : Label: G2, Spot_Id: 215653, Peak_List_Id: 101701, MSMS Job_Run_Id: 15912, Comment:
Query10 (980.58,1+) : <no title>
Query11 (989.53,1+) : <no title>
Query12 (990.52,1+) : <no title>
Query13 (1002.57,1+) : <no title>
Query14 (1005.52,1+) : <no title>
Query15 (1006.51,1+) : <no title>
Query16 (1007.54,1+) : Label: G2, Spot_Id: 215653, Peak_List_Id: 101697, MSMS Job_Run_Id: 15912, Comment:
Query17 (1007.54,1+) : <no title>
Query18 (1018.55,1+) : <no title>
Query19 (1019.54,1+) : <no title>
Query20 (1021.52,1+) : <no title>
Query21 (1023.54,1+) : <no title>
Query22 (1029.52,1+) : <no title>
Query23 (1045.51,1+) : <no title>
Query24 (1051.51,1+) : <no title>
Query25 (1072.49,1+) : <no title>
Query26 (1073.47,1+) : <no title>
Query27 (1090.50,1+) : Label: G2, Spot_Id: 215653, Peak_List_Id: 101699, MSMS Job_Run_Id: 15912, Comment:
Query28 (1090.50,1+) : <no title>
Query29 (1112.48,1+) : <no title>
Query30 (1157.62,1+) : <no title>
Query31 (1172.61,1+) : <no title>
Query32 (1175.64,1+) : Label: G2, Spot_Id: 215653, Peak_List_Id: 101700, MSMS Job_Run_Id: 15912, Comment:
Query33 (1175.64,1+) : <no title>
Query34 (1179.62,1+) : <no title>
Query35 (1184.60,1+) : <no title>
Query36 (1186.62,1+) : <no title>
Query37 (1191.59,1+) : <no title>
Query38 (1194.59,1+) : <no title>
Query39 (1197.62,1+) : <no title>
Query40 (1206.56,1+) : <no title>
Query41 (1207.57,1+) : <no title>
Query42 (1209.59,1+) : <no title>
Query43 (1223.72,1+) : <no title>
Query44 (1237.61,1+) : <no title>
Query45 (1255.62,1+) : Label: G2, Spot_Id: 215653, Peak_List_Id: 101698, MSMS Job_Run_Id: 15912, Comment:
Query46 (1255.62,1+) : <no title>
Query47 (1277.61,1+) : <no title>
Query48 (1285.71,1+) : <no title>
Query49 (1307.69,1+) : <no title>
Query50 (1323.66,1+) : <no title>
Query51 (1398.70,1+) : <no title>
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发表于 2014-3-27 23:22 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
Query52 (1430.69,1+) : <no title>
Query53 (1442.71,1+) : <no title>
Query54 (1443.75,1+) : <no title>
Query55 (1457.72,1+) : <no title>
Query56 (1459.75,1+) : <no title>
Query57 (1462.76,1+) : <no title>
Query58 (1465.73,1+) : <no title>
Query59 (1473.72,1+) : <no title>
Query60 (1475.75,1+) : <no title>
Query61 (1481.73,1+) : <no title>
Query62 (1491.74,1+) : <no title>
Query63 (1497.72,1+) : <no title>
Query64 (1581.90,1+) : <no title>
Query65 (2230.24,1+) : <no title>
Query66 (2638.38,1+) : <no title>
Query67 (2682.40,1+) : <no title>
Query68 (2698.42,1+) : <no title>
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发表于 2014-3-27 23:22 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

Protein scores greater than 63 are significant (p<0.05).
首先，分值大于63分的，认为是有意义的。
似乎好像同一个蛋白呢，很好的结果呢
再就是匹配上的不重复的肽段，当然是越多越好啊。
蛮好的阿。
呜呜，哪里鉴定的阿 ？
丰度怎么样啊？
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 小中大
在上海复旦大学鉴定的，我们在那打了好多点，结果都不错。
当然，最大的可能性是晶体蛋白，那其他的蛋白呢？他给了我们20种蛋白，指的是该蛋白点出了晶体蛋白外包含了其他的蛋白，还是指根据荷质比这种蛋白最大的可能是晶体蛋白？因为在后面分值中感觉有些蛋白是较有意义的。
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发表于 2014-3-27 23:23 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

我这次每块胶跑了一个重复，胶还算比较漂亮，但是比较差点时重复性就不好了，不知道怎么会这样呢？我共找到了重复性比较好的5个差异点，位置比较集中，感觉是同一类型的蛋白的不同亚型，最后的结果也证实了我的想法。虽然这种蛋白与我的实验的关系曾见报道，也就是3-4篇文献，均是从mRNA水平，可我这次又通过蛋白组的方法找到这种蛋白，还有意义吗？对了，我的干扰因素与这种蛋白的关系还没见报道。此外，我觉得奇怪的是，这次我找到的却只有晶体蛋白？有哪些原因可以解释呢？期盼着各位高手的指点！谢谢！
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发表于 2014-3-27 23:23 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

虽然这种蛋白与我的实验的关系曾见报道，也就是3-4篇文献，均是从mRNA水平，可我这次又通过蛋白组的方法找到这种蛋白，还有意义吗？对了，我的干扰因素与这种蛋白的关系还没见报道。
我怎么感觉上面这句话矛盾阿？
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douding66[使用道具]
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 小中大
后面的分值低于63分的尽管可能与你的实验很是相关或者能很好的解释也不能考虑。
“我觉得奇怪的是，这次我找到的却只有晶体蛋白？有哪些原因可以解释呢“这说明你切取的点没有混有其他蛋白，该部分胶上蛋白分离较为成功。另外这种差异还是需要western 的验证或是其他方法的验证，尽管你认为重复性比较好，也可能是假阳性结果。试验就是这么打击人
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发表于 2014-3-27 23:24 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
结果很好
复旦遗传所做的吗？怎么收费？
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