蛋白质与蛋白组学 » 讨论区 » 经验共享 » 【讨论专区】蛋白质组学研究方法

采购询价

点击提交代表您同意 《用户服务协议》 《隐私政策》

 70  2/7 ‹‹1234567››
 
需要登录并加入本群才可以回复和发新贴
打印 | 推荐 | 订阅 | 收藏

标题:【讨论专区】蛋白质组学研究方法

Ao7[使用道具]
四级
Rank: 4


UID 76545
精华 1
积分 647
帖子 790
信誉分 102
可用分 4976
专家分 10
阅读权限 255
注册 2011-11-7
状态 离线
11

发表于 2014-4-2 22:29 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
请教MALDI-TOF肽指纹图的数据库查询的具体方法？
甚末数据库？
怎末打分？
结果出来怎末分析？
急！！！
先谢了！！！
......

==============================================================================================================

由于MALDI-TOF只是根据肽段的特征给出相关数据，并不能精确给出肽段的序列，同时，不同肽段的数据的组合可能会在结果上有一定的出入，因此，肽指纹图的数据库上的打分只能做为参考。运气好的话可以查到特异性较高的蛋白序列。（打分在65分以上）运气不好就根本查不到。尤其当研究的蛋白为未知蛋白时。
最近国内部分实验室好象要上新的质谱仪，在质谱同时进行末端测序，可测30个氨基酸左右。这样质谱的结果对蛋白的分析就精确多了。具体情况你可向法玛西亚公司咨询。
祝，好运！
顶部
Ao7[使用道具]
四级
Rank: 4


UID 76545
精华 1
积分 647
帖子 790
信誉分 102
可用分 4976
专家分 10
阅读权限 255
注册 2011-11-7
状态 离线
12

发表于 2014-4-2 22:29 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
我现在正考虑做这方面的工作，但对蛋白质组的东西一点都不了解。2D电泳的蛋白上样量有多大？提蛋白时有什么要求？做出差异后，胶上的蛋白可否进行质谱分析？质谱分析能估出多少个氨基酸？准确程度有多少？
请不吝赐教。

=============================================================================================================

先谢谢你提供的质粒。
2D电泳的蛋白上样量有多大？
我们实验室一般100微克到800微克。100微克做分析，700-800微克做质谱。根据你的实验，你先要摸摸条件，因为上样量小了，有些点就没有了。上样量大了，蛋白太浓分不开。
提蛋白时有什么要求？
根据你实验的要求，一般要冷冻离心。其他如蛋白的甲基化、磷酸化等则根据你的实验来定。不同需要细胞的破碎方法也不同。
胶上的蛋白可否进行质谱分析？质谱分析能估出多少个氨基酸？准确程度有多少？
可以，将感兴趣的点抠出，胰酶消化、抽提、干燥后，就可做质谱了。至于准确度，看我发的上一个贴子。如有问题，尽管说，或直接发在我的信箱里也行。
顶部
jiushikeshui371[使用道具]
三级
Rank: 3Rank: 3


UID 108894
精华 1
积分 312
帖子 299
信誉分 102
可用分 2258
专家分 10
阅读权限 255
注册 2013-5-15
状态 离线
13

发表于 2014-4-2 22:30 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
几个提供蛋白测序的地方：
军科院仪器分析中心
上海基康生物技术有限公司
北京赛百盛生物工程公司
中科院上海生物化学研究所
北京大学生命科学院
湖南师范大学蛋白质化学实验室
顶部
okhaha[使用道具]
四级
Rank: 4


UID 77505
精华 0
积分 548
帖子 756
信誉分 100
可用分 4651
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-11-17
状态 离线
14

发表于 2014-4-2 22:30 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

推荐：Proteomics: A Trends Guide I
cuturl('http://journals.bmn.com/supp/browse/issue?jcode=supp&supcode=2000%4001')
Protemics: A trends Guide II
cuturl('http://journals.bmn.com/supp/browse/issue?jcode=supp&supcode=2001@19')
Trends in Biotechnology的两期蛋白质组学特刊，
免费下载的，要先注册。
我已经全下了!
顶部
okhaha[使用道具]
四级
Rank: 4


UID 77505
精华 0
积分 548
帖子 756
信誉分 100
可用分 4651
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-11-17
状态 离线
15

发表于 2014-4-2 22:32 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

再给大家介绍一个蛋白质研究方面的网站：3D-PSSM
是基于WEB的蛋白质折叠识别研究服务。可以提交1D和3D蛋白序列数据来计算蛋白质的二级结构和溶解性。
顶部
kuaizige[使用道具]
四级
Rank: 4


UID 76978
精华 1
积分 526
帖子 707
信誉分 102
可用分 4338
专家分 10
阅读权限 255
注册 2011-11-11
状态 离线
16

发表于 2014-4-2 22:32 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

2D-PAGE结合MALDI-TOF质谱分析法费时费力，请大家关注SELDI-TOF质谱分析法!有兴趣的朋友可以浏览
cuturl('www.ciphergen.com.cn')
顶部
chuntian1983[使用道具]
三级
Rank: 3Rank: 3


UID 76393
精华 0
积分 421
帖子 522
信誉分 100
可用分 3423
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-11-4
状态 离线
17

发表于 2014-4-2 22:33 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
应用于2-de分析软件：
1 Delta 2D2 GELLAB II 3 Melanie 4 PD Quest 5 Phoretix 2D
5.2 Image Master 2D Elite5.3 InvestigatorHT Analyzer 6 Progenesis 7 Z3
8 proteomweaver
其中PD QUEST是bio－rad公司的，有多个版本。可免费试用。其中6.2版试用期为一个月，试用期内无功能限制。对于没有money的朋友来说不失为一很好的选择。我在的试验室用的是Image master，界面友好，使用时较其他几款容易上手。Melanie也有30天免费使用的。可到相应网站看看。
pd quest：cuturl('http://www.bio-rad.com')
melanie：cuturl('http://www.genebio.com')
Z3：cuturl('http://www.2dgels.com')
顶部
12xunmei[使用道具]
三级
Rank: 3Rank: 3


UID 108881
精华 0
积分 294
帖子 247
信誉分 100
可用分 1937
专家分 0
阅读权限 255
注册 2013-5-15
状态 离线
18

发表于 2014-4-2 22:33 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

我们实验室专门做蛋白，不过我是新手，知道的不多，有什么问题大家可以讨论一下。
酵母双杂交，哺乳动物双杂交，GST 融合蛋白系统，GST沉降都是研究蛋白质的方法。
   蛋白质之间的相互作用，蛋白质和DNA之间的相互作用很微弱，而且需要细胞内环境，普通的生物化学方法很难进行研究，因此蛋白质的研究滞后与DNA。
   酵母双杂交，哺乳动物双杂交，是用两个载体分别带有编码GAL-4的AD(activation domain)与BD(binding domain)亚基的基因，在其后分别连接上我们要研究的蛋白编码基因。两种载体与另一个带有report基因的载体共转染酵母或哺乳动物细胞，如果所研究的两种蛋白有作用，则GAL4的AD与BD段将大量结合，report基因将大量表达，供我们检测。这两个系统都很不错，他们都是真核表达系统，能正确修饰蛋白，还有“区室”效应，很方便。
   我用CLONTECH的盒子作的，效果不错！
   GST Fusion Proteins System 对于蛋白的研究更有优势，借用一下：
cuturl('http://www.jiansuo.net/cgi-bin/ut/topic_show.cgi?id=32219&h=1&bpg=2&age=60')
     另外，有什么方法研究蛋白间相互作用的，介绍一下！！
顶部
XYZQ[使用道具]
四级
Rank: 4


UID 74654
精华 0
积分 533
帖子 725
信誉分 100
可用分 4481
专家分 0
阅读权限 255
注册 2011-10-13
状态 离线
19

发表于 2014-4-2 22:34 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
MALDI-TOF肽指纹图的数据库查询一般使用随质谱仪带的本地蛋白数据库检索，当然，这个数据库是开放的可以随时下载网上的最新数据。其评分原则是根据实际的肽段分子量与理论预测的分子量的相似程度。分值越高，就越相似。当然，不同软件的评分还有差异。如Proquest和Mascot就不太一样。推荐ABI公司的4700配的GPS explorer软件，很不错。
顶部
njkph[使用道具]
三级
Rank: 3Rank: 3


UID 114522
精华 0
积分 246
帖子 212
信誉分 100
可用分 1842
专家分 0
阅读权限 255
注册 2013-9-25
状态 离线
20

发表于 2014-4-2 22:35 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

偶现在在家，没设备，但是也可以做。
现在蛋白质学研究方法
个人觉得应人结构生物学方面入手，
很多东西，不是靠很怎么样的设备，
多动动脑子很重要，
就像有计算器了，口算一些小数学都产生依赖。
顶部
 70  2/7 ‹‹1234567››