色谱爱好者之家

1. 通常，H原子的处理方法作者要给出

　　(1)一般通过理论加H，其温度因子为固定值，可通过INS等文件查看

　　(2) 水分子上H原子可通过Fourier syntheses得到

　　(3)检查理论加上的H原子是否正确，主要看H原子的方向。若不正确则删去再通过Fourier syntheses合成得到

　　(4) 检查H原子的键长、键角、温度因子等参数是否正常。通过检查分子间或分子内的H键是否合理最易看出H键的合理性

　　(5) 技巧：有时通过Fourier syntheses得到的H原子是正确的，可一计算其温度因子等参就变得不正常，则可以固定其参数后再精修(如在INS中的该H原子前用afix 1,其后加afix 0)

　　(6)各位来说说方法与心得?

　　2. 胡老师，下面的问题怎么解决啊?谢谢您。

　　220_ALERT_2_B Large Non-Solvent　　C　　 Ueq(max)/Ueq(min) ...　3.70 Ratio

　　222_ALERT_3_B Large Non-Solvent　　H　　 Ueq(max)/Ueq(min) ...　　　 4.97 Ratio

　　342_ALERT_3_B Low Bond Precision on C-C bonds (x 1000) Ang ...　　　　 49

　　B 级提示当然得重视了。建议你先把 H撤消，精修到 C的热椭球不太变形和键长趋正常。

　　如做不到就要看空间群?衍射点变量比太小?以至追查到原始数据的录取参数和处理等。

　　这些粗略意见仅供参考，如何?

　　3. 在XP中画图时，只有一部分，想长出另外的对称部分。我是envi完了，然后sgen长出来的，可是和symm显示的对称信息不一样。比如：我根据 envi的结果用sgen O1 4555得到的是O1A而不是O1D，这跟文献中标注的不一样啊，怎么统一呢?很困扰，忘达人指教。

　　xp里是按顺序编号的，第一个sgen出的的统一为A,依次标号。你如果想一开始就统一D的话，重新name一下

　　4. 高氯酸根怎么精修呀?我用的SHETXL6.1版的，最好告诉我怎么用其中的XSHELL来做，我觉得他好用!

　　Method 1DFIX

　　Dfix　1.42 0.02 Cl1 O1 Cl1 O2 Cl1 O3 Cl1 O4

　　Dfix　1.42 0.02 O1 O2 O1 O3 O1 O4 O2 O3　O2 O4　O3 O4

　　Method 2SADI

　　Sadi 0.01 Cl1 O1 Cl1 O2 Cl1 O3 Cl1 O4

　　Sadi 0.01 O1 O2 O1 O3 O1 O4 O2 O3 O2 O4 O3 O4

　　5. 晶体的无序是怎么造成的呀，是晶体培养的问题吗?

　　如果无序太多，在解单晶的时候怎么办?我指的是很多的点，没有结构，他们的峰值都大于了0.5

　　大于0.5没什么的，解完后都在1以下就可以了。特殊的比较大的在重原子附近也没有关系

　　5. 比较确切的定义是单胞中你测定的或你设想的“化学式”的数目。

　　在分子晶体中，Z 是分子数，在其它各类晶体中则为化学式个数。

　　例如有机物一般是分子数目，离子晶体像 NaCL只好说化学式为4。

　　晶体结构常有无序和缺位等，但给出非化学计量式后Z都是确定的。

　　Z 的数字决定于你的化学式。三斜晶系的 P-1空间群的 Z多为 2。由于双聚等原因如将双聚体写成你的化学式，那么 Z就变为 1了。但是就拿这个三斜晶系来说，出现 Z为 4或 6的情况也是可能的。

　　这时分子形成双聚或者三聚，而你指定的分子式只是个单体罢了。测定结构初期得到单胞以后，往往希望知道单胞中有几个"分子",如你知道了或提出了化学式，从我们介绍的范氏半径或原字体积即可毛估这个为整数的 Z了，不必测密度就知道 Z是很有意义的，因分子式有误 Z将不会合理，你不愿试一试?

　　6. 其实现在水簇或者各种氢键越来越受到重视。但是给水加氢总是遇到很多麻烦，大家都希望能有一些实际可以用的经验来指导一下大家。您能给我们一些建议吗?有时候键长不合理(但是又没有其他合适的参峰)，键角合理，您说这样如何加氢?　我仔细浏览了论坛的一些文章，您能给这些经验做一个评价吗?哪位大侠清楚 DFIX和AFIX的用法及格式，请详细指点一下。Thanks a lot还有，差值加氢的时候如果找不到q，可以用cent产生个点，然后命名为氢吗??　把O原子改成C原子,然后再看Q有没有了;如果没有放大Q值到 100,不行放大到500个Q值我想你会加上去的!固定H的温度因子为母原子的1.5倍,然后再把C改成O,计算,大功告成　 我非常关心这两条经验。麻烦您!

　　从这个贴子了解到大家对 H的指定问题非常热中，只好再谈谈我的看法仅供大家参考了。

　　我曾表白原则上 X光衍射不能准确测定 H的位置，现在我仍旧这样看而不太懂所谈经验。

　　即使是低温也很困除非是做低温的中子衍射工作，不过眼下我们没有条件且无法短平快!

　　在网上曾经提出过一些有助于寻找 H位置的想法，因为水在晶体中必定与周边形成氢键。

　　可是如一位网友所说水处在对称中心的位置上时，那么可肯定 H呈无序分布无法指定的。

　　反过来讲如果一个结构报告把 H参数都准确列出，我们可以认定这是一篇高水平的研究。

　　理论加 H是基于分子几何构型指定 H的辅助方法，水和甲基等等都不是它可应付得来的。

　　看来是介绍能量优化理论计算来指定 H的时候了，将请国武老师贴出两篇好文章供分享。

　　有关的计算程序已在论文中列出并可在网上下载，希望这种“理论加氢”方法得以推广。

　　参考文献

　　1.　Z. Anorg. Allg. Chem., 2003, 629: 666-672

　　2.　Acta Cryst., 2004, B60: 179-183从这个贴子了解到大家对 H的指定问题非常热中，只好再谈谈我的看法仅供大家参考了。

　　我曾表白原则上 X光衍射不能准确测定 H的位置，现在我仍旧这样看而不太懂所谈经验。

　　即使是低温也很困除非是做低温的中子衍射工作，不过眼下我们没有条件且无法短平快!

　　在网上曾经提出过一些有助于寻找 H位置的想法，因为水在晶体中必定与周边形成氢键。

　　可是如一位网友所说水处在对称中心的位置上时，那么可肯定 H呈无序分布无法指定的。

　　反过来讲如果一个结构报告把 H参数都准确列出，我们可以认定这是一篇高水平的研究。

　　理论加 H是基于分子几何构型指定 H的辅助方法，水和甲基等等都不是它可应付得来的。

　　看来是介绍能量优化理论计算来指定 H的时候了，将请国武老师贴出两篇好文章供分享。

　　有关的计算程序已在论文中列出并可在网上下载，希望这种“理论加氢”方法得以推广。

　　参考文献

　　1.　Z. Anorg. Allg. Chem., 2003, 629: 666-672

　　2.　Acta Cryst., 2004, B60: 179-183首先，x-ray衍射是不能准确确定H的真实位置的。

　　其次，对于N，O等上面的活性氢最好在dmap上找。

　　再次，H的位置的确定一定要考虑其化学合理性，即H和周围原子形成的氢键的键长键角要合理。

　基于上述原则，具体的方法一般是：

　　1。先在dmap上找到活性氢的位置，如果找不出，就给更大的Q值，然后用dfix固定，在ins文件里编辑。

　　2。精修后，检查H的位置是否化学合理。

　　3。在xp里面，用himp固定X-H的键长。

　　4。在ins文件里，将dfix去掉，同时在新加的氢的前面加上afix 03，并将其温度因子改为-1.

　　——————————————————————————

　　处理水上H的一个小技巧

　　通常有机骨架上的C和N以及羟基(-OH)上的H都可以利用几何加氢的方法来处理，但是水分子上的氢却不能这样做。

　　在晶体学数据比较好的情况下，水分子的H原子在残余峰上还是有迹可循的。通常需要考虑两方面的因素：

　　1)H-O-H的键长和键角(个人认为键长应在0.65-1.15之间，键角在95-115之间);

　　2)氢键，水分子的H应位于能形成合适的氢键位置上，而不是随意的位置。

　　基于以上两点考虑，在用SHELXTL程序精修时，在主体骨架都确定之后把残余峰的数量改为50，甚至更大(PLAN 50),然后在O周围的残余峰中仔细辨认，把位置合适的残余峰定为H。

　　从残余峰中得到H原子，键长一般不是理想的键长，而且位置在经修过程可能会发生改变，为了解决这些问题，我们可以这样来做。

　　在精修以前打开*.ins文件，找到先前确定的H原子，如：

　　H1 x1 y1 z1 11.0000 0.05

　　H2 x2 y2 z2 11.0000 0.05

　　加入 AFIX 3的指令可以把找到的H固定，同时把H的温度因子固定为父原子的1.2倍。改为如下：

　　AFIX 3

　　H1 x1 y1 z1 11.0000　-1.2000

　　H2 x2 y2 z2 11.0000　-1.2000

　　AFIX 0

　　改完保存之后再做精修。(解决H原子位置变化的问题)

　　H-O的键长，可以在xp界面下用himp指令来解决。

　　运行xp时，在file之前运行一次HIMP，就可以把H-O调整为理想的0.85A。

　　这样就基本上可以得到较好的水分子的H原子了。

　　此外还可以通过WinGX程序包中的CACL-OH来计算水上的H原子。

　　如果以上两种方法都得不到较好的H原子，建议放弃加氢，因为并不一定每个结构中的水分子的氢都能确定，虽然理论存在可能性。

　　欢迎大家讨论，共同进步!

　　1.呵呵,刚刚注册,很不错的网站.以后大家可以经常讨论一些结构解析的问题.

　　我有一个结构,游离水的氢通过差值傅里叶定位总出错(温度因子过高),不知道各位大侠有什么高见

　　"把氧原子改为氮原子，并把该氮原子和其他原子连起来，然后理论加氢，

　　把原子名称改回去，把氢原子的参数保留，加入命令

　　AFIX 3

　　H1a .............................

　　H2a................................

　　AFIX 0

　　就可以拉"

　　呵呵，能用差傅里叶峰投H已经是很好的情况了，楼上的法子不太好，那样得到的键角好象有偏差吧。我们一般是限制键长和键角，固定温度因子，然后就一切OK了

　　2.求助空间群转换教程:

　　其实转换起来也比较容易

　　很多情况下，xprep程序提示的高低不同的空间群CFOM值差别并不是很大，如P1和P-1Cc与C2/c，但是直接按照高的空间群无法显示出分子，或只能看到一部分这时。可以将空间群降低，先解出绝大部分的结构，加不加氢均可，然后点击platon中的addasym计算空间群，如果提示空间群需要升高，在原文件夹中出现一个platon.res文件，改名为您原来的文件名，用xshell或者xp打开,继续解析即可 .

　　高的空间群无法解析的时候，被迫用低空间群解的例子还有一种情况：程序建议采用低空间群，这时用地的空间群可以解出大部分的结构，但是配体的一部分怎么也连不上，grow后也无济于事，这是空间群错误的一个信号，这时我们就可以去升高空间群了.

　　据经验，升高空间群时我们只需要解析出主要骨架的结构就可以了，溶剂分子可以不处理，甚至有时只需把所有的原子都定成碳原子也可以(金属原子当然必须先确定了)

　　在转换后，经常出现 参数溢出 的情况,无法继续精修，据经验一般是以下原因造成的：

　　(1)存在Q峰，在对称性发生变化后，出现混乱)

　　(2)存在H原子无法抵消造成的混乱

　　以上两种情况提示我们在对称性转换前最好删掉所有H原子和Q峰。

　　(3)转换后通常会得到

　　FMAP 0

　　的情况，只需将0改为2 就可以了

　　(4)如果带着氢原子去转换，往往会出现一个碳原子上有很多氢的情况，这时，建议删掉所有的氢原子，重新加氢

　　另外，需要说明的是：空间群的转换经常会造成R之间的差异较大，这种情况经常出现，需要注意。

　　In XP mode, the information can be easily obtained from MATR command. For example, when the chain along the (101) direction, Matr 1 0 0 0 0 0 0 0 1, you will find the chain just appeared as a motif. Then you ROTA 1 90, a chain will be observed.

　　晶体结构分析中 H 的指定

　　游离的水加氢时，我认为是有可能但危险!所谓理论加氢的根据是几何构型的需要，

　　对于水和甲基等的氢，我们很难说出它的取向，不过水多半形成氢键，这就提供了线索。

　　请参考请国武老师本周贴出有关氢键的两文献，根据可能的位置放上氢后最好放开精修。

　　不过原始数据不好时，氢参加精修可能无结果。如不精修就要审查是否符合化学的原理

　　不久前发表了一有机化合物 C18H17FN3O4 的 X 光单晶工作：

　　Acta Cryst. 2005, E61(7): o2235。

　　但定出的这个分子式不符合化学中我们所知道的“氮规则”。

　　估计 F 和 N 出错的可能性比较小，很有可能是 H 拉掉了 。

　　感谢作者对我们的疑惑做出解答，原来拉掉了一分子内氢键：

　　Acta Cryst. 2005, E61(9): e3。因而有单双键的重新布置。

　　那么，是不是可以说：如果我们从化学的角度审视每个晶体

　　结构分析的最后输出结果，将会使我们有可能尽量减免失误?

　　从晶体结构分析中 H 的指定看出，晶体结构研究结合化学将有事半功倍之效。与中子衍射不同，X 光不易“看”到 H 原子。当从富里埃差分图找不着 H 的

　　位置时，我们多采用“理论”加 H 再作最小二乘的修正或是将它们固定起来。

　　像苯这样的二维平面分子加 H 是完全没有问题的，一维链上加 H 就要小心了

　　而一个水或銨离子朝那里加 H 就更加困难尽管它有可能与周边原子形成 H键。

　　让我们分析一a-氨基酸的结构：请参考《结构化学》,2005，24(1)：89 - 93。

　　标题化合物是一个中性分子还是两性物?这要看 N 原子上是一个还是两个 H。

　　如按我们与作者现在达成的两性物共识，那么两个羧基上的H仅能 1/2占有率。

　　从作者們用原始数据再精修的结果得知，两性物确是此晶体结构的真实的情况

　　R 因子在结构精修的最后阶段已“迟钝”，很多有问题甚至错误结构R值很小。

　　我们可以说化学知识对于晶体结构分析来，他们是互相帮助而相得益彰的朋友

　　为了说明这一点，我们还将利用文中的 FLACK 因子为 0.1(15) 为例进行研究

　　此是后话了。 最后，感谢原文作者对以上分析提供的原始数据和有益的讨论。众所周知，H 键在结构化学特别是超分子化学中占有其特

　　殊的地位。因此有机物的晶体结构报道一般要求 H的指定。

　　只要有好数据，通过差分图和理论加 H，这是可能做到的。

　　对于含有金属原子，特别是在重原子的附近确定 H位置时，

　　就困难些。这是由于重原字的电子云往往把 H原子掩盖着。

　　历史上曾报道一没有其它原子桥联的金属原子多重键结构：

　　Cp*Co=CoCp*,其中 Cp*是五甲基环戊二烯基，Co是钴原子,

　　参见： Angew.Chem.Int.Ed.Engl. 30: 1124-1126 (1991)。

　　这是引人瞩目的新结构类型， 因钴原子间没有桥联羧基等。

　　令人兴奋的同时，其磁性和反应性能引起人们对它的怀疑。

　　低温的 X光数据，似显示在钴原子间有 2.5eA(-3)的蜂值。

　　随后两个实验室，独立对其进行再研究，证明它是氢化物!

　　我们有这种经验，利用 H的多少调节化学结构的电荷平衡。

　　这里存在着风险。例如上面讨论的 H化物中有三个 H原子，

　　钴以混合价存在。那么，你能不能提供我们一具体的解释?

　　化学工作者常期待单晶结构分析提供分子的基本骨架，判断是否拿到目的物。

　　从前一年测不到一两个小分子单晶结构到现在一两个小时就得到完整的结果，

　　人们就疏于其它结构表征手段了。何况一般说来单晶的结果是“终审裁决”。

　　

可惜的是，计算机的输出是否正确有待于认真的审核，而一不当心就会受骗。

　　其中 H原子再指定往往给我们提供有关结构的新内容。下面是一个好的实例。

　　曾报道 C14H13N3O2*C8H7N3O 中性有机物的结构报道, 最后 R 因子为0.039。


次年由作者和"陪审团"用原始强度数据分别进行复审, 后共同撰文发表更正:

　　Acta Cryst. 1997, C53: 922-925.

　　原来 C8H7N3O 是一有机阴离子, 它的一个 H 转移了, 实际上它是 C8H6N3O-.

　　而前者的一 C=O 基团实际上是 C=NH, 接受一 H 后就变成了正电基团C=NH2+.

　　这样一来,正确的化学式应当是: C14H15N4O(+)*C8H6N3O(-), 它是一有机盐,

　　又不同于[讨论](二)内盐的形成, 且离子间相互关系和 H 键的联结都有新意!

　　正确指定 H坐标后参与最小二乘精修的结构一般期待得到有关 H的如下结果：

　　0.85 < C-H < 1.05 A;

　　2.0 < Biso < 6.0 A2.

　　我们知道，N-H 和 O-H 键长要稍短些，而 S-H 键可能稍长些。

　　第二，H...H 接触要合适。H 的范氏半径约为 1.1 A, 如 H接触距离小于范氏

　　半径的和，我们就要警惕是否有失误，除非形成了 H...H 二氢键等特殊结构。

　　最后，H的温度因子大小也是有要求的。如果绝对构型搞错了，或是 C，N，O

　　等邻近原子搞混了，H温度因子很迟钝。可是如空间群定错了，特别是遗漏了

　　对称心，温度因子将会是极其反常的了。

　　综合以上三个方面，我们不妨提出 H 的指定和修正用来判断结构是否正确和

　　精修好坏的三指标。这是一般的原则，不排斥有时出现例外，特别是第三点。

　　R. Harlow 曾在美国晶体学会上提出“挑战”：如发现空间群定错而有关 H的

　　键长和温度因子都落在正常值范围的晶体结构，基金会将给予200美元的奖励。

　　我们试图应战，并最终得到了成功。这个唯一的例证发表在国际晶体学报上：

　　Acta Cryst., 1991, C47: 332-337，

　　原空间群为 R-3，H 指标正常。但正确空间群为 R-3c,空间群更正文章请参考

　　Acta Cryst., 2002, B58: 62 - 77。那么，你愿参加讨论并提出新的例证吗?

　　羧基加 H是不时会遇到的问题。

　　如羧基的 C=O 和 C-O(H) 键长分别近似 1.19A 和 1.34A， 那么后者的 O附近将有一 H待指定。这个 H的位置最好由差分图上找到，如想采用“理论”加 H我们知道将会遇到一定的困难。

　　中子衍射指定 H最为理想，但受仪器的限制和拿不到大的单晶等原因，我们有时只好从这个羧基与它周围可能形成 H键来毛估 H的存在范围。这里，C=O 是

　　H 键的受体，而 C-O则是供体。

　　当羧基的 H离解掉，C=O 与 C-O 将因电子共轭使键长均匀化为1.25A 左右了。

　　这是一极限的情况。设 n为键级，介于单双键间的键级的似 Pauling 公式为：

　　R(C...O) = 1.34 - 0.5*log n

　　我们提出一简单的线性方程式：

　　R(C...O) = 1.49 - 0.15 n

　　无论如何，部分离解和 H键的形成都要服从键价和(BVS)计算的支持。有关的讨论将是后话。从小分子到生物大分子晶体结构，从超分子化学到晶体工程，H键无不扮演着

　　重要角色。常规 H 键已经研究得够透彻的了，非常规 H键也有了很好的了解,

　　基本内容可参考周公度，段连运编著：结构化学基础 (第三版)，北大出版社,

　　2002。但是在具体的晶体结构分析中，H 键的测定和描述并不简单,为何如此?

　　就以经常遇到的 O-H...O为例, 我们在拿到两个 O原子坐标后, O...O 的距离

　　上限究竟是多长而 < O-H...O 的角度的下限又是多小才算它们形成了 H键呢?

　　统计分析表明, 如键角不小于 165度时, O...O间距可短到 2.36A，而最长可

　　达 3.7 A左右，跨度很大。O 的范氏半径为 1.40 A, 是 H把它俩键合起来的。

　　对于 O-H...O, 键长小于 2.50 A 是强键, 大于 2.80A 是弱键, 介于起间的

　　是中等强度键。它们反映 H键的性质从基本上是共价的向很弱的范氏键过渡。

　　H 键的键角很少等于 180度。无论如何,任何 H键的键角不能小于 90度,因为

　　偏离 O...O联线越远就越起不到桥联作用了。在 90与 180度间则存在着分布。

　　值得我们重视的一点是, 原子间的短接触而与 H 键毫无干系的情况比比皆是!

　　没有 H参与的这类短接触或化学作用力称为"次级键"。 H 键包含在次级键中,

　　没有 H参与的次级键是当今结构化学中越来越受到重视的一个热点研究课题。

　　在晶体结构中, 当 H 的位置很好指定后, 最后注意 H可与两个或更多受体原

　　子形成网络的结构, 即涉及 H键体系的正确而又完整的描述问题。 如有兴趣,

　　不妨参阅以下文献, 看看外国同行如何仔细点评我们在这方面一有关工作的:

　　Acta Cryst. 2002, C58: m12-m13;

　　Acta Cryst. 2002, C58: e9.

　　键价(Bond Valence,简写为 BV)是从离子晶体电价规则发展出来的一个结构化

　　学概念. 键价和(BVS)计算用来评审无机晶体结构是否合理几乎成为结构晶体学

　　一不可或缺的手段,鲍林(L.Pauling)这位大结构化学家最早为我们作出了示范.

　　我国最早介绍键价法的文章大概是:

　　邵美成,唐有祺, 大学化学, 1986, 1(1): 3-13

　　此后有结构化学丛书的分册的出版:

　　邵美成, " 鲍林规则与键价理论 ", 高等教育出版社, 北京, 1993

　　较新的专著则是国际晶体学会丛书:

　　I. D. Brown, The Chemical Bond in Inorganic Chemistry. The Bond Valence Model. Oxford University Press, Oxford, 2002

　　进行 BVS 计算的必要条件是要有可靠的键价参数,这是一直在进行的研究课题.

　　对于 O(-2) - H(+1), 幂数方程的参数是: Ro = 0.87 A, N = 2.2. 利用这套参数, 可以很好地了解冰结构中 H键的键价分布.

　　当今常用的指数方程的O-H键参数还未很好的建立起来.为讨论O - H...O型氢　键曾提出参数: Ro = 0.927 A, B = 0.395 A, 但还不理想而有待进一步修订.

　　请参考文献:

　　Tetrahedron, 1998, 54: 5683-

　　J.Mol.Struct., 2000, 552: 153-

　　I.D.Brown 汇编了约 1500个不同化学键的键价参数，免费下载文件的网址是：

　　cuturl('http://www.ccp14.ac.uk/ccp/web_mirrors/i_d_brown/bond_valence_param/')

　　这个数据库还在不断发展中。你愿进入研究前沿并能提出更好的新键价参数吗?

　　H的指定和它在晶体结构中所扮演的角色是结构化学一直受到人们重视的问题。

　　低温与中子衍射测定是最好的实验手段， 但在目前的情况下还不是那么现实。

　　常温下X光单晶衍射从差分富里埃合成指定H的位置是可能的， 特别是有机物。

　　但是，晶体质量要好，衍射数据的质和量都达到很高的要求， 成功希望就大。

　　特别要强调的是质量，原始数据不很好，可以说是后患无穷， 有时进退两难。

　　你多花一分钟挑晶体，甚至于重新录谱，可能节省大量时间， 真是事半功倍。

　　按几何构筑或理论加 H是可采用的办法, 不过我们应当留心,　是否加的合理,

　　分析结构一定敲键盘，但我们知道它离不开化学的基本知识， 化学家沾光了。

　　就拿 H的指定举例说，你掌握了H可能形成各种模式的H键后， 就可能抓住它。

　　这里推荐两篇好文献，它们对于H的指定很有参考价值，已下载愿与大家分享：

　　Acta Cryst. 1990, B46: 89-103

　　Acta Cryst. 1990, B46: 546-549

　　本讨论侧重实验方面，H的位置是我们所关注的。成键和配位当然也是重要的。

　　但像C-H...O究竟是空间排布需要还是带来能量降低而使结构稳定仍在争辩中。

这是蛋白质结构晶体学的研究范畴, 暂不去管它, 不过可看到小小H有大学问!

　　参考文献:

　　JACS, 2004, 128: 2284-2285

　　van der Waals Radii rw (nm) of the Elements 供参考

　　H He Li Be B C N O F Ne

　　Pauling[1] 0.110 0.140 0.172 0.150 0.140 0.135 0.154

　　Bondi[2] 0.120 0.140 0.182 0.213 0.170 0.155 0.152 0.147 0.154

　　Bokii[3] 0.117 0.122 0.17-0.19 0.157 0.138 0.135 0.160

　　Allinger [4] 0.162 0.153 0.255 0.223 0.215 0.204 0.193 0.182 0.171 0.160

　　Zefirov[5] 0.116 0.22 0.19 0.18 0.171 0.150 0.129 0.140

　　Batsanov[6] 0.12 0.14 0.22 0.19 0.18 0.17 0.16 0.155 0.15 0.15

　　Rowland [7] 0.110 0.177 0.164 0.158 0.146

　　Zorkii et al[8] 0.1175 0.1735 0.152 0.134

　　Hu et al [9] 0.108 (0.134) 0.175 0.205 0.147 0.149 0.141 0.140 0.139 (0.168)

　　Na Mg Al Si P S Cl Ar K Ca

　　Pauling[1] 0.190 0.185 0.180 0.192

　　Bondi[2] 0.227 0.173 0.251 0.210 0.180 0.180 0.175 0.188 0.275

　　Bokii[3] 0.19 0.18 0.180 0.192

　　Allinger[4] 0.270 0.243 0.236 0.229 0.222 0.215 0.207 0.199 0.309 0.281

　　Zefirov[5] 0.23 0.20 0.20 0.184 0.190 0.27 0.24

　　Batsanov[6] 0.24 0.22 0.21 0.21 0.195 0.18 0.18 0.19 0.28 0.24

　　Rowland [7] 0.181 0.176

　　Zorkii et al[8] 0.178-0.182

　　Hu et al [9] 0.184 0.205 0.211 0.207 0.192 0.182 0.183 (0.193) 0.205 0.221

　　Sc Ti V Cr Mn Fe Co Ni Cu Zn

　　Pauling[1]

　　Bondi[2]

　　Bokii[3]

　　Allinger[4] 0.261 0.239 0.229 0.225 0.224 0.223 0.223 0.222 0.226 0.229

　　Zefirov[5] 0.22 0.19 0.19

　　Batsanov[6] 0.23 0.215 0.205 0.205 0.205 0.205 0.20 0.20 0.20 0.21

　　Hu et al [9] 0.216 0.187 0.179 0.189 0.197 0.194 0.192 0.184 0.186 0.210

　　Ga Ge As Se Br Kr Rb Sr Y Zr

　　Pauling[1] 0.20 0.20 0.195

　　Bondi[2]

　　Bokii[3] 0.20 0.20 0.195 0.198

　　Allinger[4] 0.246 0.244 0.236 0.229 0.222 0.215 0.325 0.300 0.271 0.254

　　Zefirov[5] 0.21 0.197 0.28 0.26 0.23

　　Batsanov[6] 0.21 0.21 0.205 0.19 0.19 0.20 0.29 0.255 0.24 0.23

　　Rowland [7] 0.187

　　Hu et al [9] 0.208 0.215 0.206 0.193 0.198 (0.212) 0.216 0.224 0.219 0.186

　　Nb Mo Tc Ru Rh Pd Ag Cd In Sn

　　Pauling[1]

　　Bondi[2] 0.163 0.172 0.162 0.255 0.227

　　Bokii[3]

　　Allinger[4] 0.243 0.239 0.236 0.234 0.234 0.237 0.243 0.250 0.264 0.259

　　Zefirov[5] 0.20 0.21 0.22

　　Batsanov[6] 0.215 0.21 0.205 0.205 0.20 0.205 0.21 0.22 0.22 0.225

　　Hu et al [9] 0.207 0.209 0.209 0.207 0.195 0.202 0.203 0.230 0.236 0.233

　　Sb Te I Xe Cs Ba La Ce Pr Nd

　　Pauling[1] 0.220 0.220 0.215 0.218

　　Bondi[2] 0.190 0.206 0.198 0.216

　　Bokii[3] 0.22 0.22 0.215 0.218

　　Allinger[4] 0.252 0.244 0.236 0.228 0.344 0.307 0.278 0.274 0.273 0.273

　　Zefirov[5] 0.214 0.29 0.26 0.23

　　Batsanov[6] 0.22 0.21 0.21 0.22 0.30 0.27 0.25

　　Rowland [7] 0.203

　　Hu et al [9] 0.225 0.223 0.223 0.221 0.222 0.251 0.240 0.235 0.239 0.229

　　Pm Sm Eu Gd Tb Dy Ho Er Tm Yb

　　Pauling[1]

　　Bondi[2]

　　Bokii[3]

　　Allinger[4] 0.272 0.271 0.294 0.271 0.270 0.269 0.267 0.267 0.267 0.279

　　Zefirov[5]

　　Batsanov[6]

　　Hu et al [9] (0.236) 0.229 0.233 0.237 0.221 0.229 0.216 0.235 0.227 0.242

　　Lu Hf Ta W Re Os Ir Pt Au Hg

　　Pauling[1]

　　Bondi[2] 0.175 0.166 0.170

　　Bokii[3]

　　Allinger[4] 0.265 0.253 0.243 0.239 0.237 0.235 0.236 0.239 0.243 0.253

　　Zefirov[5] 0.20 0.20

　　Batsanov[6] 0.225 0.22 0.21 0.205 0.20 0.20 0.205 0.21 0.205

　　Hu et al [9] 0.221 0.212 0.217 0.210 0.217 0.216 0.202 0.209 0.217 0.209

　　Tl Pb Bi Po At Rn Fr Ra Ac Th

　　Pauling[1]

　　Bondi[2] 0.196 0.202 0.187

　　Bokii[3] 0.169

　　Allinger[4] 0.259 0.274 0.266 0.259 0.251 0.243 0.364 0.327 0.308 0.274

　　Zefirov[5] 0.22

　　Batsanov[6] 0.22 0.23 0.23 0.24

　　Hu et al [9] 0.235 0.232 0.243 (0.229) (0.236) (0.243) (0.256) (0.243) 0.260 0.237

　　1.请大家指教：我用的是shelxtl 6.10,为什么我不能在CIF文件中加入带有对称编码的那组氢键数据?我这样执行操作：

　　在ins文件加入HTAB,XL后，在1st中找到氢键表，

　　D-H　　　　　 d(D-H)　 d(H..A)　

　　O10-H10　　　　0.820　　2.249　 172.53　　3.064　　O4 [ -x, -y+1, -z+2

　　在ins文件加入EQIV　-x, -y+1, -z+2

　　HTAB o10 04 -x, -y+1, -z+2

　　ACTA

　　有个小错误，应该是：

　　EQIV　$1 -x, -y+1, -z+2

　　HTAB O10 O4_$1

　　ACTA

　　谢谢可爱的lmy,您说的这个命令格式我也试过，只是没留意‘$ ’前那个“-”，结果费了好大功夫，希望您以后多多指教!

　　1.1请教--客体水分子的氧周围如果没有Q峰，如何加氢

　　连接该氧原子与其它原子

　　将氧原子改为C或N原子

　　理论加氢，记下氢的坐标

　　再把原子重新改成O原子

　　在ins文件中加入

　　AFIX 3

　　H1W 。。。。。。-1.50000

　　H2W。。。。。。。-1.500000

　　AFIX 0

　　2. 我用xp处理的单晶数据,通过photoshop把象素该为600,存为tiff格式,插到word 文档,转换成pdf格式的时候不清楚了,我该怎么办?哪位大虾遇到过帮个忙哈,我的文章已经被接收了叫修改呢,可是图老是出问题.拜托了!

　　1. 直接存成hgl格式，然后在word中插入。

　　2. 可以将图形文件转换为WMF, CGM、EPS等格式，再在Word中插入，就可以在Word中任意缩放该图形，而不用担心打印输出的精度，因为WMF,CGM,EPS是矢量格式，Word中改变大小是不会引响其精度的, 我们建议采用WMF格式输出到Word中,毕竟WMF是MS自己定义的格式。

　　3. 要在互连网中发布该图形，可以将图形文件转换为SVG格式，SVG是基于XML技术的矢量格式。

　　4. 要在其它环境(如电子标书...)使用该图形，可以将图形文件转换为GIF,JPEG等光栅格式，我们推荐选用GIF格式，GIF格式采用无损压缩方式，同时GIF文件比相同的JPEG文件要小。

　　5. 通常有机骨架上的C和N以及羟基(-OH)上的H都可以利用几何加氢的方法来处理，但是水分子上的氢却不能这样做。

　　在晶体学数据比较好的情况下，水分子的H原子在残余峰上还是有迹可循的。通常需要考虑两方面的因素：

　　1)H-O-H的键长和键角(个人认为键长应在0.65-1.15之间，键角在95-115之间);

　　2)氢键，水分子的H应位于能形成合适的氢键位置上，而不是随意的位置。

　　基于以上两点考虑，在用SHELXTL程序精修时，在主体骨架都确定之后把残余峰的数量改为50，甚至更大(PLAN 50),然后在O周围的残余峰中仔细辨认，把位置合适的残余峰定为H。

　　从残余峰中得到H原子，键长一般不是理想的键长，而且位置在经修过程可能会发生改变，为了解决这些问题，我们可以这样来做。

　　在精修以前打开*.ins文件，找到先前确定的H原子，如：

　　H1 x1 y1 z1 11.0000 0.05

　　H2 x2 y2 z2 11.0000 0.05

　　加入 AFIX 3的指令可以把找到的H固定，同时把H的温度因子固定为父原子的1.2倍。改为如下：

　　AFIX 3

　　H1 x1 y1 z1 11.0000　-1.2000

　　H2 x2 y2 z2 11.0000　-1.2000

　　AFIX 0

　　改完保存之后再做精修。(解决H原子位置变化的问题)

　　H-O的键长，可以在xp界面下用himp指令来解决。

　　运行xp时，在file之前运行一次HIMP，就可以把H-O调整为理想的0.85A。

　　这样就基本上可以得到较好的水分子的H原子了。

　　此外还可以通过WinGX程序包中的CACL-OH来计算水上的H原子。

　　
　　　　　　如果以上两种方法都得不到较好的H原子，建议放弃加氢，因为并不一定每个结构中的水分子的氢都能确定，虽然理论存在可能性。欢迎大家讨论，共同进步!二者的差别在于(官方的说法)：

　　AFIX/HFIX instructions are constraints

　　SAME/SADI/DFIX instructions are restraints

　　这两者应该是有差别的，具体的差别只能能靠自己在实践中体会了

　　印刷跨越式试验学生作品的技术要求

　　贾建荣

　　中山市教育局电教站 [url=mailto:yiwei_jia008@yahoo.com]yiwei_jia008@yahoo.com[/url]

　　[摘 要]本文介绍了跨越式试验中一些学校制作学生作品集时出现的一些技术上的失误，从技术角度讲述了如何提高学生作品制作的质量。

　　[关键词]分辨率图像 图形PostScript 排版

　　引言

　　基础教育跨越式试验在中山已经开展了两年多了，第一批试验学生已经三年级了。在两年多的试验中，各个学校的学生都积累了一定数量的学生作品，其中也有相当一部分时很出色的。为记录和呈现跨越式试验的成果，各试验学校各显神通，凭借种种手段展示学生的优秀作品!其中，有相当的学校把优秀的学生作品以印刷品或打印稿的形式表现和保存了下来!

　　而很多的纸介作品是以不恰当的技术手段制作的，制作期间在屏幕上显示的是色彩缤纷!一旦到了纸上却并不令人十分满意!

　　一 常用办公软件不能用于印刷品的制作：

　　我到一些学校了解学生作品印刷品的制作，发现很多学校利用常见的办公软件进行学生作品的排版和打印。用得比较多的是使用MicroSoft Office 里的Word或PowerPoint进行排版，图片处理用Adobe 的Photoshop，有一些用ACDsee。

　　这些制作技术存在很大问题!

　　有些老师会提出疑问：为什么不能用来制作学生作品?我们每天都在用Word和PowerPoint写作、打印、交流!为什么不能用这些软件来制作学生作品呢?

　　这是因为MicroSoft Office是一个办公软件，处理普通的公文，打印考试试卷，提交工作报告是足够的!但用于印刷品的制作，差得太远了!

　　假如你浏览微软的网站，找到有关Office Word 的功能介绍，你会发现Word的功能描述基本局限在“创建和编辑信件、报告、网页或电子邮件中的文本和图形”这个范围之内。至于Office中的其他软件包的功能介绍，根本没有提过关于打印、印刷、出版方面的内容!

　　至于图像处理软件，有很多人使用Photoshop，由于在参数设置上存在很多问题，不符合打印或印刷的标准，最后得到的结果也是不能令人满意的。

　　以上两点是很多学生作品在纸介上表现差的主要原因!

　　二、打印和印刷的技术要求

　　1 人眼分辨率

　　所谓“人眼分辩率”，指的是人眼能够分辨两个相邻的点或者线的能力，通常以刚能被分开的两点或两线与眼睛瞳孔中心所成的张角表示。如果张角小于此值，人眼就觉得这是一个点，看不出构成图像的像素点，图像就均匀自然。正常视力者这个角度在1’～1.5’之间。

　　2 打印与印刷

　　计算机显示器的显示是用RGB(红绿蓝)三基色彩色模式，每个像素的 RGB 分量指定一个介于 0(黑色)到 255(白色)之间的强度值，RGB模式是加色原理。例如，亮红色可能 R 值为 246，G 值为 20，而 B 值为 50。当所有这 3 个分量的值相等时，结果是中性灰色。当所有分量的值均为 255 时，结果是纯白色;当该值为 0 时，结果是纯黑色。

　　彩色打印与印刷则用的是CMYK 彩色模型，以打印在纸上的油墨的光线吸收特性为基础。当白光照射到半透明油墨上时，某些可见光波长被吸收，而其它波长则被反射回眼睛。

　　理论上，纯青色 (C)、洋红 (M) 和黄色 (Y) 色素在合成后可以吸收所有光线并产生黑色。这些颜色因此称为减色。由于所有打印油墨都包含一些杂质，因此这三种油墨实际生成土灰色，必须与黑色 (K) 油墨合成才能生成真正的黑色。(为避免与蓝色混淆，黑色用 K 而非 B 表示。)将这些油墨混合重现颜色的过程称为四色印刷。

　　减色 (CMY) 和加色 (RGB) 是互补色。每对减色产生一种加色，反之亦然。

　　3 PostScript语言与PostScript 字体

　　在彩色打印与印刷中，专业的打印机驱动描述语言是PostScript语言，使用的字体是PostScript字体。这种语言对各种打印机都能做到最好的驱动，结合PostScript字体，能达到最佳效果。PostScript是一种与设备无关的打印机语言，即在定义图像时可以根本不考虑输出设备的特性 (如打印机的分辨率、纸张大小等)，而且它对文本和图形实行同样的处理过程，这就给处理字体带来了极大的灵活性。由于PostScript的设备无关特性，在输出到特定输出设备，譬如对分辨率、纸张大小、进纸盒进行选择时，PostScript通过打印机描述(PostScript Printer Description )文件来实行各种打印机的不同特性。

　　一般我们在Windows下使用的是TureType字体，Office中使用的打印字体也是TureType字体，对于一般的文稿打印是足够了，用于彩色打印与印刷则不能给出满意的结果。

　　三、制作软件及参数设定

　　1 图像处理

　　现在流行的图像处理软件很多，我们不能只选择功能强大的图像软件，要真正做好印刷与打印，图像软件必须要支持CMYK色彩模式，同时能够提供对PostScript语言的良好支持。

　　流行的图像处理软件中能达到这个要求的只有Adobe 公司的PhotoShop，也许是因为PostScript语言是Adobe公司提出的技术标准吧，PhotoShop多年来是这个行业里的唯一选择。

　　在我们制作学生作品的打印与印刷时，必须注意PhotoShop图像软件以下几点

　　1. 色彩模式：除非你是出于其他用途，否则，必须将色彩模式设置为CMYK，如果设置成其他色彩模式，那么你最终得到的作品与你的要求将会差很远。对于原来是其他色彩模式的文件，可以在PhotoShop中转换成CMYK模式;

　　2. 分辨率：

　　分辨率的设置必须遵循以下的计算公式：

　　S=L×sin(α) S为两个点之间的距离，L是观看距离，单位为厘米

　　α是人眼的角分辨率，为1/60度

　　P=2.54÷S 1英寸=2.54厘米，P为分辨率，单位dpi(像素/英寸)

　　一般正常读书的距离是30厘米，从以上公式计算出的分辨率值为291dpi。

　　由以上计算可以得出，我们在制作学生作品时，PhotoShop的分辨率设置

　　应为300dpi，这个值也是精美杂志的印刷技术参数!

　　3. 图像大小设置：应该按设计要求，输入实际的数值，单位可以选则厘米、毫米、英寸等常用长度单位，不可以选像素。如果用于网页显示，则选择像素。

　　4. 图像的扫描：使用扫描仪扫描图像时，必须以300dpi的分辨率扫描，宽和高也要用实际的厘米数据!

　　5. 图像大小的调整：可以把大尺寸图像缩小，但不可以把尺寸较小的图像文件人为的放大到印刷要求的尺寸，这样虽然形式上已经符合了，但图像会变得很模糊。

　　6. 网上下载的图片不可以直接用在学生作品的印刷制作中!

　　

如果，我们在作品中需要插入一个宽8厘米，高10厘米的图片，应该采用如图所示参数设置：

　　2 排版处理

　　如果PhotoShop的参数如上所设，那么你会发现，再好的计算机，都会变得迟缓。这是因为与网页显示相比，打印与印刷的图像文件大了很多。有些人把文字排版等工作也放在PhotoShop里处理，这显然是非常艰巨的任务。

　　因此，文字的排版工作需要用另外的软件来。

　　排版软件的选择，同样不能只看功能是否强大、使用是否方便，也必须要支持CMYK色彩模式，同时能够提供对PostScript语言的良好支持。Office里的word字处理，功能非常强大，但只支持RGB色彩模式，不支持PostScript语言。

　　比较流行的是Adobe公司的PageMaker。对CMYK色彩模式和PostScript语言支持非常好!除此之外，PageMaker还支持专色，也就是可以印制出四色以外的其它特殊的颜色，比如：烫金，银等，也可用于防盗的特殊颜色设计!

　　PageMaker 的使用与Office里的Word很相似，但在调色和图像插入等方面不同。调色板里只支持CMYK色彩模式，不支持RGB模式。而插入PhotoShop 处理好的图像时，只支持Tiff格式的文件，为了减少计算机资源的占用，只是在版面上显示一个很粗糙的图像，因此，在发送PageMaker文档文件时，要同时把PhotoShop的图像文件附带在一起才可以。

　　3 图形处理

　　在学生作品制作时，有时会用到一些图形方面的操作。一般的教师用得最多的图形软件是Office 里的PowerPoint，这个软件功能非常强大，在平时的工作中可以帮助我们完成很多的任务，但这个软件同样不支持CMYK色彩模式和 PostScript语言。因此，如果要制作高质量的学生作品，就得选用其他软件。能满足我们要求的是Adobe公司的图形工具Illustrator。

　　Illustrator 也是一个比较流行的软件，其操作非常简单，可实现的特效比PowerPoint多很多，效果也好很多，在一些简单的图形处理方面，要比PhotoShop 方便，效果也不差!支持CMYK色彩模式，也支持RGB色彩模式。对PostScript语言的支持非常好!

　　Illustrator不但可以用于图形处理，也具备一些的图像处理(功能比PhotoShop少)，同时还可以用它做排版。

　　四、总结

　　印刷品的制作是与日常办公完全不同的一个领域。要求的色彩模式为CMYK，打印机驱动要求用PostScript语言。如果完全满足了这些技术要求，无论用桌面打印机，还是印刷出版，都会得到满意的结果!

　　根据以上描述，要做好学生作品必须要准备原始素材，除了学生创作的文字性资料之外，还要准备符合人眼分辨率的要求的照片、图片等资料。

　　因此大家在用数码相机拍摄照片时，最好以最高分辨率，而且照片归档存储时，最好保存原始的文件。扫描学生的照片、图画等文档时，必须要满足印刷的格式要求!

　　在学生作品制作中，即使只是在办公室打印一份样稿，我也建议用上述的制作方法来制作，这样可以保证作品质量，免得优秀的学生作品因制作技术的失误而“羞于见人”。另外，在学生作品积累到一定数量发生质的飞跃时，就可以以最高品质的电子文档直接送印刷厂大量印刷了!