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刚看了一下质粒图谱,如果你上游选择是BamH I, N端就要多表达His tag---thrombin-----S tag-----enterokinase-------,加起来差不多有50个AA了,很难保证说不影响你的蛋白活性,具体要看蛋白的空间构象及大小了.
我觉得你如果非要选择这个质粒,同意erwinchen站友的意见,克隆可能相对要难些,但都已有文献报道C端可纯化出蛋白,为什么不这么做呢,按你说的方案,N及C端都多表达了很多序列,即使纯化出蛋白,也极可能影响活性.N端用Nde I的最大好处是CATATG不用多表达AA,
如果有别的质粒的话,28a 和32a可能是更好的选择,克隆选择相对容易.
两端都融合有纯化标签的话,如果是两个不同的标签,好处就是通过两步不同的亲和层析可以得到高纯度的全长蛋白(文献上有报道的pALEX纽约大学的),但如果是同一个纯化标签就完全没有必要了.
例如 GST-----protein------HIS 过一次GST亲和层析+镍柱,即可获得完整的全长蛋白.