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标题:【求助】有关质谱查询

birdfish[使用道具]
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发表于 2014-6-4 16:31 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

【求助】有关质谱查询


请问用ProteinProspector数据库搜索时参数应该怎样设定？我在固定修饰（Cys Modified by)选不同的选项搜索出来的结果不一样，我该如何选择？
另外，请问Mascot 和ProteinProspector，哪个数据库搜索的结果准确一些？
急，请各位战友帮忙解答一下，谢谢！
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发表于 2014-6-4 16:31 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

建议固定修饰不要填,因为任何反应不是100%,可以都填在可变的修饰里面的,在固定修饰里面填写不同的修饰,搜索的结果可能是不一样的,至于如何填,就要看你实验过程中有哪些修饰.我一般用mascot,proteinProspector我不了解
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 小中大

谢谢！请问您在可变修饰里一般选的哪几项？是依据什么来选的？选项carbamidomethylCoffee，Pyro_glu(N-term Q)是什么意思？我对这方面一窍不通，能否麻烦您讲的详细点？再次感谢了。
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发表于 2014-6-4 16:32 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

我用的一般是Carbamidomethyl (C)和Oxidation (M)这两个,因为在双向电泳中我们用到了碘乙酰胺,所以氨基酸c被修饰了,而且在电泳过程中氨基酸M很容易被氧化,但这两种修饰又不是100%被修饰的,所以我们只在可变的修饰里面选这两项.
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 小中大
谢谢！还请教一个问题：在双向电泳过程中Cysteine Modification是如何修饰的？与胰酶关系大不大
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发表于 2014-6-4 16:34 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
双向中首先,-s-s-被DTT还原,然后平衡时被碘乙酰胺碘乙酰化.在酶解时候,有些人会加入还原与碘乙酰化,但也可以不用.与trypsine无关
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发表于 2014-6-4 16:34 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

那是不是说Cysteine Modification是Carbamidomethyl (C)，不是carboxymethylation（c)
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zwsyrt[使用道具]
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发表于 2014-6-4 16:35 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

对的,一般选Carbamidomethyl (C)和Oxidation (M)就行了
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birdfish[使用道具]
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发表于 2014-6-4 16:35 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

我能问一下，检索出的结果，如果有绿色斜影，那么在斜影以外的值是可信的，但是没有绿色斜影呢
还有检索出的蛋白功能去哪里查呢
谢谢！
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