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标题:【求助】如何鉴定未知蛋白

fklo83[使用道具]
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发表于 2014-6-14 17:33 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

【求助】如何鉴定未知蛋白


求助：我现在做的实验是用大肠杆菌吸附文昌鱼体液中的蛋白，现在已有结果，但我不知道下一步该怎么做，因为我不知道吸附的是什么蛋白，下面的实验也无法开展。请问各位大侠，现在有没有鉴定未知蛋白的方法？蛋白质测序可以吗？代价高吗？谢谢了
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ero11[使用道具]
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发表于 2014-6-14 17:33 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
如果真的没有一点关于此蛋白的信息，那么一个很好的办法就是去做质谱鉴定，然后在通过生物信息学的方法进行分析。质谱也可以理解为测序的一种方法，不是很贵。
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fklo83[使用道具]
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发表于 2014-6-14 17:33 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

你好！感谢你的回答，我得蛋白确实是一无所知，你能详细给我解释一下质谱鉴定吗？我对于这个很不懂，通过生物信息学的方法可以测出蛋白的序列或者部分序列来吗？是不是这些是找公司做的？谢谢你，我真的很着急！
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发表于 2014-6-14 17:34 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

质谱鉴定对于蛋白的纯度及分子量范围均有一定要求，而且分子量范围不同可以选择不同的鉴定方式。测序是通过串连质谱把蛋白质的序列用激光打断或离子阱的高压碰碎（根据不同的质谱，原理不同）。作这个最好是找公司咨询：GE，waters, 布鲁克，菲尼根公司都有。
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发表于 2014-6-14 17:34 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
先做个电泳，确定分子量的大概范围以及纯度，再拿去作个质朴
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发表于 2014-6-14 17:34 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
请问你吸附得到的是单一蛋白吗？还是混合蛋白根据差异纯化得到的？
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发表于 2014-6-14 17:35 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
先纯化蛋白, 然后送去测序. 然后blast
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二子[使用道具]
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发表于 2014-6-14 17:35 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

如果是未知单白，作质朴，有屁用，请大家发言谨慎一些，不要误导人家，危害很大
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发表于 2014-6-14 17:35 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


QUOTE:
原帖由 二子 于 2014-6-14 17:35 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

如果是未知单白，作质朴，有屁用，请大家发言谨慎一些，不要误导人家，危害很大


你的这个蛋白如果是来自于文昌鱼或者大肠杆菌，你可以打质谱，然后用质谱数据搜索文昌鱼或者大肠杆菌的蛋白质库鉴定蛋白质。如果连物种都不能确定，应该可以做Edman测序,然后做BLAST.说的不一定对，供参考。
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二子[使用道具]
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发表于 2014-6-14 17:36 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

首先要看是不是未知吧, 因为他只是不知道什么蛋白吸附, 只能先看有没有同源蛋白, 所以拿去MS, 当然, 可以测许N端, 然后设计简并引物,然后RT去得到基因, 但是这样得难度就比MS大多了.
个人意见, 不知道大家还有什么好方法.
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