小中大
我是新手，想请教高手一点蛋白研究的问题
我们初步研究发现一个新的基因（K）在上皮细胞有表达而且是分泌性蛋白，我们可以从细胞培养液中获取。目前想进一步研究筛选其互作蛋白（interaction protein）。因为互作蛋白可能是调控的因子，对于揭示k基因在调控网络中的位置具有意义。初步设想：
1. 通过免疫沉淀方法获取该蛋白以及互作蛋白（K蛋白与互作蛋白结合，可能同时被沉淀），上串联质谱测序。根据肽碎片比对分析，找出互作蛋白。
问题：该步骤是否可行,沉淀得到的产物量和纯度是否满足测序分析要求？
2. 通过亲和层析方法，将K蛋白以及互作蛋白结合到柱上，洗脱后纯化（分子筛等）。纯化后的产物测序分析。
问题：该步骤在洗脱过程中互作蛋白是否会与K蛋白分离，影响鉴定？纯化过程中变性也可能使K蛋白与互作蛋白分离，如何解决？
3. 如果用基于表面等离子共振（SPR）技术的BIAcore（Biomolecular Interaction Analysis）分析，如何去做，样本如何准备和预处理。互作蛋白的流动相如何处理？
谢谢！
