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标题:【求助】marker为什么会越跑越宽？

loli[使用道具]
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发表于 2014-6-20 16:49 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

【求助】marker为什么会越跑越宽？


用的15％的胶
跑到后面就几道marker就呈梯形了
怎么回事呢？
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hold住[使用道具]
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发表于 2014-6-20 16:49 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
两侧的空是不是空跑的，如果是，条带就容易扩散，可在空的孔里加上loading buffer
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loli[使用道具]
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发表于 2014-6-20 16:50 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
两侧都有蛋白，每孔30ug蛋白上样量
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glass[使用道具]
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 小中大


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原帖由 loli 于 2014-6-20 16:49 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

用的15％的胶
跑到后面就几道marker就呈梯形了
怎么回事呢？


小分子的蛋白相对单分子的蛋白来说容易扩散，比如溴芬兰，跑一段时间会连成一条线。你可以观察你的marker，分子量越大的蛋白跑的带越窄，而后几条带无论纵向还是横向都相对较宽。15%的胶跑的相对较慢。
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发表于 2014-6-20 16:51 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


QUOTE:
原帖由 glass 于 2014-6-20 16:50 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')



小分子的蛋白相对单分子的蛋白来说容易扩散，比如溴芬兰，跑一段时间会连成一条线。你可以观察你的marker，分子量越大的蛋白跑的带越窄，而后几条带无论纵向还是横向都相对较宽。15%的胶跑的相对较慢。 ...

某也来补充一句
主要原因之一是marker性能不好。每个预染蛋白条带分子量稍微有些差异，不是完全的一致，所以中、小分子量marker会有梯形改变（大分子量也不是绝对的条带，跑低一点浓度的分辨率低的胶就可以看出来），为相差不多的markers造成（如果marker稍有降解就更明显了）。我是这么理解的：中小分子量更容易受到影响。比如1kd的差异，对于14.4kd的marker影响就很大导致条带迁移不均形成梯形；对于117kd的marker则影响很小，1kd的差异胶上是很难反映出来的。若为彩色marker因均一性好则很少出现这种情况，都是一条线。
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loli[使用道具]
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发表于 2014-6-20 16:51 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

我有一个疑问
为什么同样的marker
同一个电泳槽同时跑胶
10%的那板跑得就很正常，每道的宽度是一样的
可是15%的胶却变成梯形了呢？
这两板溴酚兰跑到底的时间是一样的
如果是说扩散的话
也应该是一样程度的扩散啊
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发表于 2014-6-20 16:51 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
15%的胶跑的慢 会扩散一点的 不过marker的质量同样重要
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xue258[使用道具]
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发表于 2014-6-20 16:52 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


QUOTE:
原帖由 loli 于 2014-6-20 16:51 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')

我有一个疑问
为什么同样的marker
同一个电泳槽同时跑胶
10%的那板跑得就很正常，每道的宽度是一样的
可是15%的胶却变成梯形了呢？
这两板溴酚兰跑到底的时间是一样的
如果是说扩散的话
也应该是一样程度的扩散啊 ...

10% 和15%胶条带分布是有差别的。10%胶看到的条带的分子量肯定远大于15%胶，不要被条带迷惑了。10%胶中间位置的条带在15%上就在中上面了；15%中间的条带在10%胶上肯定在中下端。15%下端的条带在10%的胶上根本就分不出来，就和溴芬兰纠成一片。你自己好好检查10%的胶，去看看胶的前端条带跑成什么样子。再看看15%胶的大分子量，看看条带是不是很好，是不是没有融和。
另外扩散也只会发生在横向条带的融合，纵向有两端电压控制，怎么会扩散？要是纵向扩散那电泳还有什么意义？还分什么条带？？？？？？？？自己想一想去，纵向扩散有可能吗？？？你能相信吗？？？？？？？？？
我已经说过是marker的均一性不好。要是不相信，就花个上千块钱买个进口的彩色marker试试。
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xue258[使用道具]
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 小中大


QUOTE:
原帖由 glass 于 2014-6-20 16:50 发表 bbcodeurl('http://bbs.antpedia.com/images/common/back.gif', '%s')



小分子的蛋白相对单分子的蛋白来说容易扩散，比如溴芬兰，跑一段时间会连成一条线。你可以观察你的marker，分子量越大的蛋白跑的带越窄，而后几条带无论纵向还是横向都相对较宽。15%的胶跑的相对较慢。 ...

但对上述观点有质疑，已经在上面一楼的帖子中说了，在此就不赘述了。总体同意横向扩散，但认为纵向条带即使增宽也不是条带扩散引起的，而是胶分辨率引起的分子量相似的蛋白被分开导致的。条带窄也是因为分辨率低致使分子量类似的条带没有分开形成的，而不是条带没有扩散或者扩散的慢形成的。因为分子量类似的蛋白多着呢，跑在同一位置的也不为怪，分辨率高的话分开也是应该。
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loli[使用道具]
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 小中大
楼上所谓的纵向条带宽和窄是从溴酚兰看出来的么？
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