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标题:【求助】SELDI的后续工作

yonger[使用道具]
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发表于 2014-7-7 17:12 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

【求助】SELDI的后续工作


用SELDI分析出了两组血清的差异点,可是不知如何分离纯化和鉴定
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u234[使用道具]
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发表于 2014-7-7 17:13 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
你的差异点分子量大概在什么范围内?
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yonger[使用道具]
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发表于 2014-7-7 17:16 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
15000Da左右
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发表于 2014-7-7 17:16 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
如果有实力可以考虑SELDI后续MSMS分析，进行测序，但是，SELDI得到的差异点有可能不是蛋白造成的，所以，如果要做SELDI的后续分析非常麻烦，你可以先跑TRICINE胶看看，能不能在15000附近找到东西，如果有的话那你就非常幸运了，祝你好运。
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kuohao17[使用道具]
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发表于 2014-7-7 17:17 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

楼上地说的对，SELDI得出的差异可能不是样品中的蛋白浓度差异造成的，所以首先要看找出差异的两组血清的样本数。如果样本数很大，确定了是差异，可以跑one-D的Tricine胶，幸运的是，你的差异分子量很大，所以很有可能能够跑出来，然后用质谱进行鉴定。国外已经有好几篇如是做的文章了，你可以查查。当然，你要是能有QTOF连用了interface进行鉴定就最好了。另外，你的血清最好是先处理一下，有白蛋白的影响，直接Tricine的话结果不会太好。
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发表于 2014-7-7 17:17 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大


如果有MALDI，可以试试MALDI测序，祝福你
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yonger[使用道具]
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发表于 2014-7-7 17:17 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
非常感谢，我先跑一下Tricine胶试试，不过好像在继续做的话，需要有雄厚的...呵呵，难啊
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yonger[使用道具]
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发表于 2014-7-7 17:18 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大

昨天我跑了1-DE,很遗憾,没有发现差异点,看来还得跑2-DE,我个人认为SELDI不适合搞基础研究,分辨蛋白的分子量太低,并且灵敏度太高了,想证明真正的差异点需要加大样本量
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hot_hot_hot[使用道具]
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发表于 2014-7-7 17:22 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
先纯化出来，不纯化光跑胶没用。
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发表于 2014-7-7 17:23 资料 个人空间 短消息  加为好友 

 小中大
相关疾病：
肝硬化肝癌
的确，SELDI分辨的蛋白质分子量有些低，最新型号的PCS4K甚至能够到达于MALDI一级谱图只相差0.5个Da，但对于LZ说的15KD左右的蛋白，用tricine胶分离是肯定没有问题的。还有就是我不太明白所谓的“灵敏度太高了”是什么意思，难道只求稀里糊涂的结果而去忽略了客观的情况本生吗？LZ可以去找一篇用SELDI做的肝硬化转化成肝癌的文章，作者用tricine胶分离了8。9Kd的marker，但是具体文章名我却忘了。：）
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